南洋理工大学能取得如此骄人成绩，离不开其高效、合理的现代大学制度，也与其科学的行政管理体系和高效的行政管理工作密不可分，这其中财务工作为其提供了强大的智力支持，保障其健康、稳定、长远地发展。南洋理工大学尊重经济规律，运用商业理念办大学，严格的追责制度，注重财务的资金效率，有钱而不任性，将钱发到最需要的地方，其财务管理的理念和模式值得国内高校学习和借鉴。
1、高校财务的外部治理环境
大学自主化后，政府给予学校很高财务自主权，主要包括投资与经费自治，大学自行决定投资方向；自主决定学费标准；积极寻求其他经费来源。南洋理工大学作为设有法定董事会的非营利性的企业，经营的市场化意识较高，企业财务管理理念深入管理层。目前，政府拨款仍是南洋理工大学办学经费主要来源，政府经费分配以绩效为基础，大学必须达到事先预定的目标或产出。政府通过契约监督大学经费的管理及运行，确保政府投入的资金能得到合理和有效使用，每年严格的会计审计制度，杜绝职务犯罪和资金浪费，确保资金的经济和社会效益。政府投入的资金确保了学校的正常运转和发展，保证了大学的发展是在政府的导引和监控之下，保证大学的发展规划与国家要求保持一致，符合国家发展的战略需求。每年大学都会向政府报送年度的绩效报告，涉及内容广泛而详细，受之政府严格、完整的评价指标体系的考核。
2、财务内部治理结构
南洋理工大学成为非盈利有限公司，大学运作要执行《公司法》、《慈善和公共机构准则》，借鉴了美国斯坦福大学的管理模式，参照公司的组织架构，形成了从上到下，由董事会、监委会、校长、副校长、总教务长、副教务长、学部、学院、中心、行政部门等构成的立体式行政管理架构。学校最高的财务决策机构是董事会。董事会一般由大学校长、政府高层、资深学者、杰出企业家和行业精英组成，董事会协助学校寻找外来资源，在财务管理、筹融资等方面献策献力，为大学管理层提供有力的支持。大学在统一财经政策、统一预算管理、统一财务会计制度的前提下，按照事权和财权结合的原则，实行学校、学部、学院的三级财务管理体制。财务部是学校一级财务机构，总领学校财务工作，在董事会的领导下开展工作，统一组织和指导学校的各项财务会计工作。学校下设学部和学院两个管理层级，学部在财务事项方面主要审核学院预算，同时每年也有自己的日常经费预算。学院是学校的基本运行单位，实行院长负责制，在预算编制、预算内经费使用、预算外经费使用、学院的创收收入使用等方面享有自主权。