伴随着信息技术、“互联网+”的不断发展，电子商务在理论上、形式上都在不断发生变化，课堂教学不能做到与时俱进，致使达不到双创能力培养的教学效果。同时，传统电商教学模式存在的问题也日益凸显，主要表现在以下几个方面：
1. 缺乏复合型师资队伍
电子商务课程开设于2000年后，起步较晚，国内专业教师稀缺，直到2012年后才出现一批具有研究生或博士学历的电子商务专业教师。同时，电子商务作为一门包含学科门类众多的综合性课程，对教师理论知识的系统性要求很高。目前，电子商务教师多来自于计算机、管理、经济或营销专业，这些老师缺乏对电子商务理论知识体系的系统性。在实际的教学中，往往会出现管理类的教师只懂管理、销售不懂技术，而计算机类的教师只懂技术不懂管理、销售的问题，他们不重视学科的交叉融合，不能做到多学科知识的融会贯通，侧重于纵向发展而忽略交叉发展，不能很好的满足课程的教学需要。
2. 课堂教学方法落后
目前，很多高校的电子商务课程因教学理念、师资、教学软件等因素的影响，在教学过程中围绕电商的概念、特点、模式、网络技术等理论知识展开教学，而忽视实践教学环节，电商实践课程严重不足。并没有根据电子商务“重实践、轻理论”的课程性质设计适宜的教学方法，仍以传统的填鸭式的课堂教师讲授为主，这种教学方式禁锢了学生主动学习和探索的欲望，限制了学生自主创新能力的发展。另一方面，既懂理论又具有实践技能的“双师型”教师匮乏，电子商务校内实践教学基地建设滞后，不能实现真正的工作现场授课，不能激发学生的创业兴趣。即便有的高校在教学过程中使用电商教学模拟软件，但由于软件的虚拟性，学生接触不到电商企业真实的工作场景、操作平台、具体的产品和客户，教学效果较差。
3. 教学内容陈旧
随着“互联网+”时代的到来，电子商务的发展日新月异，新知识、新理念更新速度很快，而电子商务课程体系中教学内容更新速度较慢，反映的多是过去的知识和技术，不能做到与前沿技术同步发展，致使教学内容与社会需求严重脱节。此外，现有的电子商务教材理论性过强，面向培养应用型电商人才的教材较少。对于应用型本科院校来说，培养和输出应用型人才是其主要任务。如果教师完全按照教材内容授课，将会导致学生所学知识过时，与企业人才需求不匹配的现象。因此，有必要对电子商务教材做进一步的更新和完善，使其更加贴近应用型人才的培养目标。
4. 缺乏完备的实践教学资源
实践教学资源主要指实训室、实训软件硬件等，受“互联网+”飞速发展的影响，对电子商务实践教学要求越来越高。当前我国很多高校都设置了电子商务实训室，引入了相关的仿真模拟实训软件，这些软件虽能使学生理解课程中的理论知识、掌握网上交易的操作流程，但这种模拟实训与企业现实中的运作流程存在较大差异，不能激发学生创新思维。另外，电子商务实训软件陈旧、系统仿真性差，无法跟上电子商务的发展，实际操作中存在很多欠缺，需要不断更新、完善、创新。最后，没有建设校内实践教学基地和开展校企合作，学生没有实习、实践的平台和环境，这是实践教学的一大缺陷。