学院作为高校办学实体，开辟大学内部治理体系改革新路径的信号愈演愈烈。通过系统地梳理“院系办校”的国内外政策沿革与实施机制，学习借鉴国际知名高校“院系办校”之路的丰富经验，深刻总结校院关系的博弈关系，以深化我国高校内部治理体系改革的进程。
从历史发展的角度来看，“院系办校”模式源于大学自治和学术自由的理念，最早由法国巴黎大学创立，之后剑桥和牛津等大学也采用了这一管理形式，并以学院制为管理特色而享誉世界。在这一模式下，学院治理呈现“校—院—系”三级治理结构，大学与学院相辅相成，却又相对独立，是不同的实体。各学院高度自治，但遵守统一的大学章程，章程由大学的立法机构起草通过，并每年修订。学院的自治权主要体现在投资、财政、招生、人事、科研、教学以及课程设置等方面，是大学治理结构的重心所在与权力运行的主体。
剑桥、牛津等知名高校的治理框架虽有其独特的历史演变路径，但在治理过程中却蕴涵着以下相似之处：第一，以学术治理为根本，充分保障学术自治。大学是由学者与学生共同组成以致力于追求真理事业的共同体，其本质是一个以知识传承、创新、扩展与应用为核心活动的教育组织与学术组织。第二，以学院为实体，确保治理重心下移。剑桥、牛津等知名大学的学院并不依附于大学的管理而存在，学院保留了高度的自治权，保持了相对独立性和发展自主性。要进一步扩大我国高校办学自主权，关键在于如何落实学院的办学自主权，如何让学院接好、用好、管好下放的管理权限。第三，以教授治学为重心，实现权力相互制衡。大学取得的任何成就与发展都离不开完善的权力制衡结构，即大学治理的关键在于权力的合理配置、相互制衡和有序运行。因此，优化我国大学院校关系应从优化内、外部制度环境入手，建立和完善现代大学制度，从而平衡二者的关系。
2011年，国家教育体制改革领导小组启动了国家试点学院改革项目，首次在全国17所高校设立了试点学院。“试点学院”项目是我国高等教育领域的重大综合性改革，以高校二级学院为实施单位，强调学院在招生、人才培养、课程设置、教师队伍建设等方面的自主权。以天津大学精仪学院为例，在经过前期调研和充分讨论的基础上，围绕“创新人才培养体制”这一核心，形成了“一个核心、双轮驱动、三项抓手、四个突破”的改革方案，在学生选拔与招录、创新人才培养模式、课程质量、教师队伍建设、学院内部治理等方面进行了积极的改革和探索。也有学院以基层学术组织建设为抓手，探索建立行政权力和学术权力适当分离、合理分治的二元治理架构，建立和完善有效制约的大学自我约束机制。但是遗憾的是，这项改革方案在后来的几年中由于某些原因未能得到有效地贯彻实施。