（一）对内部审计的认识不够，内部审计的环境有待提高
由于审计工作专业性强，技术含量高，部分高校领导层不能准确的定位内部审计工作，部分教职工甚至不了解内部审计是什么，要做什么。整体审计意识的淡薄，无法为审计工作开展提供良好的的环境氛围，尤其是被审计单位审计意识不强会直接影响审计工作的开展。例如，高校领导干部如果对内部审计工作认识不清、重视不足，认为内部审计就是完成任务走过场，这种认识不清、重视不足的思想一旦蔓延在整个校内，内部审计机构在校内开展内审工作的权威性就得不到有效保证，内部审计机构的地位也会大打折扣。又如，在审计工作中需要得到的一手信息等资料需要被审计单位的配合，如果被审计单位由于认识不够不予支持或者审计与被审计双方配合不到位，就会使审计工作陷入两难的境地。再如，内部审计人员在审计中难免发现这样或那样的问题，如果被审计单位或个人不能正确的对待和理解内部审计发现问题并要提出建议和督促整改的工作性质，就容易造成审计人员与被审计对象之间的误会，影响内部审计机构和人员的形象。
（二）内审人员配备不足，专业水平不高，综合能力不强
目前，内部审计机构专业人员配备不足是我国高校内部审计工作普遍存在的问题之一。部分高校纪检、监察和审计不分家，专业审计人员缺乏或者身兼数职难以兼顾审计工作，有些专门设有独立内部审计机构的高校往往也存在人员配备不足的现象，从而导致高校内部审计工作缺乏人才队伍保障。再者，内部审计工作专业性和原则性较强，对内审人员的专业胜任能力和综合素质要求较高。但多数高校内部审计人员对自身专业水平提高较慢，满足于现有的知识面，不重视继续教育和知识的储备与更新；还有些高校内审人员多是财务出身，难以高水平胜任高校目前涉及到的基建审计等专业要求较高的工作。此外，内部审计工作面对的审计对象是本校内部职工，这些审计对象与内审人员长期共事于同一个单位，同事之间的情感关系使得个别内审人员在工作中也会存在规章制度意识不强、好人主义的现象，不能从较高程度坚定坚持内审工作原则。
（三）内部审计工作规章制度不全、体系不完善
虽然高校内部审计工作已有三十多年的发展历史，但尚未形成良好工作运行机制，依然存在规章制度不全、体系不完善的现象。首先，高校内部审计工作缺乏法律支持。高校现行参照执行的国家层面的内部审计工作文件制度仅仅局限于审计署和教育部出台的相关文件，暂时没有国家法律法规层面的支持保障。其次，高校内部审计工作缺乏行业规范指导。《内部审计实务指南》第4号——高校内部审计对我国高校内部审计工作指导意义重大，但也未能做到高校审计项目全覆盖性的指导，且不论是《内部审计准则》还是《内部审计实务指南》都偏重于对企业内部审计工作的指导。再次，高校内部控制制度体系不完善，审计工作机制不健全。我国多数高校内部控制体系建设占位不高、谋划不足，甚至仅由下属部门自行建设，最终导致高校内部控制建设不能从全局出发，缺乏顶层设计，各部门间相互孤立难以衔接，出现制度孤岛。此外，高校对内部审计工作机制建设方面也比较薄弱，审计全覆盖要求以来，高校内部审计机构逐步开展了更多的新业务，这些新业务由于还在开展的起步摸索阶段，一时很难制定出合理规范的制度文件，内部审计工作过程中遇到问题，也难有相应的沟通解决机制。