1.多数省份未设专门的管理机构
2018年9月中旬，通过网络对31个省教育厅内设机构调研得知，有13个省份（北京、上海、天津、重庆、甘肃、陕西、贵州、云南、四川、湖南、河南、安徽、山东）设立了专门的民办教育管理机构，占总数的41.9%，18个省级教育行政部门没有专设的管理机构，民办教育管理职能多被纳入到发展规划处，且往往只有一两个管理人员负责相关业务，这种不成比例的机构与人员配置，一方面难以有效统筹协调、规划、服务好一个省或一个市的民办教育；另一方面，导致多个业务部门往往在同一时间要求上报各种相同或不同内容的材料，给民办学校造成许多重复性劳动；再者，上下级行政部门之间缺少沟通与协作，导致工作效率低，这是学校反映较多的一个问题，强烈呼吁有一个自己的专门组织机构。
2.大多数省份未建立联席会议制度
为了贯彻落实《若干意见》精神，推动分类管理改革有序进行，2017年8月，国家成立了部际联席会议制度，而各省区的联动反应相对迟缓。2018年9月中旬，通过网络对31个省政府对民办教育工作联席会议批文的检索得知，只有8个省份（上海、浙江、辽宁、湖南、四川、甘肃、宁夏、江西）建立了民办教育工作联席会议制度，仅占总数的25.8%；未建立的省份却占7成以上。同时，在访谈中得知，有些省份尽管建立了联席会议制度，但由于各部门之间存在利益博弈等问题，使这种制度“束之高阁”，没有发挥应有的作用。
3.管理上存在越位、缺位和重监督、少服务问题
有些省份反映，管理部门在宏观上为民办学校发展创造条件、营造环境、科学引导与服务做得不够；对学校管理过多、过细、过硬，尤其在办学自主权不充分、行政审批繁琐上反映比较强烈。
（五）原有政策中很多措施未得到落实
目前，国家有关民办学校师生权益和举办者权益的政策还没有得到落实，比如：在2002年的《民办教育促进法》中明确规定，“民办学校与公办学校具有同等的法律地位，国家保障民办学校的办学自主权。”“民办学校教职工在业务培训、职务聘任、教龄和工龄计算、表彰奖励、社会活动等方面依法享有与公办学校教职工同等权利。”“民办学校的教师、受教育者与公办学校的教师、受教育者具有同等的法律地位。”“出资人可以从办学结余中取得合理回报”（至新法删除前尚未落实）等等。同时，《规划纲要（2010-2020年）》也有类似的规定。而且，这些提法在国家其他一些教育文件中也都有体现，但始终没有落地，这在民办学校中反映相当强烈，致使国家政策在民办学校中的权威性大打折扣。