通过微生物发酵，可以将秸秆、蔗渣及药渣等农产品废弃物和各种杂粕转化为营养丰富的生物饲料，降低污染，变废为宝。由生物饲料构建的饲料配方体系，能够集成替代抗生素综合解决方案，具有提高饲料转化率、增强饲料适口性、改善肠道微生物菌群、净化水体、提高水产动物免疫力等优点。
3.1饲料利用率提高,降低饲料成本
有益微生物在水产动物体内代谢产生大量的蛋白酶、脂肪酶、纤维素酶、植酸酶等酶类和B族维生素、氨基酸等营养因子，可以有效促进水产动物消化吸收，显著提高饲料的利用率。比如微生物产生的酶通过生化反应转化饲料原料中的植物细胞壁成分，将纤维素、果胶质等难以降解的大分子物质转变为单糖和寡糖等小分子物质，并伴随多种有机酸、微生素、生物酶以及多种生长因子产生，极大的提高发酵物料的营养水平和消化利用率。此外能量饲料经发酵后转化成了菌体蛋白饲料，可减少50%左右的蛋白质饲料的用量，可不用或少用鱼粉，从而有效降低成本。周国忠[28]在鲤鱼、草鱼、鲤鱼日粮中饲喂54%的风干人工瘤胃发酵饲料，饲喂80天后，试验组增重比对照组高19.4%，基础饵料系数比对照组少耗163%，每公斤增重节省0.93%基础饵料。
3.2饲料适口性增强
生物饲料中富含呈味核苷酸、谷氨酸等天然诱食成分，具有独特的发酵香味，能刺激水产动物的食欲，促进消化液的分泌，提高消化酶的活性，加速饲料营养成分的分解，从而促进营养物质的吸收，使得所养鱼虾采食量和采食速度全面提高[29]。
3.3改善水产动物的胃肠道环境，促进体内微生态平衡
生物饲料中含有乳酸菌、酵母菌、芽胞杆菌、链球菌等各种有益菌。这些有益菌在代谢过程中会产生大量有机酸（如乳酸和乙酸），降低肠道pH值，有效抑制各类有害菌的生长繁殖；同时乳酸菌可以产生抗菌物质，包括嗜酸菌素、溶菌酶、过氧化氢等[30]。在水产动物摄食消化过程中，体内含有的有害菌群和有益菌群都在其中生长繁衍，当有益微生物夺取了病原菌在肠道微生态环境中的定植部位和营养物质，有益菌群可以占据绝对优势，抑制其他病原性微生物的附着和繁殖，提高水产动物的抵抗力，促进肠道微生态环境平衡。比如乳酸和链球菌肽等，在鱼虾肠道内能抑制沙门氏菌、志贺氏菌、绿脓杆菌和大肠杆菌的生长。此外有些有益微生物可以产生溶菌酶，也可起到抑制病原菌的生长作用，进而改善鱼虾胃肠道微生态环境[1]。
3.4净化环境，改善水质
生物饲料中的有益菌能够在鱼虾肠道内代谢过程中提高消化率和进食量，进而有效减少水体中残余饵料和有毒有害气体(如氨气、硫化氢等)的排放，同时生物饲料中的有益微生物会在鱼虾肠道内形成生物屏障——致密性膜菌群，阻止饲料中的有毒有害物质进入鱼虾体内[31]。有益菌在代谢过程中可以产生氨基氧化酶、氨基转移酶以及分解硫化物的酶类等有害物质降解酶，减少肠道中游离的氨（胺）及吲哚等有害物质的含量。向水体投喂生物饲料后，各类有益菌可以通过氧化、氨化、硝化、反硝化以及固氮作用，快速降解水体中积累的大量有机物，降解之后会产生大量可以直接被浮游植物充分利用的无机盐，而水中大量繁殖的浮游植物又能进一步降解有害物质，改善养殖水体的各项指标，净化水质，减轻养殖业对水环境的影响。