1可借鉴的实践经验较少
自《加强医疗联合体建设和发展的指导意见》发布以来，县域医共体工作在全国各地铺开，但是县域医共体工作还在摸索阶段，没有现成的经验可以借鉴，与县域医共体相关的研究文献较少，与县域医共体内人事档案管理研究相关的实践经验和文献资料更是稀缺。在这种情况下，对县域医共体内人事档案同质化管理的探索与实践极富挑战性。
2.2领导认识不足，不够重视
医院档案管理工作在医院的发展过程中起着重要作用，但是由于缺乏领导的重视，医院的档案管理工作难以得到有效开展。而在县域医共体工作开展过程中，院领导及各级管理部门首先想到的是医疗相关的改革内容，如优化配置医疗资源，转变医保支付方式等。人事档案工作在幕后，往往被忽略。这种意识使得县域医共体人事档案工作处于被动的地位，长此以往，县域医共体内档案管理的质量无法得到有效提升，人事档案同质化管理难以实现。
2.3现有人事档案管理没有按照统一的标准予以规范
人事档案管理工作的特点是严谨、完整、真实，依照档案管理相关要求对人事档案进行管理是档案工作的基本要求。由于设备落后、经费人员不足等多种原因，县域医共体内各成员单位的人事档案管理水平良莠不齐，很多并未按照档案管理规范进行档案管理，这就为县域医共体内档案同质化管理带来了难度。
2.4人事档案管理人员素质参差不齐，普遍专业水平较差
与县级医院相比，乡镇卫生院和村卫生室人事档案管理工作基础较差，档案管理机制和管理方法落后，尤其是档案专业人员缺乏，很多档案工作人都是“半路出家”或者“兼职服务”，综合素质较低。更具体来讲，医院方面在档案管理员的准入机制中做法欠妥，没有严格的筛选出政治水平良好、作风优良、有较强责任人的人员进行档案管理工作[3]。
2.5人事档案管理信息化水平不高
信息技术飞速发展的今天，医院内部很多工作都依赖于计算机和各类管理系统。医院人事档案的有效管理更是离不开档案管理信息系统的支持。随着县域医共体工作的不断推进，总院和各分院的人事档案亟需共享，而人事档案共享的实现离不开高效运转的网络信息管理化平台。目前，县域医共体信息系统主要着力于电子病历、健康档案等互通共享却忽略了人事档案管理信息化的需求。