根据上述对工业企业科技活动相关数据的分析，结合对吉林省一些典型工业企业和相关部门的调研走访情况，我们发现如下制约吉林省自主创新能力提升的突出问题。
1.自主创新意识缺乏
从企业层面看，受地域及传统文化观念的影响，吉林省企业的创业观、财富观转变较慢，思想观念偏向保守，多数企业还存在小富即安的思想，习惯按固有的模式运转，不思创新与变革，敢于承担风险的意识较差，经济活动的创造性、创新性滞后，创新主体的作用还没有充分发挥出来。从政府层面看，政府虽然重视技术创新，但是政府的服务效率、服务意识还有待提升，有些部门“管”的意识比较强，甚至还存在“权力寻租”等腐败现象[3]。
2.创新资金投入不足
吉林省工业企业自主创新不足的成因，很重要的一个方面来源于对创新资金投入不足。技术创新需要投入，同时伴随着风险。限于创新意识和创新资金的局限，企业往往因为担心风险而不敢将有限的资金投入。而政府一方面虽然重视支持企业自主创新，但对企业自主创新的支持力度不足，从2016年工业企业实际使用来自政府部门的资金仅有2.1亿元就可见一斑！有限的财政资金尚存在使用分散，多头管理，资金利用效率不高等问题。另一方面，政府对企业自主创新的信贷支持力度缺乏。金融机构对技术创新惜贷现象严重，叠加风险投资市场发育不全，融资平台建设不完善，使得企业自主创新融资渠道不畅，资金严重缺乏，影响了企业自主创新的内生动力。
3.创新人才比较优势丧失
吉林省虽为科教大省，但从事科技活动人员的总量增长速度低于全国同期平均水平。近年来，吉林省创新人才的流出远大于流入，且流出多为企业技术研发骨干及一线高水平技术工人等市场青睐的高端人才，企业创新人才短缺严重。当前，随着西安、成都、武汉、长沙、南京、郑州、珠海等全国多个城市陆续加入到“抢人才大战”中，甚至一线城市北京、上海也开始加入战局，从发展趋势看，吉林省创新人才的流失状况不容乐观，若不及时制订有效的创新人才支持政策，创新人才的下滑趋势恐怕难以扭转。
4.自主创新成果转化率不高
吉林省科技教育资源丰富，科研实力较强，创新成果较多，具有相对优势。但规模以上工业企业专利申请量仅占全省专利申请受理量的14%。这说明吉林省绝大多数的专利申请是由科研院所、大专院校申报的。而工业企业创新绩效产出低下说明自主创新的成果转化能力不强。影响转化效率的主因是企业与高校、科研院所联系不紧密，产学研合作机制没有有效建立，缺乏技术合作创新，创新成果与创新实践脱轨。这种对接机制的缺乏也使得科研院所、高校对市场急需的应用技术缺乏深入了解和研究，创新成果难于在市场中直接转化，从而制约了吉林省企业自主创新能力的提升。
5.知识管理意识淡漠
企业的自主创新是技术、管理和经营的良性互动与有机整合，管理在这个过程中尤为重要。将知识管理的理论和实践应用于企业技术创新，能够有效提升企业技术创新能力。吉林省虽有丰富的科技资源和人力资源的优势，但是企业的知识管理意识淡漠，缺乏有利于知识共享的企业文化和一套有效的组织体系以支持企业的知识管理活动，知识管理在自主创新中的应用和实施中面临诸多问题。因此急需探讨运用知识管理提升企业自主创新能力的路径，以提高吉林省企业自主创新绩效。