1.目标定位不明确，与社会发展脱节
地方高校有其在科技创新中的自身优势，但定位还尚不明确，主要表现为一方面盲目追求高、精、尖科研成果，只想尽快追赶拥有雄厚人力、物力和财力的重点高校，却忽视了自身已有优势的发展，没能做到扬长避短，将学校科技创新的主要精力放在实际应用研究和技术开发上。另一方面，地方高校在办学特色、专业设置、科研选题等方面与地方社会经济发展的契合性不足，往往习惯闭门造车，不重视通过产学研合作培养创新人才，片面追求专业对口合作，缺乏全面育人的理念，也缺少与政府、企事业单位建立长期有效的合作，社会服务意识较为单薄，自身教学改革也不够深入，专业学科结构不够合理，人才培养模式僵化、人才培养质量一般，没能有效发挥地方高校对区域经济社会发展的推动作用，社会服务水平还有待提高。另外，地方高校作为创新人才和技术支持的供给方，过于重视科学研究成果的学术价值，而忽视其经济价值和社会价值，这就直接制约着地方经济社会的发展。
2.人才培养目标针对性不够强，校地、校企间的沟通有待加强
地方高校设置的人才培养目标与经济社会发展所需求的学科、专业类型不一致，缺乏现实性、实践性和针对性，并不符合地方经济发展的需要，这就造成其培养的人才社会适应能力较差、实践应用能力较弱以及创新创业意识不足。虽然现在地方高校、企业和政府之间的沟通联系日趋紧密，但由于交流途径有限，彼此间缺乏足够的了解，一方面高校教师不熟悉企业文化、环境，不了解企业的真实需求，埋头钻研的科研方向及成果与企业需求不一致，因而校企间未形成真正的良性互动，未做到深度合作，有待进一步加强沟通。另一方面部分企业对高校也缺乏全面的认识和了解，所谓的合作也只是提供常规的生产实习机会，真正的合作热情不高，缺乏全面育人的合作理念。此外，地方政府主管部门的认识也不够深入。地方政府既未充分认识到产学研合作对提升地方高校创新人才培养质量的重要性，也未认清政府自身在产学研合作中起到的重要作用与责任，缺少有效的引导和带动。
3.产学研合作配套机制体制的改革有待加强
虽然地方高校已逐步认识到产学研合作对培养创新人才的重要性，但总的来说，在产学研合作的动力和高校配套机制体制方面还存在诸多不足，这是影响产学研合作有效开展的重要因素。目前，高校现行的人事制度、评价制度和科研体制等对于产学研合作建设引导性不足，无法充分激发高校师生创新创业的积极性。一方面，由于高校将学术论文、专著专利、成果获奖等作为教师职称晋升、津贴发放、课题申报和评奖评优的直接考评依据，所以导致高校教师只能重理论、轻应用。另一方面，产学研合作的横向课题因其特殊性，难度较大，风险也较高，需要经常去现场指导和定期维护，而纵向课题一般结项要求都是论文和专利等无形产品，所以不能将两者同等对待。另外，高校的科研奖励机制也容易使科研功利化和科技成果难以转化为现实生产力，导致部分教师为了追求短期经济利益而缺乏该有的学术精神。这种尚不完善的机制体制直接阻碍了大部分教师投身产学研合作的积极性，地方高校应从政策和体制上大胆进行改革创新，逐步完善产学研合作配套的机制体制。
4. 科技资源信息优化配置不足, 政府和企业对高校经费投人不足
地方高校教师的科学研究现仍基本停留在基础研究状态，高校的研究资源相对较为分散，科研项目和研究目标范围相对狭小，科技资源信息也相互封闭，众多大型仪器设备对外开放程度远远不够、利用率也不尽如人意，还未真正做到与企业科技资源进行共享从而达到校企共赢。另外，地方高校培养创新人才的投人主要来源于国家和地方政府的资金支持、企业和社会的资金投人。但总的来说，地方高校得到人才培养经费的支持相对偏少，这就严重影响了创新人才和科技创新成果的质量，也直接导致科研成果转化为现实生产力的能力不强，尤其是还处于实验室试验阶段的研究项目对企业的吸引力较小。因为大多数企业都倾向于投入资金少、见效快、投产快、有广阔市场应用的科研成果，正因为如此，高校的科研成果不能及时在企业里得到实践应用，与市场严重脱节。倘若地方政府能从财政支持、税收减免等方面完善相关的政策体系，同时加大对地方高校人才培养经费的投入，必将促进产学研相关主体的合作意愿，也彻底激发产学研合作的动力。