（一）提高各相关部门的思想认识，强化执行力
在传统管理模式下，财政部门、人民银行、代理银行已经建立了相当完善的网络信息系统，其中人民银行与代理银行是全国集中部署的“上下一条线”的网络系统，改造成本、难度非常大。但是为了提升财政国库资金的安全管理水平，为了提高财政信息化服务水平，为了获得更为广泛经济社会效益，我们必须推行国库集中支付电子化。基于这种情况，国库集中支付电子化管理不是把各相关方的系统推倒重来，而是在原来基本框架不变的情况下，开拓创新，重新梳理业务流程，权责明晰，优化薄弱环境，保证财政部门、人民银行、代理银行、预算单位各方都受益。同时我们要依靠并重复利用现有信息资源，甚至系统升级改造、运行维护能自己做的尽量自己做，在一切可能的范围内厉行节约、降低成本。既算“小账”，也算“大账”。
（二）完善预算单位内部控制制度，提高财务风险防范能力
对于国库集中支付电子化管理这一新的模式，预算单位要完善内部控制管理规范，制定相关的实施细则，遵循不相容岗位分离原则，不将经办、审核、付款、对账等权限集中到一个人，严格规范操作人员的权限，做到一人一USB-KEY、互相牵制，提高财务风险防范意识，降低每一笔会计业务的操作风险，保证支付系统运行安全、可靠，确保每一笔国库资金支付安全。
（三）规范银行自助柜面系统，提高系统运行稳定性
代理银行按照国家统一标准、地方财政业务需求以及预算单位的反馈建议进一步规范自助柜面系统，集中资源不断优化软件系统、后台服务，保障财政——代理银行——预算单位——代理银行之间不同业务类型资金管理链条的完整性，提高自助柜面系统运行稳定性，促进预算单位资金支付业务操作处理的标准化，提升代理银行的服务质量。同时，在国库集中支付电子化管理过程中，代理银行应该建立科学便捷专门的通讯网络平台，有效避免互联网连接登录，保证信息准确安全高效地传输，并适时升级系统版本，优化电子凭证库，保证网络安全通畅，确保支付的安全性与时效性，提高工作效率。
（四）完善国库集中支付电子化管理制度，提升会计人员素质
实施国库集中支付电子化管理，在制定相关财务制度的同时必须严格遵循电子网络支付制度，按照电子信息化的有关规定，进一步规范业务流程，将国库集中支付全部操作：录入、审核、签章、发送、付款等流程标准化，监控授权支付业务流程，做到提前预警。构建统一标准的电子凭证库，做好应急预案处理，保证电子化管理体系稳定运行；建立严格的保管督促制度，对个人CA数字证书、机构CA数字证书、自助柜面付款U盾指点专人保管，定期检查。同时在国库集中支付电子化管理过程中，预算单位的财务人员要提高自身素质，积极参加电子化管理业务培训，学习理解财政政策、熟悉掌握软件操作，提高工作效率。