专业与课程建设是人才培养最重要的组织形式，是学校提升综合实力与人才培养质量的核心，十九大报告指出，“加快一流大学和一流学科建设，实现高等教育内涵式发展”，做为应用型高校，就是要做好一流应用技术型大学建设和一流应用技术学科建设，其建设的核心是以应用为特色的教学，其根本核心是应用型专业和应用型课程建设，要以应用为切入点，坚持产教融合、校企合作，对接社会需求以及产业岗位的技能需求，加强应用实践教学，使学生达到真学、真做、最终获取真本领，但是经过研究，发现部分应用型高校，特别是新升本高校，其专业建设与课程建设在不同程度上都存在以下问题：
2.1专业建设与课程建设存在传统研究型大学的身影。在开展专业建设与课程建设过程中，没有研究透专业的背景、专业的内涵、专业的发展对企事业岗位的需求分析，行业标准以及国家的专业发展导向没有把握准确，其主要的原因就是没有找准依据，对传统的研究型大学现成的专业建设与课程建设拿来主义心态严重，应用为主的专业建设与课程建设没有真正突显。
2.2专业与课程建设设置分散、重复问题，应用型高校转型前身大部分是专科、成人学校通过各种途径，如合并、转制、升格等重组方式组建起来的，其建设时间短，本科教学经历不够，在扩招的大环境下，大量开设或调整专业、课程，但缺少依据一定的办学定位及专业建设的标准模式开展建设，导致专业设置分散，另外新升本的应用型高校其教学成果尚未凸显，其地位还没有得到社会的更多认可，对学校的定位和区域社会的经济发展等分析不够，把握不准，盲目跟风开设专业、课程，导致同类院校专业的重复性设置比例过高。间接造成了人、财、物的极大浪费，重复建设同时也把学校带进困境的闭环中。
2.3专业建设与课程建设偏离行业需求，应用型高校转型初期往往受到教学资源的约束，如师资、经费、教学科研仪器设备、管理水平等，在专业与课程建设上，因受约束而不能从社会经济发展的需要及岗位需求出发，没有严格依据行业一般标准或国家质量标准，在课程建设、课程教学内容、教学方法和培养度上与人才培养初衷不相匹配，无法达到培养应用型的目标，影响学校的教育发展。
概括起来就是其学科专业结构、类型结构、区域结构不合理、同质化严重，缺乏发展特色、人才培养机制瑕疵等，如方案、课程、实践等环节、培养质量难以符合产业需要。究其原因，主要问题在于专业及课程建设上，除了受资源约束外，最重要的一点是没有一个规范性的标准或坐标轴线体系遵循，病急乱投医现象凸显，经过问题现状剖析，提出行之有效的专业与课程建设的设坐标系统开发，以保障专业与课程建设的有效性。