（一）推行国库集中支付电子化管理，有些部门思想认识不充分，执行力不强
在推行国库集中支付电子化管理的过程中，有些部门片面地认为电子化管理就是要把现行的各相关部门的系统推到重来，需要各相关部门做大的改造，而且不能很好地界定短期投入与长期获益的问题，认为实施国库集中电子化管理需要配套的技术环境和基础设施，需要投入大量的资金，只算“小账”，不算“大账”。
（二）国库集中支付电子化管理过程中隐含的财务风险
在实施国库集中支付电子化管理过程中，一笔付款业务在财政系统需要经过经办人操作、审核人审核、机构负责人签章、发送才能完成，在这一过程中，不同岗位的负责人都需要通过自己的USB-KEY进入后才能完成，而到了银行的自助柜面系统则需要支付U盾才能进行付款。可见，全部支付过程都可通过信息网络完成，这就要求预算单位在内部控制中落实会计岗位设置中的不相容职务分离原则，然而在实际运用过程中，往往由于内部控制制度不完善、执行不严格等等而导致人员分工、操作权限等界限不清或者由于其他原因而把录入、审核、付款、对账等所有权限都集中到一个人，这样就会加大财政资金的风险。
（三）银行自助柜面系统运行不完善，有待进一步升级改造
自助柜面，是代理银行为预算单位定制开发的自助金融服务渠道。预算单位在财政专网内，将审核正确待支付的电子凭证发送到自助柜面系统，在该系统中操作完成同行及跨行转账、交易退款（收款方信息错误）、交易结果查询等业务。但在实际操作过程中，自助柜面系统有时运行速度慢，不能及时接收财政系统传递过来的电子数据，影响付款速度；有时系统不稳定，出现无法自动匹配退库的情况，以至财政授权支付额度无法恢复；这时候往往要与代理银行沟通多次、提供说明材料后才能解决问题；少数情况下会出现即使在收款方信息正确的情况下不能付款，还得通过传统模式进行支付；另外，在银行自助柜面操作系统，在跨行转账的时候需要逐条输入收款方银行的行号，不能自动匹配，而且有时在操作“提交转账”模块时，往往要提交多次才能付款成功，这在一定程度上降低了工作效率。
（四）国库集中支付电子化管理制度不够健全，会计人员素质有待提高
在国库集中支付电子化管理过程中，财务管理制度不完善，可能导致系统运行维护不及时、数据信息泄露；业务流程不合理，可能影响审批过程，出现工作失误。同时，预算单位会计人员素质参差不齐，对国库集中支付电子化管理理解不充分、执行不到位，不能很好地适应财政系统的变革。