1、对校企文化融合的内涵建设性认识不足
校园文化与企业文化作为文化的两种形式，各自有其形成和发展的过程。一方面，二者具有融合的交汇点，另一方面两种文化的建设主体、建设目标、本质特征等方面又有很大的不同，把握不清必会加大融合的难度。在此基础上，有些高职院校在内涵建设上，只关注教学质量、师资水平、科研水平等方面的建设，在文化建设上缺少投入、无暇顾及，割裂两种文化的联系，难以与企业文化真正对接，造成学校内涵建设的完整性和丰富性不够，无法实现校园文化与企业文化的有效互补。
2、校企文化融合的广度和深度不够
内涵建设是一项系统化工程，涉及高职院校制度、管理、服务等方方面面因素，因此，校园文化与企业文化的融合作为内涵建设的一项重要内容，其建设也非一朝一夕之功，要求校企双方进行长期的实践探索，进行深入的合作，统筹协调各方面的关系，进而使高职院校内涵建设保持文化要素价值取向的一致性。根据文献检索和实地调研，我们发现很多高职院校的文化内涵建设仅停留在校园环境的布置或简单的实践活动，浅层次的融合不易调动师生员工的参与度，很难覆盖内涵建设的各方面，也难以进行有深度的互融互鉴，校企文化融合有待进一步完善。
3、校企文化融合的规划性不强
与普通本科院校相比，我国高职院校发展时间较短，大多由中专院校升格演变而来，其校园文化根基较浅，且不具备职教特点，未形成自己的校园文化特色。在经过一段时间的快速发展和规模扩张后，其内涵建设较为薄弱，这就要求高职院校进行长远的规划，围绕校企文化的融合进行科学设计，树立自己的文化品牌，实现校园文化与企业文化的反哺，提升学校内涵建设的实力，增强学校的竞争力。从实际情况来看，大多数高职院校的校企文化融合还处在散漫化或点状化状态，融合的规划性不强，文化内涵建设流于形式。
4、校企文化融合的机制不完善
健全的工作机制是保障校企文化有效融合的根本。高职院校在校企文化融合过程中还未形成一套有效运行的机制，使得校企文化融合的实效性和稳定性不够。首先，国家和地方尚未出台相关的法律文件，对校企文化融合进行指导，造成校企文化融合缺乏法律规范。其次，社会企业意识到校企合作的重要性，但其积极性不高。对高职院校课程设置、人才培养过程参与度较少，导致高职院校内涵建设的基础薄弱。再次，学校未成立独立的部门进行校企文化融合的指导和有效沟通，校企文化融合工作由各二级学院单独进行。最后，高职院校缺乏与地方政府和教育主管部门的缺乏合作，为建立有效的沟通联络机制，得不到地方政府的引荐，更谈不上地方政府的大力支持。