（一）诊改工作大环境遇到困难，面临推行不力的挑战。教育部于2015年12月底全面启动诊改工作（教职成司函〔2016〕72号），作者近两年来参加过全国高职院校诊改工作专题培训多次，与高职院校诊改工作人员进行过多次座谈讨论；到全国广东、江苏、河南、山东等五个诊改试点省份的高职院校进行考察学习，与所到学校相关人员进行过深入交流探讨，总体感觉，整个诊改工作的推行面临上热下冷的境遇。从国家层面说，教育主管部门热，省级主管部门和高职院校冷；从学校层面讲，学校领导热，专门工作机构热，部门领导冷，教职员工冷，学生根本不知诊改为“何物”的尴尬局面。无论教育部研究机构和部领导如何重视诊改工作，但省里不够重视，只停留在转发文件，或召开动员会等工作层面，缺乏必要的督导措施；高职院校说起来重要，做起来次要，忙起来不要的状况，是诊改工作推行两年多来成效不大的主要问题，何去何从是当前诊改工作面临的最大挑战。
（二）诊改工作小环境不温不火，面临不能深入推行的挑战。学校领导重视不够，抓诊改一阵风，不能与日常规范、工作相结合，“两张皮”现象严重；诊改工作体制机制不健全，运行不利，工作难以开展；学校缺乏对诊改工作的相关研究，认识模糊，思想不统一，甚至对诊改产生很大误解；照搬照抄，比葫画瓢，创新不够，缺乏自己学校（部门）独立的诊改标准和路线图；全体员工（尤其学生)参与意识和热情不够，内部诊改小环境不温不火，诊改工作不能深入推行，是当前诊改工作面临的又一挑战。
（三）诊改标准制定成为难题，面临浮于表面、不能治本的挑战。按照“需求导向、自我保证，多元诊断、重在改进”的诊改工作方针，要想真正落实“多元诊断”，必须从“五横”即学校、专业、课程、教师、学生五个层面着手诊断开始。诊断必须有标准，标准不建立，就会各行一套，依经验而做，跟着感觉走，这与诊改的目的要求背道而驰，与高职院校内部质量保证相去甚远，与新形势下高职院校内涵建设要求失之千里。而学校、专业、课程、教师、学生五个层面的标准建设何其难！当然这与教育本身、教育对象和教育产品（专业、课程）的复杂性、多样性、变化性、差异性有着密切的关系，它不像工业产品那样，同一类产品可以用同一规格和品质作为检验产品质量的标准。以学校层面的行政工作标准制定为例，哪几个维度才能真正衡量行政工作质量的高低？其标准又是什么？对专业、课程来说，其浩瀚的工作量和复杂性也是令专家、教师费劲脑力很难得出圆满结果的事情；对于个体差异多样性的教师和学生个体来说，其标准制定的难度更是可想而知。所以，笔者调研过数家全国诊改试点高职院校，做的较好的，大多以考核作为诊改切入点推进，在考核这根利益指挥棒指挥下，诊改工作的成效可谓“显著”，但从长远来说，标准体系建设没有完成，诊改工作的长效机制就没有真正建立起来，因为中国高职院校的管理还没有真正实现科学化、制度化管理，一届领导班子主要领导的更替，可能诊改工作就会随领导的变化而变化，但如果学校、专业、课程、教师、学生目标、标准一旦建立起来，无论学校领导如何变化，但因工作要求和标准没有改变，所以诊改工作就会相对稳定，而且能长期坚持下去，高职院校内部质量保证体系诊改工作成效才能卓著。但现在的问题是，标准的建立除了本身不易和复杂外，当前许多学校从上到下被各种评比、项目、大赛等所左右，加之人员配备不足，放在诊改的重要环节——标准制订上的时间和精力有限。标准体系建立的不完善，是当前诊改工作面临的重大挑战。
（四）诊改工作保障力量不足，面临后劲不足的挑战。我国高职教育经过近20年的长足发展，其规模已处于世界领先地位，也为我国经济发展和劳动力素质的提高做出了突出贡献，但我们也应清醒地意识到，我国高职教育的发展还没有真正从外延式发展跨越到内涵式发展阶段。虽然我国现在积极推进综合改革，办学权力逐步下放到各高职院校，但高职院校的自我独立发展意识还没有真正转变过来，自我发展能力还不够强，“等、靠、要、比”是很多高职院校领导的主要意识状态。此外，诊改作为高职办学质量生成的重要保证手段，因大部分高职院校办学经费不足，师资数量质量不够，质量文化欠缺等软硬件因素的影响，诊改工作的后续推进将会面临更大困难和挑战。