心智模块论历史悠久，源于唯物主义传统：心智功能位于大脑的某些特定区域。德国物理学家弗朗兹约瑟夫加尔提出颅相学，将个性特点与大脑特定区域相联系。心智的模块论与颅相学没有直接关系，但同样赞成心智功能与大脑分区之间的一一对应关系。语言模块论认为其他认知能力也具有模块性。平克就是语言本能观的代言人。他认为“可能认知就是一系列本能，如同复杂电路，每一种解决一种亿万年我们生活提出的特定计算问题。”平克本人倡导模块论，他认为模块论可以解释心智运行机制。 事实上，这个观点“就像一把瑞士军刀，心智就是一种特殊工具集合体，每一种工具设计的目的都是执行某种特定功能。” 小到“选择伴侣，选择饮食，看、空间意向以及人脸识别”，大到解读心智状态，讲某种心智状态归于他人，以及理解语言能力。由于模块演化进而提供演化优势，因此有时候也称为达尔文模块。
就模块论而言，似乎所有解释都站得住脚。但是模块论也面临难题。语言就是模块论最好的例子。我们的观点刚好相反，正是由于语言，模块论才难以立足。因为其他模块我们难以企及。神经系统具有区域性，一种系统处理一种特定信息，要么是语言信息，要么是其他信息输入。对此我们没有办法找到证据。例如，神经影像研究提议研究心智解读模块。如果受试者处理他人的命题和信念，相应的大脑区域发亮：语言处理区域在大脑皮层前的左面，视觉空间区域在头顶骨区域右侧，而杏仁体与情绪有关。简言之，心智解读似乎就是利用整个大脑结构网络，不囿于特定位置。大脑结构各个区域相联系，各种认知能力虽功能各异，却千丝万缕。
模块化的重要难题是逻辑问题。这个难题是福多提出的，他是现代心智模块论的领军人物。如果信息进入大脑，心智如何知道哪一模块处理信息？问题还会升级为：心智如何辨别信息类型，并指定相应模块？是不是还要求一个元模块，这个元模块预先知道各种信息。达尔文模块论的问题：既然模块只处理特定类型信息，由不同模块组成的心智，有没有一种中央系统将模块连接起来，并确定哪一模块处理哪一类信息。 达尔文模块论又提出不是所有智力都具有模块性。可能还存在某种一般处理器解决一般学习问题。例如，驾驶空中客车，计算机编程没有演化为专门模块，他们认为，这些能力都合并了。
福多的模块论先于达尔文模块论，他认为只对低层次感知现象起作用，对高层次认知现象无能为力。一定存在一种中央智力系统，一种非模块总体上关注心智。但是福多模块论由于封闭性而遭遇困境。他认为一种模块只处理一种特定信息，不允许不同模块之间相互交流。然而，无数的实例说明模块之间是相互交流，彼此互动。
‘麦克格效应’例子可以说明大脑模块之间的相互影响。苏格兰心理学家哈利麦克格发现，在语音感知过程中，听觉和视觉之间的相互作用，听觉会受到视觉影响，产生误听。如果我们看到的声音与听到的声音不一致，会让人感知到另一种声音。在麦克格效应试验中，视频中播放一个人在发一个音，如[p]；而受试者听到的是另一个音如[d]，结果受试者感知到的可能是两种音混合的另一个音。这个实验也说明视觉与听觉系统的互相干扰，也说明心智模块不可能具有封闭性。
另一个例子就是‘接触幻觉’。如果受试者被弹手指，他们手指被弹次数的估计会受到听觉影响。例如，如果弹手指时听到多种声音，可能造成错觉，手指被弹了多下。而且，模块论者预测这应该不可能，因为不同模块之间不可能信息干扰。
模块论观点承诺内在论。平克在《白板》一书中提倡心智模块论，他认为一定存在一种内在机制，是立体视觉发展的规划。这种机制要求对不能预测的输入做出假设，平克自己也承认。然而，他还是认为立体视觉是基因所致，无论这种解释存在何种漏洞。他还说，“立体视觉与其他现象一样，是基因和环境一起作用的结果。”
心智模块论似乎为演化心理学披上理性主义外衣。但终究是误解了达尔文。现代新达尔文主义已经公认为进化论的正确解释。新达尔文主义不仅仅是一种理论，已经认定是一种事实。如果我们是理性主义，我们如何解释心智的演化发展？
如果达尔文模块不具有封闭性，不必占据大脑中的特定位置，那是不是等于说人类有智慧，让我们有能力做出决定？并不是这么回事。达尔文模块认为模块演化主要是由于某个特定目的。因此，我们可以预测模块的神经系统应该以不同速度演化，与其他模块演化方式也不同。如同一床补丁被子，大脑就是不同模块构成的马赛克，而且依据不同功能演化发展。
然而，神经科学家，哲学家斯蒂芬邱亚慈运用哺乳动物大脑进化结果得出结论，认为达尔文模块论误解了达尔文。哺乳动物大脑研究，包括智人研究说明大脑是协调发展的，并不是马赛克式发展模式。成年人大脑各部分，如小脑、纹状体以及大脑皮层，都呈现整体协调发展，而不是达尔文模块论所认定的特定模块发展。这个研究通过对比大脑各个部分比率，关注大脑容量发展。如果大脑演化是所谓的马赛克式，那么大脑部位的比率，相比较而言会发生变化。
但是事实并非如此。事实上，哺乳动物大脑各部分依据大脑容量协调发展演化。邱亚慈认为大脑呈现协调发展而不是马赛克式发展。简言之，达尔文模块论没能发展一种“全面理论……大脑、身体和周围环境的互动”理论。
模块论经不起科学检验。达尔文模块论论点不可能证伪：人类行为和互动的语境不可能将人类行为归咎为不同的模块。例如，欺骗行为检测出现在复杂情境中，涉及到社会互动和行为，要经过一种立法限制过程才可能进行。但是由于情境复杂性，我们不可能辨认构成欺骗行为检测模块的不同行为类型。因此，无论是福多的封闭类型模块，还是所谓的达尔文模块，都与新达尔文主义相悖。心智能力，似乎并非模块论所要求的具有特定区域，处理特定信息。相反， 心智能力要求而且必须是大脑各个部位之间协调发展。