正如刘蕺山所概括的，在阳明龙场悟道以后，体现其思想宗旨和指点学者做工夫思路的主要用语，是“去人欲而存天理”、“知行合一”和“致良知”。促使阳明提出这些主张的，便是有关私欲的问题。私欲问题的表现，不仅有本心被遮蔽而全然不知，更有明知私欲萌动却又无力克制亦即知而不行。《传习录》卷下载门人以下说法，将知而不行问题一语道出：“私意萌时，分明自心知得，只是不能使他即去。”尽管阳明不断通过讲学的方式，帮助学者克服由私欲导致的知而不行问题，然而值得注意的是，即便他在正德十六年（1520）正式提出致良知学说，思想以及教法愈发成熟之后，学者仍然被知而不行的问题困扰。只要我们承认阳明的学说不是无的放矢的，那么他在叙述自己观点之际提及的以下问题，恐怕就不仅仅是假设，而更多地反映了现实的情况。他在论述《大学》工夫条目之间的关系时提出以下问题：“然知得善，却不依这个良知便做去，知得不善，却不依这个良知便不做去。”他也意识到这一不能致知的问题会导致“善虽知好，不能著实好了；恶虽知恶，不能著实恶了”亦即不能诚意的后果。上述门人所说即是此处说的不能诚意的问题。而阳明认为这是由于不能致知亦即不能致良知造成的。
原本阳明认为致良知工夫极为简易明白，可是何以仍然不能促使人们将对是非的认识贯彻于行动之中而做到致知呢？这当然不是致良知学说本身的问题，而是人们未真实用功的缘故。那么，怎样才能促使人们真实用功呢？在《大学》的框架中，阳明诉诸了格物的工夫，认为格物工夫是人人都能做到的。他在提出不能致知，因而不能诚意的问题后说：“然亦不是悬空的致知，致知在实事上格。如意在于为善，便就这件事上去为；意在于去恶，便就这件事上去不为……若如此格物，人人便做得，‘人皆可以为尧、舜’，正在此也。”然而按阳明的观点，格物和致知本就只是对一个工夫的不同表述，格物只是强调在实事上致知，致知则强调依循良知而行动，并进而将良知推至极处。阳明以为格物是人人都能做到的，不仅因为格物工夫是实下手处，而且因为人人本有可使其成贤成圣的良知。但问题在于，他既然已经意识到人们不能致知，那么又何以保证他们就一定能做到格物呢？所以问题的关键，不在于把对致知的要求转化为对格物的要求，而在于揭示出人们在听闻了致良知学说之后，何以不能致知因而不能诚意的原因，并在对此原因分析的基础上，再寻找应对之策。
如果我们追溯“知得善，却不依这个良知便做去，知得不善，却不依这个良知便不做去”在认识论上的原因，就会发现人们对良知的理解出现了偏差。其偏差在于，将阳明用以诠释良知的是非之心，单纯理解为知是知非的认识而已。也就是说，如果良知的含义仅止于在认识层面分清孰是孰非，亦即良知仅仅是不导出行动的静观而已的话，它不足以保证人们之之必行，也就不足为怪了。
然而事实上，良知概念在被阳明提出之际，就不仅是一般理解的知是知非的意思。因为他所谓知是知非的良知，是足以突破私欲遮蔽的本然之知，因而是足以保证知行合一的。尽管在某些地方，如在著名的四句教中有“知善知恶是良知”一语，如果断章取义，不将其后“为善去恶”之“格物”当作是良知内在的必然要求的话，那就难免片面地以为良知仅仅是对善恶、是非的认识而已了。关于良知与知行合一的关系，吴震先生一针见血地指出：“由于良知具有自知自觉、自反自证的根本能力，从而使知行合一得以可能。”那么，良知何以具有自知自觉、自反自证的根本能力呢？对此问题，我们可以参看阳明在《大学问》中对良知含义所作的界定：“至善者，明德、亲民之极则也。天命之性，粹然至善，其灵昭不昧者，此其至善之发见，是乃明德之本体，而即所谓良知也。”首先值得注意的是，从“其灵昭不昧者，此其至善之发见，是乃明德之本体”的表述可以看出，良知之本体与其发用是一而二、二而一的关系。“灵昭不昧”是说良知灵妙、昭然而不可掩蔽，必然能有所发露和表现。此即是良知的自知自觉。此自知自觉又出自“明德之本体”，而时时受本体的引导和监督，故同时又是能自反自证的。