影响科研诚信的因素众多，不少学者采用实证分析的方法从个体和外部环境两个层面展开分析。就个体层面而言，个体特征、科研动机、对科研诚信的认知、自身学术素质以及科研能力是影响科研诚信的重要因素；就外部环境而言，包括诚信环境、学术评价和奖惩机制以及科研压力。
（一）个体因素
1.个体特征
长期以来，不少研究关注性别对伦理决策的影响，发现男性和女性的道德观存在差异，使得他们的行为和选择表现不一致[14]。Betz等、Ruegger & King（2013）、Borkowski & Ugras(1998)采用调查和元分析的方法，发现女性在面对伦理困境时，会更倾向做出道德行为[14-16]。一些学者认为这主要是因为女性更关心他人，尽量避免对他人造成伤害 [17]。Hafeez等采用问卷调查的方法来评估医学学生的作弊和学术不端行为，发现大部分学生至少做过一次弊，且与男性相比，女性更容易参与作弊[5]。这与前述所说学者的结论截然相反。尽管男性和女性的学术不端行为存在差异，但是这些行为的潜在诱因可能是一致[18]。因此性别对科研诚信行为是否有影响以及影响方式如何还待进一步的探究。此外，个人的性格特征同样影响其科研行为，富有好奇心、创造性、探索精神、独立性和自主性的科研人员更容易表现出科研诚信行为[19]，相反，具有消极态度、缺乏创新能力、无宗教信仰的人员更容易表现出科研不端行为[20]。
2.科研动机
科研工作者从事科研的目的和诚信行为有很大关联。例如，职位晋升、声誉及学术地位的提升、超越他人的渴望、嫉妒他人的成功等都会对研究人员的科研行为产生影响[21]。目的性越强，不端行为就越可能发生。尤其是一些未能及时发出文章而没达不到毕业要求的研究生，为了达到毕业目，常常会采用不恰当的手段发表论文。对于教师等科研人员而言，由于不合理的学术评价体制，使得他们的“非学术”动机过强。为了完成学术考核指标、评职称、获得学术声望等，一些高校教师重视科研成果的数量，忽视科研质量，造成很多粗制滥造的成果以及重复研究的现象[8]，甚至出现一稿多投等不端行为[22]。方玉东等的研究结果表明科研收益是影响科研诚信的显著因素，不少科研工作者认为科研成果可以提升其在相关圈内的知名度和学术地位[23]。在一定程度上，科研成果成为了科研工作者获得更高利益的筹码。
3.对科研诚信的认知和自身学术素质
科研人员科研诚信意识淡薄及自我要求不足的情况下容易出现不端行为。不少研究表明科研工作者对学术不端或科研失信的规章制度的了解并不充分，对于一些科学失信行为存在模棱两可的态度[24]。科研单位并未开设关于科研诚信的课程，大多科研人员并未经过系统的学习或者培训[25]。一般来说，受教育程度越高，对科研诚信的认知越高，越不容易出现科研不端，然而Kulsoom Ghias采用自我报告的问卷调查，探究了不同年级医学学生对个体科研不端的态度和行为的影响，结果表明：医学院高年级的学生比低年级的学生更容易接受不端行为，更倾向于提交伪造的诊断书[26]。在我国，同样现象并不陌生，这是由于受周遭环境的影响，高年级的学生所见识的不端行为更多，且这些不端行为并没有导致严重的惩罚。在他们看来，通过抄袭或剽窃使研究结果看起来“合情合理”，是被默认的“正常”现象。
4.科研能力
科研能力是能够进行并完成科技活动的能力，具体包括发现和提出问题的能力、进行科研设计的能力、掌握基本的研究方法和技能等[21]。一般情况，科研能力与科研目标相匹配或者高于科研目标时，它对科研诚信行为具有明显的促进作用。例如，方玉东等采用结构方程模型分析探究了诚信环境、竞争压力、科研收益、资金规范和科研能力对科研诚信行为的关系[23]，发现科研能力是五个因子中最高的。然而当科研能力不足时，则容易产生科研不端行为 [20]。可见，科研能力不仅左右研究成果，同时也影响了科研诚信行为。
（二）外部环境
1.诚信环境
良好的诚信环境能够有效遏制违反伦理道德的行为[28]，而恶劣的学术道德风气则容易助长学术不端行为[29]。不少实证研究还表明，诚信环境对科研不端行为的影响还与科研单位的类别和学科领域有关。相对于普通高校，国家重点院校学术不端行为发生的可能性要小[30]；与私立医学机构相比，公立医学机构的科研人员更容易发生科研不端行为[26]。另外，根据国家的相关学术监督机构的调查，生物医学等方面的不端行为远远高于其他学科[5]。同时，由于互联网的快速发展和普及，部分科研人员可直接通过“复制”和“粘贴”的方式使用网络资料，抄袭剽窃他人的学术成果，这在一定程度上增加了学术不诚信的形式和比例[2]。
2.科研评价和奖惩机制
首先，不少学者认为缺乏科学、公正的科研评价机制，科学奖励系统在运行中失范以及同行评议制度不健全是导致科研不诚信的重要因素。就国内高校而言，其绩效管理制度尚未建立科学化的评价指标体系，普遍存在过于追求定量化目标的弊端。如以一定时间内在特定等级期刊（如SCI）发表论文的数量、所编专著的数量、承担课题的数量等来衡量一个教师的业绩[8]，这种求“量”不求“质”的评价方式，助长了急功近利的学术风气，在一定程度上影响了科研人员的研究动机和科学行为[27]。对我国的科研工作者来说，科研资金发放、岗位评聘、职称评比，均按照量化办法根据所出版的论著、发表的论文数量、申请的项目量和获奖的总评得分来衡量一个科研工作者的业绩，这些看似公平公正的标准却缺乏合理性，因为不同的学科研究因其研究内容的差异有不同的产出模式，也就存在不同的出产率。然而面对同样的考核标准，科研人员必须抓紧时间出成果。这就导致很科研人员开始重视科研成果数量以提高科研绩效指标，而忽略了科研质量。同时，学术奖惩制度对科研诚信的作用也不容忽视。刘志波和孔垂谦利用灰色关联分析方法，探究了影响研究生学术诚信危机的七个因素，发现学术奖惩制度不健全与学术诚信危机的关联度最高[31]。另外，在同行评议方面也存在问题：其一，在同行评审的执行过程，科研人员并非按照制度严格进行，且不同的科研单位评审规范不一致，没有可供参考的标准；其二，复杂的人情关系，使得科研人员难以按照制度和程序对资源进行正当分配资源[27]。