改革开放之初，在农村实行家庭联产承包责任制，将土地所有权和承包经营权分设，所有权归集体，承包经营权归农户，极大地调动了亿万农民积极性，有效解决了温饱问题，农村改革取得重大成果。现阶段深化农村土地制度改革，原有的土地制度不能适应现在的农村经济的发展，要发展新型农业经营主体，就必须打破曾经适应而现在已阻碍农村经济运行的家庭联产承包责任制。中共中央办公厅、国务院办公厅印发了《关于完善农村土地所有权承包权经营权分置办法的意见》，实行所有权、承包权、经营权三权分置。在政策层面，真正解决了“谁种地”的问题。然而在实际土地承包问题上，仍然存在土地流转费用高的问题。
在实际的合作社运营中，合作社功能并未发挥真正效益，许多合作社并未真正弄明白国家政策，在实际生产中，又受到各种因素的制约，抗风险能力极弱。中小合作社的平均寿命为2.5年，许多合作社不运行后依然存在成为“僵尸”合作社，这样农民的利益不能得到延续和保障。除此之外，在经营过程中，也仍然存在农民不守诚信等事件。有些地区的新型农业经营主体甚至面对政府层面的毁约等现象。综合来说，调研中发现目前农村新型农业经营主体存在这六大问题：第一，大多数农村劳动力均是老人和留守儿童，劳动能缺失。第二，市场抗风险能力差，抗灾减灾能力弱。农业设备的投入上几乎没有，完全依靠基本的气候、人工等原始小农经济时代的生产工具进行劳作，对于风险预防能力基本为零。政府主导种植高经济性农作物，合作社缺乏调研和市场预判，盲目跟风，致使供大于求，导致价格下降，农民损失严重。第三，农户种植品种齐全，但规模小，分布散，难以形成有效的市场，对于采购方来说面临较大困难。第四，现有农业经营主体组织方式陈旧，虽部分地区建有合作社或园区+龙头企业+合作社+农户的组织模式，但目前仍处初级阶段，未形成有效的利益链接机制，抱团发展意识不强。第五，农民农村“富”而不美，村寨环境普遍 差，部分乡镇已达到脱贫要求，但个人意识较差。第六，部分地区，缺乏统一的乡村振兴规划，没有凸显地域特色，缺乏科学化的地方规划。透过现象看本质，形成这些问题主要基于以下四个方面的原因：
1、资金融资。农业贷款是我国银行贷款的一个重要组成部分，是农村金融机构对农业企业和农户提供贷币资金的信用活动形式。其中承包户、专业户贷款主要是贷给农村中的各种承包户、专业户及其相互组织的各种经济联合体。可申请贷款的种类分为：个体农户贷款、农民专业合作社贷款、家庭农场贷款、农业小微企业贷款。但实际执行中，农业农村贷款仍然存在以下问题:
1.1贷款歧视:通过对贵州省多地的实地调研发现，银行出于自身利益的考虑，很少愿意向农户和中小乡镇企业提供金融支持，在信贷资金已经很有限的情况下，主要贷款给了农村的重大工程建设和大型企业等非金融领域，农业本身就是一个弱质产业，对于风险的抵抗能力很弱，因此对于资金的需求极为旺盛，在中国农业银行等商业银行无法提供正常信贷的情况下，只能通过高利贷等民间融资方式获得资金。
1.2政策僵化，与现今“退粮进经”政策不相适应。农村金融部门确定的贷款期限，仍然是依照传统农业种植生产周期确定的，已不符合结构调整后的新农业产业特性。贷款品种局限于短期流动资金贷款，缺乏针对大农业的固定资产和更新改造中长期贷款。再次，农村信贷仍然等同于传统工商业的付息模式，按季付息根本不符合一般农业资金于秋季回流的现实。最后，农业的高风险与信贷部门要求稳定的高盈利的矛盾。农业本身属于弱势产业，它同工商业相比，除了市场风险外，还要面临自然灾害风险，这无疑增大了农业贷款的风险度。而商业银行信贷资金的‘三性’要求，总希望把资金投向效率高、风险小的行业和地区，这与农业效益低、风险大形成强烈反差，自然会产生矛盾。
1.3银行收缩网点，其发展政策与农村扶持不适应。在金融行业竞争中，银行也纷纷进行转型升级，为了其自身发展，连同农村信用社在内的金融服务机构，纷纷撤并低效网点，精简员工，来提升其经营层次。在面对农村市场时，更愿意吸引农村资金用以城市信贷，故而，可见的村级行政区域大多数保留的仅是自动存取款机，对于需要农业信贷的农业经营主体，则需要到相邻或乡级以上营业点办理，这无形之中加大了农业信贷的难度。
1.4保障机制不健全，风险无法转移。由于缺乏有效抵押物等原因，如遇到特殊情况，农户的贷款很容易变成逾期或呆滞，银行为了预防该类风险，在贷款发放和审核上极为严格，使得贷款难、贷款贵的问题尤为突出。
2、人才匮乏。专业人才从事专业项目是各行业发展壮大的基础条件。然而在中国，从事农业的专业人才比例严重失衡。根据第六次全国人口普查显示，由于城镇化进程中，大量农村人口进入城市，虽然对经济的增长起到相当大的作用，但农村空巢化和老龄化现象严重。中国社会科学院副院长蔡昉指出，目前中国只有19%的人口在务农，这一比率包含了农村人口在二产、三产的涉农人数。真正投身在一产上的务农人员其中年龄在50岁以上的占大多数，具有专业技能的几乎没有。现有的新型农业经营主体均处于初级阶段，无论是土地流转、技术种植还是销售、金融，都极其缺乏专业人才，工作效益低下。
3、土地流转。根据对开阳县外出务工农民的调查中发现，70%以上的农民工进城务工后并不愿意放弃农村户口。即使这部分人进城工作买房居住，但农村的土地和宅基地依然是其重要保障。“农转非”后，农民更多的担心无法享受到城市人口的福利待遇及生活保障，故而不愿放弃原有的土地。而进城生活后，原有的土地选择闲置等待征地拆迁。其农村土地不愿流转，尤其是外来农业经营主体，本身存在不信任。一方面，农户对土地流转本身心存疑虑，担心失地，转出耕地尤其是长期转出的意愿并不强，限制了规模经营，成为制约专业大户和家庭农场等新型农业经营，主体发展的障碍。在流转价格方面，流转的价格低了，农户吃亏，价格高了，种田户不划算; 在流转年限方面，流出方与流入方期望值相差较大。另一方面，由于土地的集中连片流转较难，与农户存在矛盾纠纷，新型农业规模经营主体承包期普遍较短，承包没有连续性，不敢投入，影响了土地的产出效益。
4、销售渠道。根据调研发现，现有的农业经营主体中销售是一大瓶颈限制。对于合作社的调研发现，农产品的销售取决于经营者的外出市场销售能力。只有少部分合作社，在其经营团体中有明确的分工，有一定的市场销售能力。而大多数合作社其销售依赖于当地政府，其自主能力较弱。