1 教学内容协同
第二课堂发挥思想政治教育功能可以从三个角度切入：一是将课堂教学内容融入到第二课堂活动之中，替代部分课堂教学内容；二是发挥课堂教学之外的拓展和补充作用，丰富思想政治教育内容；三是强化对课堂教学内容的验证性体验和认识深化。
在具体学习内容安排方面，思想政治第一课堂与第二课堂协同可以从与现实联系紧密、实践关照性强的课堂教学内容入手。如先从时事政治、形势与政策教育、社会主义核心价值观、思想道德与法律基础等基础性思政教育制定协同方案，再实现马克思主义基本原理、毛泽东思想、中国特色社会主义理论体系的协同，以便于教学实现。
在教学内容的决定主体方面，两大课堂协同要同时调动课程教师和学生积极性，这意味着既要保留思政教师对第二课堂教学内容的主导权和指导作用，又要留给学生一定的自主权，使学生能够在教师建议的范围内进行自主选择，以保持学生参与思政类第二课堂的积极性。
2 教学方式协同
在教学方式上，第二课堂可以发挥自身优势，补足思政第一课堂短板。第二课堂应综合利用实践体验、参观研讨等较为直观的教学方式，以及社会实践、志愿服务、文化艺术活动等具体组织形式，给学生以直接的学习体验，弥补思想政治课堂教学理论性强、体验性弱的缺点，为学生理解和深化认知提供平台。
在具体组织形式上，不同类型思想政治课程应该与不同类别第二课堂组织形式进行科学化衔接。比如，时事政治与常识概念类思政教育可以强化与实践体验类第二课堂衔接，帮助学生在实践中增强对基础性价值导向的理解和认同。而革命历史教育则可以采用趣味性更强的文化艺术活动作为主第二课堂主要组织形式，来增强这部分教学内容的趣味性，帮助学生记忆和增强体验。对于理论性较强、理解难度大的思政课程，则可以采用讲座培训、理论研讨、座谈分享等形势的第二课堂衔接，加强对基础理论的解读，帮助学生强化对科学理论的理解和认知。
3 教学组织协同
在教学环节方面，第二课堂可以更多融入到思政第一课堂的教学进程中，发挥辅助课堂教学的作用。同时，在第一课堂教学之外，也可以起到对理论知识的深化和拓展作用。同一门思政课可以考虑在不同教学阶段与不同类别的第二课堂活动进行衔接，在增强协同科学性的基础上，提高两大课堂协同育人效果。
在教学进度安排方面，思政第一课堂与第二课堂的衔接方式可以依照第一课堂教学进度协调组织，以提升学生学习效果为目标，灵活配置时间安排。
4教学管理协同
在教学组织主体方面，进入协同机制的第二课堂活动可以以第一课堂课程教师或学院学生思想教育管理教师为具体组织主体，以行政班级或第一课堂班级为单位进行组织。在第二课堂组织过程中，可以充分发挥思政第一课堂教师的导向作用，强化对学生的帮助和指导，同时保留学生自主权。在第二课堂组织形式的决定上，也应充分发挥第一课堂教师的指导作用，可以采用教师推荐若干种组织形式、学生进行选择的方式进行。
在教学评价管理方面，思想政治教育的评价机制可以同时包含思政第一课堂课程成绩与第二课堂评价。具体方式采用第二课堂评价折算进入第一课堂成绩，或与思政第一课堂成绩共同构成人才培养的思政教育评价体系。在具体评价结构可以根据培养目标、学科特色、学生特点进行综合设计。