（一）对“两新”组织党建主体的特性把握不够精准
与机关、国企和高校等传统党建领域相比，“两新”组织党建研究尚属薄弱。这种薄弱的状况，客观上与“两新”党建作为党建领域的新命题、研究时日尚短有关；主观上与人们对“两新”组织党建存在思想认知误区有关：对“两新”党建主体的认识不够，未能明晰掌握“两新”组织党建特性。
虽然人们普遍认为“两新”组织有其自身的特征和性质，尤其在组织目标、价值选择和组织网络等方面与传统党建主体存在明显区别；但是他们对“两新”组织的目标趋利性、结构复杂性、人员流动性等一些有别于传统党建主体的特点把握不足，重视不够，导致在研究中思路狭窄，简单照搬传统党建主体的研究方法和经验。导致的结果就是“两新”组织党建的价值弱化、实际效果欠佳。我们既要把握“两新”党建与传统主体党建的联系和区别，创新“两新”组织党建思路和载体，把“两新”组织党建与社区党建、园区党建密切联系，积极融入区域化党建，同时明确和凸显“两新”党建的性质与边界。
（二）缺乏多元化的研究视野
现有关于“两新”党建的研究方法主要以质性研究为主，定量研究甚少，从而导致结论说服力不足，影响了对策建议的针对性和可操作性。质性研究和量化研究的结合是日后“两新”党建研究需要突破的瓶颈。
当前的研究，多以社会学、政治学为基础进行研究，从经济学、管理学等学科的研究较少，视角边界分明，跨学科的交叉研究较少。“两新”党建的复杂性，客观上决定了多学科研究和交叉学科研究的必要性。这将是未来研究的学科方向。
学界当前多局限于对“两新”党建展开宏大叙事，针对党建具体实践环节的精细化、研究相对不足。故而就研究视角来讲，在案例分析的基础上，开展“两新”党建某一项内容（比如政治建设、组织建设、思想建设）的专题性研究也应成为“两新”党建研究的重要方向。
（三）实证研究与理论论证不能交相并济
目前学界对“两新”党建的研究多是单向度的实证研究或主观理论建构。从现实应用和学理探讨双重视角出发的研究成果还比较少。例如当前学界对“两新”组织与基层党组织之间利益契合点的讨论，既未从学理上做出公允论证，也非抽离自实证经验，多是站在政府和政党立场上所做的主观建构。
有的学者虽有实际取样，但鲜有对样本的长期跟踪，观察深度有限。另外，当下研究多是对“两新”党建成功案例的经验总结，对“两新”党建乏力境遇的困境反思较少。且大多采取本土视域的共时性研究视角，重视对某地实践经验的概括归纳。这种研究范式会带来经验模式的适用性问题。
由于理论建构的主观性、调研取样的局限性和研究对象的特殊性，“两新”党建的现有研究成果在理论转化的过程中存在着断层与脱嵌，从而导致研究应用的低效和指导实践的无力。基于此，学界在“两新”党建研究中既要理论研究与实证研究的并驾齐驱，也需要两者交相并济：从实证研究中总结提升“两新”党建的一般发展规律；从理论研究中寻找药方破解“两新”党建的实践困境，如，从国家-社会理论、治理理论、政党政治等理论角度开展理论探索。
（四）研究对象不平衡问题突出
在研究对象的地域分布上，呈现出地域性的不平衡。目前研究对象主要集中在上海、江苏等东南沿海发达地区。受经济水平和既有基础的影响，“两新”组织党建工作实践亦首先发端于斯，其研究成果相比其它地区较多。研究成果应用价值推广的地域适用性是否会进一步扩大“两新”党建地域宏观格局的失衡亦是值得我们进一步思考的。
另一方面，新经济组织和新社会组织两者的既有研究存在突出的不平衡性[ 截至2018年11月，中国知网数据库收录“新经济组织党建”相关文献3015篇，“新社会组织党建”相关文献254篇，文献比率约为12：1.]。“两新”组织是新经济组织和新社会组织的统称，这一概念本身就具有高度的概括性。“两新”组织结构成分复杂，特性差异显著。因此，我们应对“两新”组织的党建工作进行分类研究，以增强研究针对性和研究的指导意义。