（一）耕地占补质量不平衡
在耕地占补的实际运行中存在诸多问题。现实中企业建设、城乡工业园区的建设都往往会选择优质耕地，而补充的耕地则是质量不好的。这种情况也已被研究证明过，例如许丽丽等对耕地占补平衡政策下耕地质量进行了评估，结果表明建设占用的耕地质量较好，而补充耕地产能较差。为了解决这个问题，有关部门也曾经制定过分等定级以及地力评价，但最终并没有取得预想的效果，由于这两项评估都是在已有耕地的基础上判定的，补充耕地的等级划分或地力评价体系尚不完善。主要因为，新增耕地的质量不能只看土地，还应考虑到居民耕种是否便利等问题。
（二）后备土地资源稀缺
耕地占补平衡制度的重点在于补充被占用的耕地，然而我国可供补充的供给资源的缺乏却制约着占补平衡的顺利运行。相关数据表明：我国可供补充耕地为8029.15万亩。根据国土资源部地籍管理司副司长冯文利的报告我们可以了解到：如今后备补充土地资源尤其是可以直接用作耕地的不多，已不足五成，全国耕地后备资源多以散布的耕地为主，这一部分占了耕地后备资源总量的一半以上；集中连片的可用作补充的土地资源仅占可补充耕地总量的三分之一,集中连片的耕地后备资源减少明显。本轮耕地后备资源总面积相比上一轮减少了近3000万亩，集中连片耕地后备资源减少了8183.77万亩，减幅达到74%。综合来看，我国后备土地资源总量小，可利用为耕地的土地更是少之又少并且都分布在各处很难直接利用，所以应该加强整治。此外，在开发利用过程中，如果利用失当极易引起水土流失等严重的自然灾害。
（三）新开发耕地的后续监管缺失
如今经济社会发展之下，相比起耕地带来的微薄的经济效益，很多农村人大都选择出去务工，以至于有农村耕地浪费的普遍现象。在这样的背景下，会出现新开垦的耕地无人关心，质量状态没人管，新增耕地被大量闲置的现象。对于国家所发放的粮食补贴都是以占补之前的计算面积补贴的，很多地区的新增耕地并未纳入补贴范畴，这就使得农户放弃对新增耕地的管理，多由当地村组管护。除此之外，新增耕地是否适合用来种植、耕地的土壤肥力如何、种植主体是否有能力种植等问题，往往缺乏后续的调查和监管程序。加上农户本身的弃耕以及对新增耕地的质量问题难以科学评估，耕地补给实现以后也难以起到预期的效果。