（一）学科划分及评价问题
学科划分和评价问题关乎微电子学院的建设方向和结果，单独的学科设置及其评估体系，不仅加强微电子学院的独立性，也能更有效的促进微电子学院建设。
（1）设置微电子一级学科
人才作为第一资源以及集成电路产业的核心，微电子学院的成立根本目的就是为产业培养急需人才。然而因为招生名额的限制，现阶段我国高校每年培养的集成电路高级专业型人才不足万人，而缺口却十分巨大，因此扩大集成电路招生名额势在必行。这就不得不涉及一级学科问题，因为我国招生名额多是按照学科进行划分。
目前，与微电子所在的一级学科是电子科学与技术，其下含有电路与系统、微电子学与固体电子学，电磁场与波，物理电子学四个二级学科，其中与微电子学院对应的两个二级学科是：电路与系统、微电子学与固体电子学，研究领域分别对应集成电路的软件部分和硬件部分，前者主要与集成电路设计对应，后者主要涉及集成电路产业中的制造、封装测试。
此外，是否将微电子提升为一级学科，除了与扩大招生名额相关外，也和微电子学院的建设成败攸关，因为这涉及到微电子学院与高校原有信息学院的定位问题，以及在学校的学科地位问题。其实在建设示范性软件学院时，因为学科划分问题，就存在着软件学院与原有传统计算机学院的“俞亮之争”，学科资源配置之争。最终，2011年教育部将软件工程提升为一级学科才在一定程度上解决了上述问题。因此，从软件学院经验来看，从一开始就将微电子学与固定电子学、电路与系统两个二级学科合并、提升为一级学科是非常必要的。
（2）修订学科评估体系
因为微电子学院建设要求要以“人才培养为中心”，传统学科评估体系多以“学科建设为中心”。因为“中心”的不一样，因此在进行微电子学院建设时，学校在资源配置就必须考虑效益比问题，如果微电子学院建设的投入无法对学校的学科发展形成促进作用，甚至因为分流限制了已有学科的建设，学校不仅不会支持微电子学院的建设甚至可能会限制发展。因此，在现有学科评估体系下，示范性微电子学院很难做到完全以“教学”为中心，只能“教学科研”兼顾，最终微电子学院在很大概率上将会和传统的信息学院同质化。上述情况在软件学院建设时就已经出现并且仍未得到充分解决，这也是很多软件学院选择异地发展的原因，避免与本校原有计算机学院分流资源。
此外，在现有学科评估体系下，即使能做到以“教学”为中心，也很难满足微电子学院“重实践”的人才培养要求。因为现有学科评估体系偏向于理科化，重理论而轻实践，无论是“教学”还是“科研”，学生注重“卷面”，教师注重“文章”。而微电子学院的建立要求紧贴产业，产学协同，因此人才的工程实践能力是培养的必然要求，所以在现有体系下很难达到。这一点在软件学院建设中通过是自设课程体系和教学评价体系进行了一定的解决。
其实在当下的新工科建设中也将面对现有的“理科化”学科评估体系与新工科建设要求不相匹配的问题。是否可以大胆设想，对现有现在学科评估体系进行必要的改革？对基础性学科依旧使用当下“理科性”评估体系；对应用性学科，如新工科，则在原有的体系上建立新的“工科性”评估体系。这样或许能从根本上改变我国“写论文的太多，做应用的太少”，这种应用研究和理论研究比例失衡的现状。上述设想甚至可以率先在示范性微电子学院进行试点，实践可行后再逐步推广到新工科乃至其他工程性学科。
（二）内部考核及评价问题
“坚持人才培养为中心”，在国家层面需要解决的是学科问题，具体到学校和学院操作时，就要考虑内部的考核与评价问题，其中主要涉及到两个方面，一是教师的考核，二是学生的考核。
（1）教师考核体系
以人才培养为中心，要求教师的工作重心应该是教学，故而微电子学院教师在考核上应该与传统学院相区别，比如加大教学在考核中的比重；又因为培养的人才强调工程性，所以教学考核中，要突出工程实践的教学内容。另外，在师资引进时，可以效仿软件学院偏向引进有企业经验或者工程项目经验的教师，形成本校专职教师、企业兼职教师、适当比例外教的格局。为了保证公平性和调动教师的积极性，可以实行聘岗制和聘期制，不同岗位考核不一样、聘期不一样，如在浙江大学，对不同类别的教师设置有：教学科研并重岗、工程教育创新岗、社会服务与技术推广岗等，其中工程教育创新岗就是浙大针对工程教育改革新设置的岗位。
（2）学生考核体系
微电子学院对学生的培养要求，提出是“工程型人才”，因此针对学生的培养过程、考核过程、评价过程也应该针对上述情况进行变更。借鉴CDIO工程教育理念，即要通过“构思、设计、实验、运行”一体化的环节来回答和解决：“微电子学院学生毕业时，需具备哪些知识和素质？”、“如何保证学生在校期间能学到这些知识和技能？”、“如何来监测学生毕业时的掌握情况？”。个人认为，微电子学院学生与传统学生培养最本质的区别是“工程实践”能力问题。这种能力与传统工科学生在实验室环节下的动手能力不同，而是要在工业生产背景和基础上，通过“做中学”和“基于项目学习”，培养工程条件下的“工程师式思维和行为”。这就要求学校必须为学生提供企业的工程环境而非简单的高校实验室环境，这两者环境有着本质的区别。正是因为微电子学院培养的人才需要这种工程背景，所以就必须要求有企业的参与，也从源头上保证了培养会紧贴产业。因此通过新的学生评价体系，来保证和监督学生“工程实践”能力的获得，这一点至关重要。也只有这样，学生毕业进入企业就能立即上手，无需多余的熏陶和培训。
（三）校企合作问题
校企合作是微电子学院建设的重点也是难点。传统的高校教学是以学校为主，这在一定程度上导致了高校研究与产业发展脱节、高校培养的学生与企业需求的人才脱节。因此高等工程教育改革的目的之一就是如何将高校与企业联系紧密，互相促进，这就不得不面临“如何引入企业参与到高校的人才培养”的问题。
校企合作的目的是互利共赢。中国高校学校以育人为宗旨，具有一定的公益性，而企业以利益为根本，公益性只是其附带属性，只投入不计回报的企业少之又少。因此如何将两个不同的主体，做到有机结合，使得“企业愿意参与，高校愿意放开”是难点所在。从需求来看，高校育人，企业用人，因此高校和企业合作的纽带在人——学生，解决好“如何以学生为纽带将企业和高校紧密联系在一起”是校企合作的关键所在。
从软件学院的经验看，多是通过校企理事会、共建实验室和实践基地、共建师资队伍、共设课程等方式来开展校企合作。无论何种合作方式，想要长久有效就必须做到互惠互利，纯粹的一方投入不可持续。借鉴浙江大学专业学位研究生的培养经验来看，比较有效的手段之一是：通过导师与企业的横向合作为依托，以项目的形式将学生的培养参与其中，这是一种“基于项目的培养模式”，学校再给予学生名额、经费课题、教学工作量等支持。通过一个个具体项目，将学校、学生、企业进行串联，形成规模效应后再以创建联合实验室、研发中心、实践基地等方式进行深化。浙江大学成立工程师学院就是从学校层面推进和引导校企合作。
校企合作不仅仅是学校和企业的问题，其实政府在其中起到的作用也尤为重要，因为政府掌握着核心的生产资料和分配政策。比如在政府审批、税收减免、经济补助等各方面都能非常有效的调动企业和高校的积极性，促进双方的结合。
（四）平台建设及共享问题
从上述介绍可知，集成电路产业人才培养对硬件设施要求很高，如小型工艺操作、流片、实训等都需要硬件和财力的支撑，因此微电子学院建设要格外重视大型共享平台建设，并以共享平台建设将校企合作、学生实践培养进行有机连接。然而一般平台投资都十分巨大，很难靠一己之力来进行建设。如浙江大学微纳加工平台一期已投入1.2亿、微电子实训平台投入近3500万，绍兴微电子研究中心投资近1.2亿。因此微电子学院建设更应注重开放式办学，尝试通过国家出资、政府出地、企业出技术、学校出人等可行模式，把握本地发展机遇以产业园、孵化器、共享平台的形式来聚集发展。此外，不同地区的微电子学院在专业设置上也应针对当地企业需求开设专业，面向企业培养人，甚至可以对重点企业进行定向培养，吸引企业深度参与学院建设。
（五）国家和学校支持
从软件学院的建设经验来看，建设成功与否与国家和学校的支持息息相关。因为软件学院建设经费自筹，所以从建立之初，就面临资金压力。从十多年后的评估结果来看，发展得好的软件学院与学校的长期支持密不可分；纯粹依靠企业、学费等来进行市场化运作则很难实现。以浙江大学软件学院为例，软件学院之所以能在宁波办学，首先与宁波市政府给予启动资金、场地、师资、经费等全面的支持分不开，此外与浙大持续的师资、运营等投入也密不可分，可以说宁波市政府和浙大的全力支持二者缺一，浙江大学的软件学院不会有今天的规模。此外，从产业性质来看，集成电路行业对硬件的要求要比软件行业高很多，这就决定了微电子学院的硬件投入要比软件学院投入要大得多，所以微电子学院势必更需要有持续的资金，如专项经费、低息贷款等，才有可能实现正常运转。