《方案》规定，生态环境损害赔偿磋商的提前条件是“经调查发现生态环境损害需要修复或赔偿的，”由“赔偿权利人根据生态环境损害鉴定评估报告，就损害事实和程度、修复启动时间和期限、赔偿的责任承担方式和期限等具体问题与赔偿义务人进行磋商，”“对经磋商达成的赔偿协议，”赋予其法律效力，规定“可以依照民事诉讼法向人民法院申请司法确认。经司法确认的赔偿协议，赔偿义务人不履行或不完全履行的，赔偿权利人及其指定的部门或机构可向人民法院申请强制执行。”磋商未达成一致的，赔偿权利人及其指定的部门或机构应当及时提起生态环境损害赔偿诉讼。由此看出，生态环境损害赔偿磋商就是为了实现生态环境损害赔偿责任，为权利人和义务人提供一个形式上平等的对话空间，旨在使生态环境损快速进入修复，节省司法资源，减轻对企业正常生产的阻滞的一种路径，将其界定为私法性质有一定道理，但是生态环境损害的公共性维度考量，其又有公法的内涵。因此，生态环境损害赔偿磋商是实现生态环境损害赔偿责任的一种公私兼备的纠纷解决方式。
首先，从磋商的主体看，《方案》对生态环境损害赔偿磋商的主体确立为以省市级政府为代表的赔偿权利人和以违法损害生态环境的单位或个人为代表的赔偿义务人，二者之间是一种“权利―—义务”的法律关系。马克思曾说：“没有无义务的权利，也没有无权利的义务”。就法律领域来说，权利义务总是存在于特定的法律关系中。生态环境损害赔偿权利主体与义务主体之间的“权利——义务”关系仅仅表明主体之间特定的法律关系，从形式上区别于传统的“命令——控制”为主的国家权力单向流动的逻辑路径，但并不一定就是私法中民事主体之间的平等的权利义务关系。由于生态环境一般被视为公共物品，根据公共财产信托理论，为了合理支配和保护生态环境，共有人可以将其委托给国家来管理，国家作为共有人的受托人行使对生态环境的管理权，对共有人负责。虽然，我国宪法第九条规定了自然资源国家所有权，但是其将“自然资源国家所有权”作为国家的基本经济制度，主要涉及生态环境的经济性价值属性。生态环境损害赔偿磋商是解决生态环境损害责任的元生态环境合作治理的新范式，旨在生态环境公共利益的维护，关注生态环境的生态性属性的保护，因此，生态环境损害赔偿磋商的“权利——义务”关系是权利人与义务人的权利在一定时空坐标中所发生的解构与重构关系及其量比关系。
生态环境损害赔偿的客体是生态环境损害赔偿权利人与义务人所享有和担负的权利义务共同指向的对象，乃遭受环境污染、生态破坏行为损害的生态环境本身，主要着眼于生态环境要素的不利改变及其构成的生态系统功能退化。将生态环境损害赔偿义务人实施的环境侵权引入环境侵权责任评价范畴，与我国侵权法体系围绕原因行为与损害结果的单一性观念设计密切关联，然而生态环境损害赔偿磋商客体所指向的生态环境本身固有的公共利益属性注定不得被恣意处置，与民法所秉持的意思自治本质疏离。从生态环境损害赔偿强调对受损生态环境本身的责任的追究，表明我国在将生态环境本身从作为介质到作为目的的理念，也在构造环境侵权的“对人责任”+“对生态环境责任”的双轨制责任结构。尽管生态环境损害赔偿权利人基于其社会管理公共身份和法定职能上的公益特性，决定了其在责任追究方式上具有超越民事诉讼路径的二重选择，能够同时作为生态环境共有物的受托人以维护生态环境公共利益为目标与作为行政管理主体实现公共职能维护的属性有效衔接，但生态环境公共利益与行政机关公共管理秩序的公共利益存在根本差别，是自然属性与社会属性的差异。
从程序上看，生态环境损害赔偿磋商是权利人提起生态环境损害赔偿诉讼的非强制性前置程序，《方案》规定磋商触发的主动权由赔偿权利人保有，要求赔偿权利人应当在开展前期调查、鉴定评估和编制修复方案的基础上，与赔偿义务人针对损害事实与程度、修复启动时间与期限、赔偿的责任承担方式与期限等展开磋商，进而达成磋商协议以资履行并由赔偿权利人对后续生态环境损害修复效果进行评估。实践中，由省市级政府作为赔偿权利人启动的磋商程序皆以磋商会议的召开作为权利义务双方正式进入实质磋商阶段的标志，若分别以磋商会议的召开和磋商协议的达成为临界点对磋商作三阶段考察则可发现不同的部门法精神在推进过程中的交替呈现。第一阶段，磋商会议前期，主要以权利人与义务人行政法法律关系为要义，表现为环境行政执法，公权力的运行脉络带有一定的“行政国家”色彩。第二阶段，磋商会议期间尽可能地以私法上的契约精神为背书，体现一定的民主协作、理性商谈，然而这种“公权隐而私法彰”转换表象实如台湾学者林奇青指出的“所谓平等对立，在公害场合，则不存在矣”。第三阶段，磋商协议达成进入执行，权利人依据《方案》赋予的修复效果评估权对义务人的磋商协议履行成效实施监督，公法权能在生态环境治理中的主导地位仍然牢固。 然而，无论阶段的划分都是人为的割裂，贯穿磋商程序始终的是权利人与义务人都是生态环境的享有者和生态环境损害的受害者，可见，生态环境损害赔偿磋商过程是公私法相互共存与契合，即公私法的融合，应当实现生态环境损害责任的效益最优。