当前合作社得到了空前的发展，全国已经达到 个农民专业合作社，为我国农业产业现代化的发展奠定了良好的基础。根据中介组织的不同，农业产业化的组织结构可以分为两类，一类是企业+合作社+农户的生产模式，这种模式企业和农户的纽带是合同，这里的企业包括合伙制公司、国有公司或私营企业等，在实践中，被统称为龙头企业。第二类是专业合作社+农户，农户作为社员主要是从事农业生产劳动，由合作社统一负责管理和销售。
（一）企业+合作社+农户的弊端
企业+合作社+农户的模式一般是订单式生产，公司与合作社签订订单，合作社按照公司的要求、数量、价格、质量、品种进行种植，而公司按照合同要求，在固定的时间对农作物的品种进行收购，这种合作模式，比传统的农户个人生产效果较好，一方面，农户可以有选择的种植，另一方面，农户不用担心农作物的收购问题，在一定程度上实现了农户的增产增收。但是这种模式公司和合作社之间是比较松散的合同关系，他们之间的合作关系不稳定，容易随着市场经济的变化而发生违约行为。
1、公司或合作社可以违反合同约定而造成一定的损失。如果公司违约，需要按照合同的约定支付给农户一定的违约金，那么对于农户来说，不仅当年的农作为存在难以销售的风险，而且对将来如何运营，种植什么品种的农作物会产生信任风险，对于一个规模较小的合作社所造成的现实和预期损失较大。如果农户违约，同时因为农作物生产周期较长，公司可能在市场上难以找到相同规格质量的同种农产品，将影响公司的后续加工生产经营，丧失良好的市场机会，对公司的期望利益损失也较大。
2、合作社作为市场主体，独立发展制约性因素较多。公司+合作社的模式，合作社是作为独立的市场主体而存在的，公司和合作社是基于各自利益的合作关系，因此，公司不会为合作社提供其发展所需要的资金、技术、管理经验，合作社需要通过自己的探索和盈余积累达到一定的规模，逐步成长，因此合作社的成长道路比较漫长，不能在短时间内迅速实现农业现代化。在这个过程中，合作社也许会成功，也许会失败，失败的合作社会给脆弱的中国农民带来很大损失，中国农民尤其是农民中的贫困户，他们思想较为保守，适应社会的能力较弱，抗击风险能力更弱，因此，这样公司+合作社模式也尤其一定的弊端。