（一）理论研究与实践脱节，发展不平衡
纵观整个传统村落建档式保护的研究，理论基础的论文占据绝大多数，过于追求理论研究而忽视了对于实践工作的指导，理论研究不能用于实践中，与传统村落建档式保护的实践工作脱节，实践工作滞后于理论发展。其次，在传统村落建档式保护实践的文章中，有一些涉及传统村落档案的收集、保管和鉴定，但这些文章仅仅是将档案管理的业务环节和管理原则泛泛的做具体的介绍，并未真正地深入了解传统村落档案的特点，将传统村落档案的特征与档案管理工作结合。
传统村落建档式保护属于实践性较强的应用学科领域，要认真总结实践经验，研究应该讲理论与实践相结合，适当一些开展田野调查，案例分析，真正地走进传统村落，了解传统村落的历史背景和自然地理环境，改变传统的研究方法和思路，结合传统村落的特点如何建立传统村落，规定传统村落的建档范围和标准。对于一些传统村落档案建立较好较为先进的地方，建立传统村落建档式保护示范基地，开展相关的研究与实践经验推广。也可以借鉴国外传统村落建档式保护的研究和工作成果，期待在以后的研究中有更多关于理论经验的研究成果出现。
（二）研究热情低且相互独立缺乏合作
从我国目前的传统村落建档式保护研究主题来看存在的问题主要有：一、整个档案学界对于传统村落建档式保护的研究热情低，形成的相对科学和完善的研究成果较少。根据文献数据分析的结果来看，当前投入到该研究的主体以高校为主，科研机构为辅，少数的综合档案馆参与。二、各研究单位自称体系，缺乏广泛的合作交流。以高校研究为例，大多数合作的作者以本校为单位，各研究单位之间缺乏合作。作者之间的合作能够发挥群体智慧优势，之间的经验交流与共享能够促进研究水平的提高，有利于学科的发展。
一方面传统村落建档式保护属于综合性较强的边缘学科，要注意借鉴、吸取其他学科的研究成果，从不同的学科角度去看待传统村落，与社会学、民俗学、历史学等不同学科的专家学者合作研究，全面系统的研究传统村落。另一方面，档案学界内部，各高校，各综合档案馆，各科研单位应该加强内部的合作研究与信息交流，开展论坛或者合作项目，发挥自身的优势与特长，共同促进学科发展。
（三）研究视角窄，缺乏原创性
从已有文献的数据分析与内容分析中就可以看出，我国对于传统村落建档式保护研究从“物质文化”“村落文化”“档案管理”为主题进行研究，过分的依赖其他学科的研究成果，学科研究基于对其他学科的概念植入，缺乏原创性。其次，研究视角又过于狭窄，研究的大多数视角局限在理论基础的探究上，泛泛而谈，研究的广度不足深度不够，缺乏见解。在作者方面，以王云庆，韩桐，满艺，王萍为主，民间则以冯骥才先生为主，较为集中，他们在研究方法和观点上趋于相似，学科研究缺乏权威的专家。