在对戒毒法律理念与实务工作方式转变进行研究的基础上，对以《禁毒法》为核心的一系列禁毒、戒毒制度设计中存在的缺陷的研究也就自然而然地成了更进一步的环节。“理念——现状——问题”的思路亦是学者进行研究过程中最为常见的思路。实际上，理念的转变是一切的基础，而基于现状和理论分析，对制度缺陷的发掘和修正，最终也是要迎合理念转变的趋势。
（一）执行主体问题
1.执行主体模糊
在目前关于《禁毒法》及戒毒相关法律问题的研究中，最普遍地受到学者关注的问题之一就是各戒毒措施之中执行主体的问题。
不少学者都对《禁毒法》第34条关于社区戒毒的执行主体提出了质疑。根据《禁毒法》第34条的表述，社区戒毒由城市街道办事处、乡镇人民政府负责，亦即城市街道办事处、乡镇人民政府是社区戒毒的执行主体，而在具体执行中，34条又规定城市街道办事处、乡镇人民政府可以指定有关基层组织进行具体执行。这个“有关基层组织”便是学者们所指出的《禁毒法》中规定模糊之处。从文献及实践之中来看，一般来说，“有关基层组织”即为社区的居委会或村委会，但这样的规定即导致了有权力的城市街道办事处、乡镇人民政府并不直接开展工作，有权无责，反之，直接执行的居委会或村委会又有责无权，在具体戒毒的过程中，一方面会因为缺少权力、缺少财力而导致戒毒工作效率不高，另一方面，其工作的积极性也会受到挫伤。譬如，社区戒毒工作人员对社区戒毒人员所能采取的实际措施很少，仅能通过社区戒毒协议对其进行管理约束，往往有时会显得有心无力。
2.各阶段执行主体分离，难以有效衔接
关于执行主体所受到关注的另一个问题则是各种戒毒措施、戒毒各阶段之间执行主体的分离。在戒毒相关问题上发表多篇研究成果的靳澜涛指出，戒毒立法中执行主体的分离，体现在两个环节上，一是强制隔离戒毒决定作出后，公安部门与司法行政部门作为执行主体分段执行。二是强制隔离戒毒解除后转为社区康复执行中，公安部门作为决定主体与街道、乡镇作为执行主体的分离。前者所导致的问题主要是公安部门与司法行政部门之间就接收问题互相推诿、戒毒人员在戒毒场所转换过程中，戒毒效率受到影响等，针对此问题的实地调研结果也显示，转送过程中会存在拒收的情况，从而使得强制戒毒人员被转为社区戒毒，或直接散入社会。靳澜涛在针对S市的实地调研中发现，有近五成的戒毒人员不能转送，或转为社区戒毒，因而这一制度之中存在的弊端确实值得注意。后者所导致的结果则与社区戒毒执行主体不明确类似，即居委会、村委会戒毒工作者的积极性受到影响，戒毒成效也受到影响。
（二）对涉嫌吸毒人员及戒毒人员人身权利保护措施的缺位
在法学理论层面，学界探讨最多的则是对涉嫌吸毒人员及戒毒人员人身权利的保护问题。戒毒过程本身就包含许多强制性手段，特别是强制隔离戒毒，《禁毒法》颁布之前的强制戒毒及劳教戒毒就已经倍受质疑，《禁毒法》颁布之后的强制隔离戒毒自然也是关注的焦点。加上随着社会的进步，人身权利越发受到重视，于是，对涉嫌吸毒人员及戒毒人员人身权利的保护问题自然是讨论戒毒时无法绕开的议题。
研究发现，在对涉嫌吸毒人员人身权利的保护问题上，《禁毒法》规定，公安机关有对涉嫌吸毒人员进行强制检测的权利。强制检测作为一种强制措施，一般来说，应由县级以上公安机关负责人批准，而对涉嫌吸毒人员的强制检测，却是最基层的公安派出所负责人就有批准资格，这在一定程度上可能危害到涉嫌吸毒人员的隐私及人身权利。
在对戒毒人员人身权利的保护问题上，目前的研究主要是立足于《宪法》中关于剥夺或限制公民的人身自由的相关规定，以探究强制隔离戒毒程序上的合法性问题。根据《宪法》第37条规定，只有经过法定程序，即检察院批准或者决定或者法院决定，并由公安部门执行，方可剥夺或限制公民人身自由。然而，在实际运行中，调查权、决定权、执行权都集中在公安机关手中，无须经过司法程序，检察机关也无法进行监督。然而，仅是戒毒，公安机关剥夺或限制公民的人身自由总计可达九年，《禁毒法》与《戒毒条例》却将这种决定权下放至县级公安机关，这就意味着一个正科级建制的基层行政部门未经司法机关审判可以行使比刑罚更为严苛的限制人身自由的裁量权——随着劳教制度的废除，强制隔离戒毒措施作为一种游离于司法审判之外“人身自由罚”的“准劳教制度”，受到的人权保护及合法性争议和批判将更加强烈。
（三）缺少对不同种类毒品的分类处理
考察国内外在戒毒期限及戒毒方式选择上的实践，目前，亦有不少学者及戒毒一线工作人员提出应以毒品种类为戒毒期限及戒毒方式选择的依据。
由于不同种类的毒品其成瘾性、危害性、戒除难度、戒断反应是不同的，因此，对人体健康或社会秩序的影响也都是不同的。美国、法国、澳大利亚等国家都有对毒品的明确分级，吸食不同种类毒品的吸毒者，对其的处理也有所不同。而这种毒品分级在我国目前尚是缺乏的。
国际上主要的毒品分级标准有两种，一种是根据毒品的危害性和成瘾性进行分级，另一种则是按麻醉药品或精神药品分类。结合中国的毒情，更多建议还是倾向于根据毒品的危害性和成瘾性进行分级，之后，根据吸毒者吸食毒品种类的不同，给予其合适的戒毒方式及戒毒期限，也唯有如此才能符合比例原则的要求。
（四）戒毒过程中医疗卫生部门参与不足
关于戒毒措施的定位在理论上有不同的认识，可以分为道德模式、医疗模式、自疗模式、整合模式等。其中，“道德模式”将吸毒视为“社会越轨行为”，须施加严厉的惩罚，通常采用道德责难、严格体罚、 监禁隔离等手段。与之相对应的是“医疗模式”，该模式将吸毒成瘾视为一种“疾病”，重视对吸毒者身心的治疗。从我国官方对强制隔离戒毒的定位来看，其本质属性不是以惩罚为主的“道德模式”，而是倾向于以矫治救助为主的“医疗模式”，在此基础上附带实现社会防卫的功能，而社区戒毒同样亦是属于“医疗模式”的范畴。
然而，在实践中，我国的戒毒工作却显示出“隔离为主，社区为辅”的状态，强制隔离戒毒的数量明显高于社区戒毒，同时，强制隔离戒毒在具体执行的过程中，医疗卫生部门的参与也不足，无论是在吸毒成瘾的认定，还是在戒毒执行过程中，依然是以公安机关为主导。加上传统观念的影响，无论是公安机关、社会大众还是部分戒毒工作人员，都更倾向于认为吸毒人员是“违法者”而非“患疾病者”，因此，现实状况下，我国目前的戒毒性质显然与“医疗模式”还有一定的距离。
（五）缺乏有效监督
对戒毒工作的监督问题亦在不少戒毒相关文献中涉及。
尽管目前对于吸毒成瘾的认定以及戒毒的决定、执行权力都掌握在公安机关手中，但是这种认定和执行被归入“医疗行为”的范畴，这在一方面具有转变对戒毒人员传统观念的积极作用，有助于推进戒毒工作更加专业化和人性化，另一方面，也使得对于戒毒工作的认定、执行陷入无法进行监督的困境之中。
“医疗行为”既非诉讼行为，也非刑罚执行活动，原则上来说，并不在检察机关监督的范围内。然而，戒毒决定，特别是强制隔离戒毒的决定，对于戒毒人员来说，实际上是一种人身自由的限制，并且这种限制的时间可能比一些刑罚措施更强。权力的集中、理论层面监督法理依据的缺乏、实际操作中监督制度的缺失、人身自由限制时间长等各类因素相结合在一起，就很容易对戒毒人员的人身自由权利造成伤害。
因此，目前落实对戒毒执法及强制隔离戒毒决定过程的法律监督的呼声越来越多，其中，最主流的建议就是通过修订《禁毒法》以赋予检察机关此种监督权，以切实保护涉嫌吸毒人员及戒毒人员的人身权利。