1.创新创业教育与专业教育分离
创新创业教育与专业教育是高等职业教育的重要组成部分，创新创业教育在于培养学生的创业意识、创新精神和创新创业能力，而高职院校专业教育的目的在于培养学生的专业能力。创新创业教育与专业教育二者之间相辅相成，密不可分。但是，当前在大多数高等职业院校财经商贸类专业创新创业教育还没有真正融入到专业教育人才培养体系中，创新创业教育与专业教育分离，存在各自为政的“两张皮”现象。
2.创新创业教育与区域产业转型升级脱节
高等职业教育的主要任务是培养高素质应用型和技能型人才，而高等职业院校财经商贸类专业的主要职责就是为区域经济发展培养符合产业转型升级需要的财经商贸类人才，担负起服务地方经济发展的任务。而目前高等职业院校在深入对接区域经济发展和产业转型升级方面存在脱节现象。专业设置、创新人才培养方式和提高人才培养的质量未能融入到区域经济和社会之中。
3.创新创业教学缺乏系统化设计
当前许多高等职业院校创新创业教育存在教学方式封闭化、教学资源孤岛化，创新创业教学缺乏系统设计、教学内容单贫、形式单调等突出问题。创新创业教学课程内容未能摆脱纯学科理论体系，理论教学与实践教学体系分离，创业实践内容缺乏系统性和完整性，教学方法传统、教学评价单一性突出。