道光二十九年（1849）八月，张芾出督江西学政。次年（1850）正月十四日，道光帝驾崩，咸丰帝即位。十二月初十日，即他督学江西一年之时，金田起义爆发，太平军开始席卷中国。在他的任期之内，虽然江西尚未面对太平军的大举攻略，但时刻处于其威胁之中。咸丰二年（1852），张芾学政任满之时，却不同寻常地接署江西巡抚，不久后得实授。“时粤匪方围长沙，诏芾偕在籍尚书陈孚恩筹防。未几，岳州陷，芾驻守九江。”由此可见，张芾是在江西面临太平军兵锋之际，被咸丰帝视作“救火队员”而直接由“内官”学政直接调派为“外官”巡抚的。这一任命，也符合清代体制对学政职官的定位，即学政无守土之责，是故若想张芾参与兵事，需先让他转任“外官”。这一形式，“反而是学政参与兵事的主要途径。”
张芾在江西学政任满之时，得转任巡抚之命，并非事出无因。首先，他在出江西学政差之前，本职便已是“署户部左侍郎，兼管三库事务”的高位。其次，来自于体制所赋予的学政对“外官”的监察权和密奏权，为当轴察觉张芾的军事才能提供了契机。得授江西学政后不久，张芾就奉旨查办袁州协副将达崇阿“废弛营务、挟优纵子”等不法情事。据他查实，奏请将之传讯褫职。咸丰帝即位后，他应召陈言，提出四条改革意见，第四条便是“求制胜以重海防”，以学政身份而论兵事，“上嘉纳之”。[ 原折未见，此据《清史稿·张芾传》。]恰逢江西巡抚陈阡被兵科给事中袁甲三劾参，张芾奉命复查。经他查明入奏，清廷决定将陈阡革职。然而陈阡亦不甘示弱，反过来劾参张芾以及前任江西学政孙葆元“收受陋规”。张芾由于获得了复查官员两江总督陆建瀛的背书，而在这场与巡抚的政治斗争中获胜。在此之后，其本职亦得升迁，接连得调吏部左侍郎、刑部左侍郎，最终得以实授江西巡抚。
在清朝体制平稳运行之时，由学政直接转任地方官的情况非常罕见。而在咸丰朝，为让该员督办兵事而出现的转任现象屡见不鲜，表征着突变来临之际，体制的自我调节。但由巡抚而非学政出督兵事，仍未超出体制范围。学政张芾在与巡抚的政治斗争中胜出，展现了政治威望，又恰如其分地显示了对兵事的了解，是故得以实现这一转任。他就任江西巡抚后，虽与太平军的斗争时有反复，但大体上阻止了太平军的西进战略。据称，张芾“在江西功最伟”。在其逝世之后，在江西为其建立专祠，并祀江西名宦。
首次直面太平军的江西学政是沈兆霖。他于咸丰二年（1852）八月初六日得差，恰恰就在当天，江西战火便已燃起。十一月，沈兆霖抵达江西，接学政任。十二月，太平军攻陷湖北，威胁九江。次年（1853）局势稍定，他便出试按临。试毕建昌时，刚好福建方向的太平军来攻建昌边地。而此时省城亦被太平军围攻，他回省的计划被打乱，辗转来到了抚州府金溪县，在此他做了以下工作：
嗣访知本处里民有欲醵银米馈贼者，作《抚州训士文》分示诸生，并劝绅士速办民团，作《抚州与绅士论团练书》二篇，奏请添拨劲兵以救省城。旋奉朱批奖励，并命查九江、南康失守情形。
作为学政，管理生员是沈兆霖的职权，特别是当出现“欲醵银米馈贼”这种性质恶劣的情况时，作一篇《抚州训士文》告诫帝国统治的基层力量——诸生，也是他的本分。而作文鼓励抚州绅士办团练、奏请添兵两事，就体现了他积极参与兵事的心态。在“论团练”的这两篇文章中，他纵论太平军不足惧的缘由，告诉地方绅士使用团练的方法——化零为整、连寨御贼。这些文章，为沈兆霖赢得了“善为文檄”的美名。奏请添兵一事，更是得到皇帝的赏识，对比之下，更显示出皇帝对巡抚张芾的不满。由该年六月初二日的上谕可知：
江西学政沈兆霖奏请速发救援以保省城，得旨。已有催两楚援兵之旨矣。汝见到处即奏，具见汝留心地方之事。向荣大营若分兵太多，则掣动大局。惟此次贼窜江西，张芾总未将贼所过处滋扰情形奏来，不知何故。汝可将逆匪真情，陆续查明，速速奏来。
上谕是皇帝发给沈兆霖的，其中似乎怀疑张芾隐瞒战况。为此，皇帝鼓励沈兆霖行使学政的监察权和密奏权，防范前任学政、现任巡抚张芾的欺蒙。
没想到，经过沈兆霖“专派亲信二人改装，前往密访”，还真查出“逆匪真情”，南康府失陷的原因是当地绅士诱缚守令都司迎献太平军。据沈兆霖奏称，张芾上奏的版本不知有意还是无意，将“迎贼”说成是“殉难”：“先是，南康府经历曾以‘郡城失守，文武殉难’白中丞，中丞据以入告。夫有守乃有失，未守何失之云殉难？近是而官邀卹、民免究，国典安在？”张芾听信南康府经历的话，未查实便上告朝廷。沈兆霖通过派遣密探得知，“经安义闻众所述皆若是，过建昌达南康郭外，执途人问之无二辞”。此事在民众之间已流传如此之广，张芾毫无察觉的可能性很小。若张芾知道此事，则是其为了“捂盖子”而说谎；若张芾不知此事，则是其“失察”。两者都可以成为皇帝需要“耳目”的理由。
除了访查九江、南康二府失陷事，沈兆霖驻扎在抚州城将近三个月的时间，“省中军火接济及各属钱粮皆代为督催，学使不便用公文，案牍俱用手书。”不同于他早先在金溪县时仅仅从旁协助军务的情况，此时他已经开始以江西学政的身份直接参与兵事。然而未得到朝廷正式任命，故只能“代为督催”，而且不用公文。