在心理方面，色彩更是电影中人物的下意识元素。红色常与激情或性相关。《谜一样的双眼》以一件强奸杀人案为中心，串联起埃斯波西多、莫拉雷斯、戈麦斯的人生，影片表面上是男性角色的戏，但作为影片中近乎唯一的女性角色，艾琳娜的出场大部分都与红色相伴，无论色是以玫瑰或是服饰为载体，红色贯穿在两条时间线索上的意义都不言而喻，从而衬托出其女性角色的意义。艾琳娜的办公装上摆着她抱着两个孩子的照片，这个细节暗示了她与丈夫并不亲近，相框的后面摆放着一支装在玻璃瓶中的红色玫瑰，与此处呼应的回忆时空中（54’20），依然是艾琳娜的办公桌，一支插于玻璃瓶中的红玫瑰跃入眼帘，她仍保留着办公桌上摆放一支玫瑰的习惯。影片的时间线交错出现，桌面上的红玫瑰不仅是艾琳娜人物的象征，更巧妙地表达出“艾琳娜没有改变”的画外之音。片中红色的服装似乎是艾琳娜的标志，即使没有身穿红衣，也有红色点缀，如红丝巾或红色指甲。影片至05’59时，艾琳娜才正式地以清晰的面目出现。埃斯波西多推开艾琳娜办公室的门，此时的镜头以艾琳娜为视角，埃斯波西多站在门口，两旁是鲜红色的门帘，这让两人二十五年后的相聚有了华丽登场之势。这一场的镜头多为中景镜头，从而将观众的视线密闭在了办公室的狭小空间里。色彩上则仍以暗色调为主，男士黑色的西装，实习生的白衬衫，棕色的家具以及镜头里看不清的黑暗的四周，从而使红色西装的艾琳娜显得格外瞩目。回忆时空中两人初识的那天（9’22），艾琳娜也穿着红色套装，头戴红色礼帽，这与常穿黑色西装的埃斯波西多形成了鲜明的对比——一个勇于去爱，另一个却因心生自卑而不敢表达爱情。
得知妻子遇害后，莫拉雷斯接受询问。镜头的一侧放着一只正在烧水的红色水壶。随着问话的进行，莫拉雷斯的悲伤也随之剧增。在这个镜头结束之际，红色的水壶发出烧开水的声音。导演用几乎占据了一半镜头的水壶来将莫拉雷斯的情绪外化，用红色代表了人物愤怒而又悲痛的内心。影片开始不久处，埃斯波西多写小说勾勾画画的特写镜头，莉莉安娜遇害的点滴以闪回的形势穿插其中。在这个阴暗的空间，一盏橘红色的台灯点亮了幽暗的房间，远景里埃斯波西多就像红色台灯一样孤独又焦躁，在并不明亮的光中写作。余处尽是黑暗。