改革开放四十年来，我国高校党建工作紧随时代发展步伐、主动服务国家战略、积极助推高等教育事业发展，为党和国家事业全面进步做出了重大贡献。在这四十年间，高校党建大致经历了四个主要阶段：
（一）整顿与探索阶段（1978年到1989年）
文革十年间，政治的无序和经济的混乱对高等教育事业产生严重冲击，高校党建遭遇严重破坏。文革结束后，特别是邓小平同志全面恢复工作后，对这一局面深感忧虑，他在1978年全国教育工作会议上明确指出：“学校应该永远把坚定正确的政治方向放在第一位”[[[]普通高校思想政治理论课文献选编 （1949－2008）[M].北京：中国人民大学出版社，2008.]]邓小平同志的这一表态，拉开了重新重视学校党建和思想政治工作的序幕。此后，伴随着改革开放的开启和持续探索，党中央、国务院以及教育部等相关部委陆续颁布了一系列文件，在整顿与探索中持续加强高校党建工作。这一时期，出台的主要文件有：1980年党中央印发的《关于加强高等学校领导班子建设工作的若干意见》、1985年党中央颁发的《中共中央、国务院关于教育体制改革的决定》以及1987年党中央下发的《关于加强和改进高等学校思想政治工作的决定》。这些文件的出台和实施，使“党委领导下的校长分工负责制”的指导思想开始在高校逐步确立，深化了对高校党建重要性的认知，对高校党建的目标任务、方法途径以及主要内容也进一步得以明确。这一时期，高校党建总体上取得积极效果。但是，80年代后期，高校党建工作在国内外局势骤变下出现一定波折。
（二）总结教训与持续改进阶段（1990年—2002年）
这一时期，伴随着中国特色社会主义市场经济的逐步确立和高等教育规模化发展的开启，高校党建在深刻总结教训的基础上进行了持续改进阶段。首先，定型并完善高校管理体制。这一时期先后召开了11次全国高校党建工作会议，特别是在1990年召开的第一次全国高校党建工作会议，在深刻反思高校党建出现问题的基础上出台的《中共中央关于加强高等学校党的建设的通知》，开始确立了“高等学校实行党委领导下的校长负责制，党委统一领导学校工作”的高校管理体制，后经不断完善，这一体制写进《中华人民共和国教育法》，我国高校管理体制得以定型。其次，高校党委班子建设持续加强。这一时期，党中央、国务院及国家各部委先后出台了《关于进一步加强高等学校领导班子建设的通知》 《关于加强高等学校领导班子建设工作的若干意见》等文件，对高校领导干部配备、培训、考核等做了明确规定，对高校领导班子的思想、作风以及业务建设等做了明确要求，高校党委班子建设水平得以提升。再次，大学生思想政治教育持续强化。为深化大学生对党情国情的了解、筑牢高校师生社会主义信仰之基。这一时期，中央和国家各部委出台了《关于新形势下加强和改进高等学校党的建设和思想政治工作的若干意见》 《关于普通高等学校开设〈邓小平理论概论〉课的通知》关于加强和改进研究生德育工作的若干意见》 《关于加强普通高等学校大学生心理健康教育工作的意见》等文件，在全国各高校持续开展邓小平理论、“三个代表”重要思想“三进”等活动。大学生的思想政治素质得到提升，高校思想政治工作取得积极成效。