（一）高校内部审计机构设置
根据教育部《教育系统内部审计工作规定》和《内部审计实务指南》等相关文件和制度要求，高等学校均应设置独立的内部审计机构，开展内部审计工作。我国高校目前已基本符合要求设置了内部审计机构。
我国高校内部审计机构主要以以下三种形式存在：一是独立的内部审计机构（审计处或审计部），这是当前高校内部审计机构的主流形式。在校长或委任副校长的分管下，内部审计机构依法依规、专职独立的开展工作，审计独立性能够得到较高的保证。二是与纪委、监察部门合署办公的纪监审形式，主要存在于高职大专院校，一般由学校纪委书记分管。但常常由于工作人员身兼数职，内部审计工作的质量和效率不能得到有效保证，未来该形式将逐步被独立的审计机构形式所取代。三是下设于财务部门的内部审计机构（审计室或财审科），由于隶属于财务部门，该内部审计机构一般由财务部门统一管理。该种形式下，内部审计工作开展受到很大局限性，难以保证内部审计工作的独立性。随着高校权力运行机制进一步完善，不相容岗位相分离，这种内部审计机构设置的形式已基本被淘汰。
（二）高校内部审计业务范围
2015年12月8日，中共中央办公厅、国务院办公厅印发《关于实行审计全覆盖的实施意见》。文件明确要求对公共资金、国有资产、国有资源和领导干部履行经济责任情况实行审计全覆盖，做到应审尽审、凡审必严、严肃问责。高校审计全覆盖，就是要从审计内容的广度和深度着手，全面开展审计业务工作。从广度上来说，高校内部审计要涵盖内部控制审计、预算执行与财务收支审计、基建修缮工程审计、科研项目或经费审计、领导干部经济责任审计、绩效审计、对外投资审计及其他各类专项审计和调查等项目，是对高校各种资金、资产和资源进行全面审计。从深度而言，高校内部审计要对从被审计项目的事前、事中、事后各环节入手，深度了解、全面监督，是对高校审计项目的全过程监督和审计。