（一）涉税农产品定位模糊和划分范围不清晰。
1、企业对采购的农产品定位模糊。一般纳税人从利于抵扣进项税额的角度，如何恰当定位要采购的农产品，增值税条例涉及较少，税务会计实践中需要认真参阅相关补充规定（或通知）。2、不易清晰划分免税农产品的界限。从农业生产手中购入的自产免税增值税农产品，企业可凭销售发票或收购发票抵扣。怎样划分免税农产品的范围？纳税人销售自产初级农产品及农业服务免征增值税，那么初级农产品如何定位？农业生产者有农民和农业合作社等，从他们手中采购的农产品，都属于免税农产品吗？单位或个人通过收购、生产并加工出售的农业产品，还属于免税农产品吗？从批发、零售环节采购的农产品是否也属于免税农产品呢？若没有参透相关规定，想从容应对有一定难度。
（二）企业采购农产品适用的税率不易把握。
1、企业直接从农业生产者采购的农产品。2017年4月28日，财税〔2017〕37号通知自2017年7月1日起，简并增值税税率结构，对纳税人购进农产品，抵扣进项税额的办法进行了较大的调整。哪些农产品适用11%，哪些暂时保留13%呢？增值税进项税额加计扣除如何操作？哪些农产品的进项税额可以核定扣除？需要税务会计人员认真领会文件精神。
2、从其他企业采购的农产品。企业购入被简单加工整理农产品，适用哪种税率？购入被深加工的农产品适用哪种税率？对于农产品加工处理的理解需要认真探究。
（三）采购免税农产品的自开票管理混乱
《增值税暂行条例》第二十一条第二款第（二）项规定，“发生应税销售行为适用免税规定的，” 自产农业品不得开具增值税专用发票。因此，企业购进免税农产品只能够通过取得销售企业开具的销售发票，或者向农业生产者开具收购发票进行进项税额抵扣。
免税农产品生产者不具备开票资格或无发票，但企业为抵扣进项税额，往往通过自行开具收购发票抵扣，一定程度上缓解了进项税抵扣不足的压力。但在现实中存在着一些借题发挥的问题：1、部分企业随意扩大农产品收购发票的开具范围。如将不属于农产品范围的差旅费、运费等计入收购金额；2、放大农产品开票金额。随意调控收购价格，使票面金额大于实付款；3、有些企业甚至捏造事实违法开具农产品收购发票。（1）期末“倒算”需要的收购量与金额。部分企业期末根据产品的销售情况，编造需要收购发票，谋求少交或不交增值税。（2）虚列或虚构农产品发票。如有些企业凭空虚构交易事项，虚列农民姓名、成本等，多抵扣进项税额。也有企业因重视不足，直购农产品时，在农民身份信息遗失、错误时，提供虚假的自产自销证明、农户的身份证复印件等，来应对税务机关的核查。 (3)将中间商收购的农产品，变通为可抵扣税的内容。私下通过中间商如农产品经纪人、代理人，本不属于收购“农业生产者销售的自产农产品”的范畴，也开票抵扣进项税额。
以上抱着农产品收购涉及因素多，牵扯面大，税务部门不易核实，监管难以到位的侥幸心理，钻自开票的漏洞，实则隐藏着巨大的税务风险。