（一）仲裁管辖和仲裁机构的设置不同
首先，从仲裁管辖看，《仲裁法》第6条规定，仲裁委员会应当由当事人协议选定，仲裁不实行级别管辖和地域管辖。即商事仲裁遵循自愿原则，实行协议管辖。而根据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第21条的规定，农村土承包经营纠纷，当事人可以直接申请仲裁，但应当向纠纷涉及的土地所在地的农村土地承包仲裁委员会递交仲裁申请书。与商事仲裁的协议管辖不同，农村土承包经营纠纷仲裁实行的是地域管辖。其次，从仲裁机构的设置看，《仲裁法》第10条规定，商事仲裁，仲裁委员会可以在直辖市和省、自治区人民政府所在地的市设立，也可以根据需要在其他设区的市设立，不按行政区划层层设立。实践中，我国现有的商事仲裁机构也多是在直辖市、省会城市或经济比较发达的地级市设立。[郝飞. 关于我国建立农村土地承包纠纷仲裁制度的探讨 [A]. 仲裁研究（第15辑）[C].北京：法律出版社，2008:58.]而根据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第12条的规定，农村土地承包仲裁委员会可以在县和不设区的市设立，也可以在设区的市或者其市辖区设立。实践中，其多在县或县级市设立，与商事仲裁机构的设置相比，具有明显的基层化特征。
（二）仲裁委员会的性质不完全相同
根据《仲裁法》第12、14、15条等的规定，商事仲裁的仲裁委员会独立于行政机关，是纯粹的民间组织，仲裁委员会不分级别，相互之间也没有隶属关系，仲裁委员会由主任、副主任和委员组成，主任、副主任和委员由法律、经济贸易学者和有实际工作经验的人员担任。仲裁委员会的组成人员中，法律、经济贸易学者不得少于三分之二。而根据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第6、12、13、51、52条等的规定，农村土地承包仲裁委员会则应在当地人民政府指导下设立且日常工作由当地农村土地承包管理部门承担，其工作经费纳入政府财政预算予以保障，农村土地承包经营纠纷仲裁规则由国务院农业、林业行政主管部门共同制定，农村土地承包仲裁委员会成员除包含有关人民团体代表、农村集体经济组织代表、农民代表和法律、经济等相关专业人员外，还包含当地人民政府及其有关（行政）部门代表。可见，“无论是农地承包仲裁委员会的机构设置、人员组成、仲裁员人选，还是其仲裁规则与机构章程的制定，当地人民政府和行政主管部门均直接参与其中。甚至，就农地承包仲裁委员会的日常工作，立法明确规定由当地农地承包管理（行政）部门直接承担。因此，虽然从形式上看，农地承包仲裁委员会的设立采用事业单位法人的模式，但是在实际上，农地承包仲裁委员会几乎是由当地人民政府和行政主管部门完全控制，所以属于准行政性事业单位法人”，[丁宝同. 农地承包经营纠纷仲裁调解程序探析--以功能定位与法理定性为中心[J].西南政法大学学报，2013（2）: 74-82.]与商事仲裁委员会纯粹的民间性质显有不同。
此外，两类仲裁委员会对仲裁员的要求也不完全相同，与商事仲裁相比，农村土地承包仲裁要求仲裁员应当符合下列条件之一：（一）从事农村土地承包管理工作满五年；（二）从事法律工作或者人民调解工作满五年；（三）在当地威信较高，并熟悉农村土地承包法律以及国家政策的居民。与农村土地承包仲裁委员多由有关部门的专业人员及农民代表等组成一样，其选任也特别注重农地承包管理工作背景及对农村土地承包法律和相关政策的熟悉掌握。
（三）仲裁程序的启动不同
根据《仲裁法》第4条的规定，商事仲裁，仲裁程序启动的前提是当事人双方自愿达成了仲裁协议，如果没有达成仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。即当事人自愿达成的仲裁协议是程序启动的必要前提，同时仲裁协议的效力产生排斥司法管辖权的程序效果。而根据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第4条的规定，农地承包经营纠纷仲裁程序的启动不以双方签订有书面仲裁协议为前提。纠纷双方签订有仲裁协议，一方向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，其当然应予受理，双方事先或事后即使未达成仲裁协议，只要有一方申请了仲裁，农村土地承包仲裁委员会也会予以受理。与商事仲裁更尊重当事人的意思自治相比，农村土地承包纠纷仲裁则多少带有一定的强制性。
（四）仲裁范围和是否公开不同
与商事仲裁仲裁的范围是民商事主体之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷不同，农村土地承包仲裁的范围更为单一，仅限于“因土地承包经营发生的纠纷”，具有专门化的特点。[董景山. 农村土地承包经营纠纷仲裁相关问题探讨———以《农村土地承包纠纷仲裁法(草案)》为探讨基础[J].兰州学刊，2009（7）:126-129.]此外根据《仲裁法》第40条的规定，除非当事人协议公开，商事仲裁原则上不公开进行。与此相反，根据《农村土地承包经营纠纷调解仲裁法》第30条第2款的规定，除涉及国家秘密、商业秘密和个人隐私以及当事人约定不公开的外，农村土地承包经营纠纷的仲裁原则上应当公开。