《内经》医学思想以神秘宏伟之道为体。道，隐匿不彰；以三才为用，又将三才聚焦到天地之间人的自身；析之可见，即在宇宙观视域，同时也将医学定位到了人学--其方法论是都紧密围绕着三才这个理论轴心而展开。
在三才观的前提下，思想体系突出了宇宙之间人的重要性：“天覆地载，万物悉备，莫贵于人”（《素问·宝命全形论》），“人者，天地之镇也”（《灵枢·玉版》），人在宇宙之间如同至尊至贵的宝器；及“且夫人者，天地之镇也，其不可不参乎”（《灵枢·玉版》）；“天至高，不可度，地至广，不可量，此之谓也。且夫人生于天地之间，六合之内，此天之高、地之广也，非人力之所度量而至也。若夫八尺之士……此人之所以参天地而应阴阳也，不可不察”（《经水第十二》）；以及“人与天地相参也，与日月相应也”《灵枢·岁露论》，均和“人者，天地之心也”（《礼记》）同理。所论天地，指上下不同的诸层次时空，虽然道化生了天地、天地皆法于道，以神秘宏伟之道为先、为体，但困惑是道隐匿不彰、不可见不在场；那么人作为宇间三才之一，属一般通称是大写的，在理论表达之中似为虚拟性符号；人悟道、明道、效法道、彰显道、遵循道、体现道……无论以医载道、以文载道……既是理念前提也是追求结果，取经典烛照即“高卑定位，故两仪既生矣。惟人参之，性灵所钟，是谓三才。为五行之秀，实天地之心，心生而言立，言立而文明，自然之道也”（《原道》），皆强调人系五行之秀天地之心，赋予人以面对自然的敬畏之心、面对无极而叩问太极的努力，参于天地感悟天文地理及万象才能酝酿思绪谱写华章，内证、外求之际追求终极总处无限境界，此乃天命神圣之使，凸显了人生的尊贵、庄严、神圣和责任。
该思想体系据人参天地的原理，推出其生命哲学的全息方法论，“与天地相应，与四时相副，人参天地”（《灵枢·刺节真邪》）……及其治疗法则。“人与天地相参，故五藏各以治时”（《咳论篇》），“夫一天、二地、三人、四时、五音、六律、七星、八风、九野，身形亦应之，针各有所宜，故曰九针。人皮应天，人肉应地，人脉应人，人筋应时，人声应音，人阴阳合气应律……九窍三百六十五络应野”（《灵枢·针解篇》）；三才之间的关系亦即人-宇宙之关系，其医学思想是基于这轴心关系而展开的，即提示遵循天道-地道-人道乃至以医载道，诸多篇目强调圣人、真人、至人、贤人“与道合同”，未染世俗，体现了三才之间的本真关系，是遵循天人相应、参悟天地、探究秩序、取法天地、以制纲纪、化通人伦所应倡导和效仿的的楷模；即把以人为本的轴心作为要义纲领。
关于人参天地之参，其含义历代所释不一，以数字之三、参与之参为主，兹认为也应含崇敬、观照、参悟、参互之意，即含“夫人之一身，法天象地，与天地同一阴阳也”（《周易参同契发挥》俞琰）之意，对人而言既是数字、方式，也是在不同空间层次所具策略、态度及神圣使命。如《素问》所论治则也如此，将人的形、血、气与“天地之至数”相参，形成的三部九候之脉法，《金匮真言论》《气交变大论篇》等篇将生理现象联系星辰而论计数十处；据此可见该医学思想通过聚焦三才、图式轴心，启发人感悟体内—体外、人—宇宙全息相应之关系——实质即关于思维和存在的关系问题；根据这关系的意义，又启发人采用多种全息方法论统揽人性、探究生命绽放规律，问道、参互天地、效仿自然正道、追问医学规律，亦含纠偏之旨，这要义皆纳入了传统医学理论奠基、中心命题。