自2003年以来，国资委对中央企业经营业绩的考核形成了以《考核办法》和《中央企业综合绩效评价实施细则》（以下简称《实施细则》）为主的两大考核体系。教育部也不断通过各种文件强调企业考核的重要性。高校对高校企业的经营业绩考核大多秉承了国资委和教育部的考核办法或要求。由于未考虑到高校企业集教学、科研和产业化服务为一体的特殊性，高校企业在实际经营业绩考核中存在以下问题：
（一）过于偏重反映经济效益评价的财务指标
修订前的《考核办法》以利润总额、经济增加值、总资产周转率和国有资本保值增值率等财务指标为主要考核指标。2016年12月正式印发的《考核办法》虽然针对企业功能、类别提出了分类考核的方法，突出考核重点，对主业处于充分竞争行业和领域的商业类企业，重点考核企业经济效益、资本回报水平；对主业处于国家安全、国民经济命脉的重要行业和关键领域、主要承担国家重大专项任务的商业类企业，适度调整经济效益指标和国有资本保值增值率指标权重，合理确定经济增加值指标；对于公益类企业，坚持经济效益与社会效益相结合，把社会效益放在首位，但是在确定三类企业的经营业绩总体目标时，仍是以确定企业年度利润总额、经济增加值等财务指标为年度考核指标。
《实施细则》中的30项财务绩效定量指标和管理绩效定性指标中，财务指标数量达到22个，并且对每项财务指标和权重都做出了明确的规定；但是对于8个管理指标，只规定聘请专家组织实施评价工作，对于如何打分评价，则没有给出具体详细的标准。
因此，以《考核办法》和《实施细则》作为经营业绩考核评价依据的高校企业，目前采取的评价指标中以财务定量评价指标居多，非财务指标数量较少，且难以量化衡量[2]。对经济效益评价指标的过分关注，在一定程度上会导致高校企业集产学研为一体创造社会效益的这一特殊性被忽视。过分偏重反映经济效益的财务指标，一方面容易导致利润操纵行为；另一方面也容易助长高校企业经营者急功近利的思想和短期投机行为，使他们不愿开展可能会影响当前盈利水平而对企业长期发展有利的科研投资，造成我国目前研发支出效率不高的现状[3]。长此下去，将对科研成果转化及产业化发展非常不利，更会影响企业的长期战略发展。
（二）财务指标衡量确定标准不合理
《教育部考核办法》规定教育部直属企业年度经营业绩考核目标值按照不低于前三年平均值的标准确定。国资委《考核办法》规定年度考核基准值根据企业考核指标上年完成值、前三年完成值的平均值和外部因素、行业对标情况综合确定。