我国目前非上市公司间接股权激励应纳税所得的计算参照上市公司直接股权激励进行。《上市公司股权激励管理办法》明确规定了上市公司可以采用股票期权、限制性股票两种股权激励方法。我国目前的税收规范性文件在规定了股票期权、限制性股票两种方式的个税税收政策之外，又另行明确了股票增值权、股权奖励两种激励方式的税收政策。
1、股票（权）期权应纳税所得额的计算
财税〔2005〕35号文规定，上市公司员工取得股票期权的应纳税所得额=（行权股票的每股市场价-员工取得该股票期权支付的每股施权价）×股票数量。股权奖励的个税政策按照股票期权政策处理，由于一般情况下股权奖励是企业无偿授予员工的，因此“员工取得该股权奖励支付的每股施权价”为0。
相较于上市公司，非上市公司股权流通性较差，不存在“取得股票当日收盘价”作为定价标准，股权的市场价格难以确定。依据国家税务总局公告2015年第80号文、国家税务总局公告2016年第62号文的规定，非上市公司股票（权）的公平市场价格，依次按照净资产法、类比法和其他合理方法确定。净资产法按照取得股票（权）的上年末净资产确定。
2、限制性股票应纳税所得额的计算
上市公司限制性股票、股票增值权的个税政策主要参考文件为《财政部 国家税务总局关于股票增值权所得和限制性股票所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税〔2009〕5号）和国税函〔2009〕461号。依据以上文件，上市公司员工取得限制性股票的应纳税所得额=（股票登记日股票市价+本批次解禁股票当日市价）÷2×本批次解禁股票份数—被激励对象实际支付的资金总额×（本批次解禁股票份数÷被激励对象获取的限制性股票总份数）。
需要注意的是，限制性股票个税应纳税所得的计算方式不仅异于股票期权，也不同于相应的企业所得税税前费用扣除计算方式。根据《国家税务总局关于我国居民企业实行股权激励计划有关企业所得税处理问题的公告》（国家税务总局公告2012年第18号），上市公司因为限制性股票股权激励可以扣除的费用= 本批次解禁股票当日市价× 本批次解禁股票份数—被激励对象实际支付的资金总额×（本批次解禁股票份数÷ 被激励对象获取的限制性股票总份数）。这意味着员工因解禁限制性股票而取得的工资薪金性质所得与企业支出的工资薪金税前扣除费用是不一致的。
如果参照上市公司限制性股票应纳税所得额计算方式，非上市公司在计算
限制性股权公平市场价时，应以（股权登记日股权净资产价格+本批次解禁股权净资产价格）÷2为标准。但是依据国税总局下发的《股权激励和技术入股个人所得税政策口径》第十四条的规定，非上市公司股权激励不符合递延纳税条件的，按“个人实际出资额低于公平市场价格的差额确定应纳税所得额，参照35号文件有关规定计算纳税。”据此，应以“本批次解禁股权的净资产价格”为标准确定公平市场价格，即应纳税所得额的计算与相应的企业所得税税前扣除标准是一致的。由于缺乏进一步的文件支持，究竟以孰为准，尚待明确。