“异端”是宋明儒学的核心议题，凸显儒学与其他学说的紧张关系。朱熹尤其重视“异端”问题探讨，在《近思录》中辟专节辨“异端”，摘录周、张、二程关于“异端”论述。概括起来，主要论及佛老、杨墨、申韩等为“异端”，既是对秦汉以来儒学“异端”观的继承，又是对唐宋以来三教交融的集中呈现。朱熹系统分析了儒学“异端”，认为“异端者，杂杨、墨诸子百家而言之”。 [1]22册，2474而异端的缺陷也是显而易见的，具体而言：“吕氏以申、韩为诐，马迁之类为淫，杨、墨、夷、惠为邪，庄周、浮屠为遁。南轩以告子为诐，杨、墨为邪，庄、列为淫、遁。今集注则以四者为相因而无所分属，是异端必兼此四者而有之。必大谓浮屠之言则诐、淫、邪、遁之尤者”。 [1]22册2446-2447同时，“‘诐、淫、邪、遁'四字有次序，而无彼此之分。如杨、墨、释、老之言，无不具此四者。” [1]22册2065正是基于“异端”的差别，其危害也由浅入深，“盖老氏之学浅于佛，而其失亦浅。正如申、韩之学浅于杨、墨，而其害亦浅。” [1]22册1958虽然，朱熹列举诸多异端，其核心在于批驳异端丧人伦之实，沦于高远之说：“所谓道者，君臣、父子、夫妇、昆弟、朋友之交是也。……后世学者惑于异端，求深求妙，穷高极远，而不知道果在此而不在彼也。” [1]22册2396需要指出的是朱熹认为小道非异端，“小者对大之名，正心修身以治人道之大者也。专一家之业，以治于人，道之小者也。然是皆用于世，而不可无者，其始固皆圣人之作，……盖曰坦途之支别，则非异端之谓。” [1]6册901朱熹的“异端”观是对二程、张载等人观点的继承，其整体内涵上具有一致性，诸如二程所说：“杨、墨之害甚于申、韩；佛、老之害甚于杨、墨。” [2]138张载也说“自古诐、淫、邪、遁之词，翕然并兴，一出于佛氏之门者千五百年。” [3]64可见，朱熹的异端观在内容上具有鲜明的时代特征。
具体而言，朱熹从丧伦理、空谈、功利三个主要方面批判“异端”。儒家伦理秩序是传统社会的核心，朱熹认为“异端”丧绝君臣、父子、夫妇等人伦之道。朱熹继承先秦以来儒家对杨朱、墨翟的批判，认为其学说丧失人伦：“譬如杨墨，但能知其为我、兼爱，而不知其至于无父、无君。虽知其无父、无君，亦不知其便是禽兽也。” [1]22册2327朱熹在批判佛教时也强调儒家人伦，“禅学最害道。庄老于义理绝灭犹未尽，佛则人伦已坏。至禅，则又从头将许多义理扫灭无余。” [4]3014同时，批判道家学说丧人伦“老子是出人理之外，不好声，不好色，又不做官，然害伦理。” [4]2988显然，在维护儒家人伦这一根本原则问题上朱熹致力甚深。此外，朱熹认为“异端”沦为空寂，非儒家实然之理。如其批判道家道教：“诸郎有志须精学，老子无能但欲眠。多少个中名教乐，莫谈空谛莫求仙。” [1]20册474指出道教学说沦为空谛之论。他指出道家及其影响的学派爱惜生命而逃离社会，走向空寂之道：“畏一身之祸害，耽空寂以求全身于乱世而已。及老子唱其端，而列御寇庄周杨朱之徒和之。” [4]2993朱熹更明确的指出佛教是虚无寂灭之教，“异端虚无寂灭之教，其高过于大学而无实。……使其君子不幸而不得闻大道之要，其小人不幸而不得蒙至治之泽。” [5]3最后，朱熹认为庄子、法家学说沦于功利，指出“庄子之意，则不论义理，专计利害，又非子莫之比矣。” [1]23册3285针对先秦法家学派，朱熹认为“古圣贤之言治，必以仁义为先，而不以功利为急。……申商吴李之徒所以亡人之国而自灭其身，国虽富，其民必贫；兵虽强，其国必病；利虽近，其为害也必远。顾弗察而已矣。” [1]24册3623而受到霸道影响的汉唐君主“虽或不能无暗合之时，而其全体却只在利欲上。”