明天启刻本《妙远堂全集》共40卷，无目录。《妙远堂全集》各卷分别用《千字文》开头十句“天地玄黄，宇宙洪荒。日月盈昃，辰宿列张。寒来暑往，秋收冬藏。闰馀成岁，律吕调阳。云腾致雨，露结为霜”作为集名，其中“天集”至“宿集”共14集为诗，分别收录四言诗、五言古诗、七言古诗、五言律诗、七言绝句等，“列集”至“霜集”共26集为文，分别收录记、序、策、论、疏、启、传、书牍、墓铭、祭文、题辞等各种文体。
阵容庞大的交游队伍是马之骏诗文创作的重要生活源泉。全集卷首《订阅姓氏》中就收录有40人，从中可以看出马之骏兄弟的总体交游状况，可谓“谈笑有鸿儒，往来无白丁”。这些名单分别录作张剑光冶生、冒愈昌伯麐、来斯行道之、萧鸣甲尔先、杨鹤修龄、来复阳伯、侯昌胤述邺、岳骏声季有、顾尔迈不盈、刘荣嗣敬仲、曹履吉元甫、阮大铖集之、李纯元长叔、徐伯徵誉星、韩敬求仲、钱谦益受之、马任远毅仲、陈元素古白、潘曾紘昭度、杨嗣昌文弱、邹嘉生静长、吴阿衡平子、张凤翼附之、张元佐子襄、秦镐京、宋献献儒、夏仪长卿、沈德符景倩、李春华就实、顾大猷所建、黄成象像之、谭元春友夏、程标孺则、魏济众君约、司乃疆达支、岳钟秀完懿、闵景贤士行、汪逸遗民、汪远山民、侄超宗云孙。这些参与订阅《妙远堂全集》的人物，既有进士及第的同年好友，如韩敬、钱谦益、岳骏声、李纯元、杨嗣昌等是马之骏万历三十八年庚戌科的同年进士，其中韩敬、钱谦益与马之骐分别为万历庚戌科的状元、探花和榜眼，而杨鹤是万历三十二年甲辰科进士，来斯行是万历三十五年丁未科进士，张凤翼是万历四十一年癸丑科进士，曹履吉、阮大铖是万历四十四年丙辰科进士，徐伯徵、马任远、吴阿衡等是万历四十七年己未科进士，岳钟秀曾任新野县令；又有才华横溢、关系密切的文学之士，如钱谦益是明末的文坛领袖，沈德符的《万历野获编》和《顾曲杂言》影响深远，谭元春与钟惺同为明末竟陵派的创始人，闵景贤、汪逸、汪远等人则是经常与马之骏兄弟诗酒唱和的好友。
马之骏的诗与文均有较高成就。其诗以才情负盛名，题材多样，赠答、写景、游览、咏怀，“既抱幽忧之怀，多出变徵之调”，反映朋友交游、百姓疾苦以及行经全国各地的观感等，儒家忧国忧民的情怀屡见笔端。如《妙远堂诗天集》首录《寤叹》六则，将自然界的现象和作者的所见所闻所感结合起来，表达自己的诸多感慨。姑且录之如下：
《寤叹》
月落星流，饥鼠穴幽。我生何辰，罹此百忧。（一解）
凄其兰谷，以霜以雨。兰自惜芳，众草不许。（二解）
病始学仙，贪始惜施。计在眉睫，达人所嗤。（三解）
多难狭心，水深狭路。驱车层坂，轮仄安厝。（四解）
宵肠百煎，晨起一身。安得健翮，以戾高旻。（五解）
颠倒图书，载研厥理。我思豪骏，偶然而已。（六解）
再如《妙远堂诗黄集》收录了大量反映不同时令与友朋相唱和的五言律诗，其中《春日游陈氏园与荆伯鹗张伯寅徐象一梁有实傅仲纶同赋二首》、《闰三月同丘毛伯锺伯敬韩求仲沈士范宋献儒胡仲修王日常家时良集米仲诏湛园和伯敬韵》、《八月十四夜集焦园二首》、《冬夜岳季有李长叔冯羽明钟伯敬陶路叔沈虎臣招集韩求仲寓中言别》、《十月十三日夜月》、《腊日卫辉时以苦旱雩雪》、《人日泛舟唐河》、《雨中同时良兄携酒过张忠鼎拂镜亭》、《清明展墓即事》、《上巳访孝标先生明霞馆留酌二首》、《七夕田刘诸子招饮白水书院》、《草桥秋集同郭季昭张德纯家时良赋二首》、《九月八日郭季昭招集韦公寺同杨钦甫刘善夫周则和曹启秘家时良赋四首》、《除夕家兄宅守岁》等诗作内涵丰富，而《闰三月同丘毛伯锺伯敬韩求仲沈士范宋献儒胡仲修王日常家时良集米仲诏湛园和伯敬韵》中所云“良朋虽偶约，幽事却从人。树影留残书，禽言变晚春。石将邀客拜，花欲误渔津。才与轮蹄隔，堪惊物外身”，生动地描述出马之骏与一群好友的日常生活画卷及其中蕴含的深刻哲理。
马之骏的文章数量甚多，记、序、策、论、疏、启、传、书牍、墓铭、祭文、题辞等各体皆备，表现出敏锐的学术眼光和独特的学术视野，在反映明代文坛动态、保存明代文学史料和回族史料等方面，有着独特的文献价值和学术史意义。如《妙远堂文寒集》主要收录了马之骏所撰写的各种碑记或祠记，其中《重修马渡堰建设石闸碑记》、《新野县重修三泉堰水利碑记》（代）、《樊城新开张公路碑记》、《新野县修复水利均定水法碑记》（代）、《新野县申准驿马钱粮木县充支碑记》、《宋叶尉黄公祠记》、《新野县重建题名碑记》（代）、《重修儒学记》、《灵宝县定乱碑》所记载的内容虽然各有不同，但反映出的信息却异曲同工，表现出马之骏对乡邦乡党乡亲乡情的看重，以及身体力行为家乡之事倾注心力的真情实感。如《重修马渡堰建设石闸碑记》一文，详细讲述了马渡堰所受溧水之始、马渡堰包括的四个大堰之名称、马渡堰所引之水灌及于田者之名称、引水筑堰的诸多厉害弊端和重要意义等，旨在宣扬当地邑侯司乃强造福于民、谨记守堰之制的的高风亮节。
通过对《妙远堂全集》基本面貌、主要内容、成书与刊刻等方面的系统分析，从中梳理马之骏的学术创作轨迹、明代回族与汉族文化交融等方面的资料，为进一步的研究提供较确实的依据。可以这样说，在流派纷呈的明代学术史上，“博洽典籍，诗文行世，疏请赈边，绩著军民”的马之骏无疑占有一席之位。