在我国，PPP项目尚属于新事物，相关的制度及管理措施还不尽成熟和完善，税收管理方面还存在着很多不足和急需完善之处。基于相关人员理念滞后、知识匮乏，税收筹划的方式不尽科学、合理，税收模式不尽科学、合理，PPP项目税收管理方面尚有着一定的税务风险。
（一）企业PPP 项目和当前实行的税收政策的冲突
目前，具体到实践过程中，企业PPP项目以地方性的居多，全国性的项目较少，公共基础设施为该项目主要最终产品。在现行的法律法规中，提供地方性公共产品隶属于地方政府事权的范围。与之相对应，则是依据我国现行的税收制度和税收政策，企业所得税和增值税为地方和中央的共享税种，不管是哪种税种，均执行全免或全减的税收政策，这就导致了地方和中央政府的支出责任不明确，公共产品的收益范围较为模糊的现象，由于对于建设方的优惠方面存在着不足存，导致中央与地方矛盾频出。具体到发达地区而言，源于自身的良好的硬件设施和先进的施工技术和人员优势，加计扣除优惠政策的便利程度加大，这就加剧了地区间的不平衡甚至出现诱发新矛盾的现象。
（二）财税优惠政策覆盖面不尽全面、合理
具体分析开来，企业PPP项目中的占绝大多数与公共基础设施建设有着很大的关系，与之相对应的优惠政策却不尽全面、合理，很不完善。如基础民生项目中的所得税和增值税（垃圾和污水处理）、2020年前享受西部大开发减按15%征收企业所得税、从事国家重点扶持的公共基础设施项目企业所得税享受“三免三减半”等做法对正在实施中的企业PPP项目而言优惠力度、优惠意义均不大，这就在一定程度上限制了政府优惠政策导向作用的发挥的广度和深度。其次，具体到具体实施过程中，PPP项目涉猎广泛涉，大部分与民生相关的基础设施领域均属于PPP项目涉猎的范围，在实际操作过程中，则缺乏这方面的统一、规范的税收政策，由此导致了巨大的致税收风险，对税收征收工作有着一定的不利影响。另外，在现行的政府优惠政策中一般都有明确的时间期限，在实际施工过程中PPP项目的回收周期较长，成本收回需要几年甚至很多年，一方面造成了优惠政策的惠及度不够，很多PPP项目在施工建设期内享受不到相应的优惠，企业后续运营期间，若税收政策变动，还会带来的一定的风险。