1.医院内部控制制度评价
1.1 内控制度的健全性、有效性
审查评价是否建立了适当的合同管理制度，是否明确合同拟定、审批、履行等环节的程序和要求。合同签订前业务承办部门是否进行合同调查，了解合同对方的主体资格、资信情况；是否严格执行政府采购等国家相关法律法规的规定；是否按照医院规定的权限和程序签署合同；是否存在超越权限批准订立合同或未经授权擅自以单位名义对外签订合同的情况；对合同履行中签订补充合同，或变更、解除合同等是否按照有关规定执行；是否明确合同专用章的保管和使用责任；是否按照合同条款的约定和医院付款的审批流程办理合同价款结算；是否对合同履行情况实施有效监控等等。
1.2 岗位设置及职责的合理性
明确医院经济合同管理各个职能部门的职责分工和管理责任。审核合同经办部门是否按照职能分工在其职能范围内经办相关合同业务，经办部门负责人应履行如下职责：对本科室签订合同的需求进行确认，对合同稿内容进行审核，对整个合同业务负责。财务部门应审核合同的预算、付款方式等经济性条款。审计部门应履行如下职责：配合相关部门参与合同签订前的市场调研，对采购过程的合理、合法、有效性进行审计监督；对合同的合法性及条款的准确性进行审查；对生效合同的执行进行跟踪审计监督。重大合同或法律关系复杂的合同应由法务部门或聘请专业的法律顾问参与。各职能部门各司其职，保证合同法律条款、商务条款、技术条款的完整性、准确性和有效性。
2 对合同管理实现分级控制管理
内部控制的核心要素就是“监督”，对合同管理的监督可分为日常持续性监督管理、资金流控制监督管理和独立性监督管理三个控制层次。第一个层次是经济业务发生部门，即合同归口管理部门严格按照医院内部控制的程序、不相容职务岗位设置等制度进行合同签订和管理，建立第一道监督防线。所有合同都会涉及资金流向，所以，第二个层次应在财务部门建立第二道监督防线，对金额、付款条件、结算、索赔和发票等合同主要内容进行检查复核。第三个层次，应由具有一定独立性的审计部门建立以审核控制为主的监督防线，通过内部控制测试发现合同管理流程中的问题和风险，做出评价意见，并提出改进措施，进一步促进合同管理内部控制更加完善。
3 发挥内部审计在合同管理内部控制中的作用
内部审计既是合同管理内部控制中的一个重要环节，又是实现内部控制目标的重要手段之一。内部审计部门独立于业务管理部门，不从事具体业务活动，这使得内部审计可以从全局出发、从客观的角度对合同管理中的风险进行识别，及时建议业务部门采取措施以控制风险。充分发挥内部审计其评价职能的作用，规范合同管理流程，促进内部控制制度的完善。当前医院合同管理中存在的问题，有些问题屡次出现，内部审计需分析其出现的根本原因，争取为医院管理层出谋划策，提供一些建设性的建议。