东北地区本科院校开展供给侧结构性改革过程中应明确高等教育结构，它是由层次、类型、布局、形式、学科专业等结构组成的。近些年，我国各高等院校均十分关注供给侧结构性改革，虽然明确了其重要性，但改革实践的成效甚微，主要是因我国产业结构转型升级提出了一系列新的要求，东北地区本科院校应展开系统设计、创新制度、优化资源，从而为社会、经济发展提供可靠的人才保障，使其实现经济发展方式转型及产业结构升级。
1 改变高等教育类型结构
20世纪末至今，东北地区本科院校经合并创办了一系列综合性大学，特别是在国家政策支持下，如：“211工程”“985工程”等，以及根据在校生进行拨款、结合学术展开大学排名等，在此技术上，传统大学均已综合性、研究型及高层次为发展目标，同时，普通高校、新建本科院校也均以此为办学目标，部分拥有行业优势的学校经更名后，舍弃了原有优势，使其丧失了技能性与应用性特点。在以学科建设为办学思想影响下，东北地区本科院校均呈现出了“去职业化”，高等普通院校及高等职业院校间的界限愈加模糊，其与社会进步、经济发展需求出现了明显了脱节问题。据统计，任何行业中的管理者、高级技工所占比重应低于20%，其余为生产、经营及服务等专业操作人员。此数据表明，社会经济发展中技能型、研究型及应用型、实用型人才同等重要，后者应拥有丰富的经营管理经验及娴熟的操作技能，为了有效培养人才，东北地区应结合具体情况，制定适合的高等院校划分标准，如：学术型、应用型、技术型及技能型等，以此完善高等教育教育体系。在建设过程应将少数大学建成一流大学，使其拥有一流学科，凸显其高精尖，为现代化、信息化社会培养创新型人才，此外，大多数院校应拥有鲜明的行业特色，结合职业岗位，设置相应的专业，使其成为高水准的应用型院校，随之促进应用型人才培养，特别是适应于现代农业、工业及服务业需求的专业技能、技术人才。
东北地区本科院校在调整类型结构时应转变自身理念，由高等职业院校的层次论转变为类型论，结合我国关于职业教育发展的相关要求，推动高等职业院校发展，使其逐渐拥有完整的教育体系，即：专科教育-应用技术本科教育、硕士教育及博士研究生教育等；此外，地方普通本科院校应积极探索应用型发展道路，不仅有条件的本科院校要整体或部分转型，同时传统研究型院校，尤其是具备职业背景院校或专业，应积极开展本科职业教育建设，以便于培养创新型及应用型人才。在招生过程中专科、应用型本科及硕士教育等比重应不断扩大，并增加专业博士研究生教育类型，充分考虑行业、企业技术技能需求，通过产教、工学融合以及校企合作，培养适合的应用型人才，逐渐扭转重理论、知识，轻实践、能力的局面，着重培养高素质的技能技术型人才，从而缓解应用型人才供给不足压力，解决就业结构性矛盾、生产一线人才紧缺问题。
与此同时，东北地区建设高等职业教育体系过程中，要确切高等教育具有精、强特点，逐渐缩小其与世界一流大学及专业的差距，巩固基础研究、关键技术研究，根据学科前沿发展需求，培养一批创新人才，通过自主创新，推动社会经济发展。
2 优化高等教育层次结构
高等教育层级结构主要是指不同要求、程度下高等教育构成状态，体现着不同层次间的组合方法及相互联系，东北地区高等院校共分为4层，分别为专科、本科、硕士及博士，不同的层次展现着社会经济发展中对不同层次人才的需求，可以说高等院校层次结构的决定因素便是产业及技术结构。国外学者经研究显示，国家科技、经济及产业发展与高等院校层次结构基本一致；结合东北地区高等教育层次可知，本科院校始终保持在55%左右，其次为专科及研究生。在我国产业结构转型升级环境下，高等教育层次将发生一定改变，本科院校比重应有所降低，稳步增加研究生院校，并关注研究生的综合素质，使其拥有较强的创新能力与实践能力，从而促进技术创新，推动产业升级。根据近几年的数据显示，东北地区高等教育中专科、本科招生幅度均有所降低，研究生招生比重逐年增加，此数据与我国产业发展要求基本一致，但从整体来看，东北地区高等院校的人才培养未能适应实际发展需要，制约了产业结构深度调整，影响了技术结构升级，主要体现下各院校的师资、基础设施等匮乏，同时，高新技术产业、战略新兴产业等均对创新型人才有着较大的需求。因此，东北地区高等教育发展过程中应不断增加其规模，并关注内涵建设，能力培养，尽量使人才具备创新型及应用型特点。
根据现代农业、制造业、服务业及新兴产业的发展可知，为了实现产业结构转型升级，高等院校应积极开展层次结构调整，其改革思路为：贴近市场、应用性强的高等职业教育，在本科教育稳步发展前提下，使其逐步转向应用型，尽量提高本科院校教学质量，并保证研究生教育持续发展，培养更多高素质的创新型人才，从而为经济发展提供所需人才。
3 关注高等教育专业结构
高等教育结构中最为关键的便是科类结构，而经济结构的关键为产业结构，其结构调整后，技术与就业结构均会发生改变，随之人才需求结构也将发生变化。因此，东北地区本科院校的学科专业结构调整中应关注产业结构，以此保证调整的适合性与高效性。经调查显示，东北地区产业结构发展态势为第一与第二产业所占比重减少，分别有10%、45%降至7%、40%，第三产业所占比例明显增高，到2015年底，甚至超过了50%，今后，其将不断提高，特别是高新技术产业及智能服务业。面对产业结构调整，本科院校应对自身的学科专业结构进行相应的调整，以此适应新时期发展的需要。
根据既有的产业结构可知，第一、第二产业从业人数在不断减少，剩余劳动力纷纷转向第三产业。东北地区本科院校在调整学科专业过程中应坚持加法与减法联合的原则，具体为：农业发展趋于规模化、集约化与工厂化，农学专业应注重培养农业种植技术、生产管理及产品开发等人才，以便于推动农业现代化、农村城市化发展；与第二产业有关的学科专业，应凸显其应用型特点，保持院校规模稳定增长，并要注重人才素质，实践中应积极改造传统学科专业，使其内涵逐步提升，并主动融合工业化和信息化。如今，第三产业发展势如破竹，其为本科毕业生提供了大量的就业机会，在其持续发展过程中，东北地区本科院校应充分考虑社会建设、生产服务及公共服务等方面对应用型人才的实际需要，与该产业有关的学科专业应进一步扩大招生规模，如：人工智能、电子商务、金融保险等，使服务业的专业水平不断提高。
与此同时，东北地区本科院校开展供给侧结构性改革过程中政府应给予大力支持，加大对本科、职业院校投入力度，为其提供必要的资金、设备等支持，并要借助市场作用，优化教育资源配置，重点建设应用型高校及专业，从而促进应用型人才培养；同时，东北地区本科院校领导应树立全局、战略意识，从发展角度看待学校发展与专业设置，缩小人才饱和专业扩招，设置与社会经济需求相适应的专业；此外，本科院校学生应坚持正确的就业观，在校期间，注重提高个人综合素质，使自身拥有系统的知识体系与娴熟的操作技能。