乡村“微腐败”案件呈现出易发多发、手段和方式花样翻新、“抱团腐败”相对突出和涉及领域广之态势，成因复杂，因素很多，从近几年暴露出的问题分析，形成原因主要有以下几个方面：
（一）监督不到位
首先，上级监督没到位。在“乡政村治”实践中，乡镇与村不再是过去计划体制下的上级与下级的关系，而是指导与协作的关系。全面从严治党“两个责任”在国家权力机关体系压力传导日益增强，但到了非行政权力体系的村民自治层级，存在着压力传导不到位现象。乡镇党委注重对村“两委”进行事务安排，有效监督制约不够；乡镇纪检监察也存在力量不足、能力不强、监督执纪问责不到位。另外，纪检监察机关对村干部处理偏轻，震慑力不够，导致违纪成本较低；同时，执纪监督审查的“后半篇文章”做得不够，发挥查办案件的“治本”功能不够，案件查了就查了，一处分就万事大吉，没有在警示教育、查找漏洞、建章立制方面下功夫，致使案件屡查屡犯、边查边发。其次，同级监督没效力。同级监督包括村党组织对村民自治组织的监督和村干部之间的相互监督。由于村党组织和村委会在统一体系内工作，各自分工忙自己的事务，村干部都是本村人，有的又有扯不清的亲情关系，不愿因监督而伤害彼此关系，相互监督的效果就没有保证；村民自治组织运行虽然规定了一定的办事程序和规章制度，但村委会主任权力过于集中，村级重大事务往往少数人说了算，这样就是村干部相互之间的监督流于形式。再次，村民监督没效用。由于村务信息公开不全，村民对村干部的监督渠道不畅，乡村社会又是“熟人社会”，许多村民不愿监督、不敢监督，相比对村干部进行监督，农民更关心自己的经济利益，有劳动能力的人大都选择外出打工，农村留守的大多是文化素质较低、监督意识比较缺乏的老人、妇女和儿童，难以对村干部发挥有效监督作用。上级监督没到位、同级监督没效力以及群众监督没效用，这是当下我国乡村“小微权力”监督的弊病所在。
（二）法律缺失
长期以来，法制建设滞后于经济社会发展是基层腐败丛生的一个重要原因。目前，我国仍缺乏一部针对腐败治理的《反腐败法》 ,同时“村级组织没有法定行政管理职权”的体制，往往使现行法律对乡村“微腐败”既无可奈何，又无能为力。在犯罪主体上，村干部只有在协助政府从事行政管理时，才符合法律规定的“其他依照法律从事公务的人员”，进而成为贪污、挪用公款、受贿等犯罪的主体，否则只能按职务侵占或公司、企业人员受贿等罪名处罚，惩处力度也小得多。在案件管辖上，村干部只有在7种协助人民政府从事行政管理情况下，其“贪污、受贿和挪用公款等犯罪”由检察机关管辖；而在管理村民自治事务过程中，其“利用职权侵占集体财务、挪用集体资金”的问题由公安机关侦查。管辖权的交织，往往导致检察机关和公安机关“两不管”的状态。这样就出现现行反腐法律法规对农村“微腐败”治理有很多模糊之处，震慑力不够，导致村“两委”干部违法犯罪成本较低，存在侥幸心理。
（三）制度失灵
村民自治制度不完善，执行乏力是腐败现象高发的一个客观原因。首先，民主管理制度不健全，执行乏力。在乡村具体事务管理中，有的乡村有章不循，财务制度形同虚设，财务人员往往出纳、会计一人兼任，几乎没有接受过系统的财务专业知识培训，没有能力对村级财务做有效管理。有的财务人员听命于村党组织书记或村委会主任，甚至同“一把手”串通一气，共同侵吞国家或集体资产；其次，在村级重大事项决策上，村党支部书记、村委会主任“一肩挑”现象很普遍，权力过分集中，“一言堂”现象很严重，甚至有些村党支部书记直接经手财物。再次，村务公开制度在具体执行中也未落实到位，一些乡村存在不想公开、不愿公开、不敢公开的情况，或者一些重大事项该公开不公开，或者公开的内容不全、时间不及时，公开的范围有限，严重妨碍村民自治的民主化进程。甚至在整个村务公开过程中，事前不听取村民意见，事中不告知村民信息，事后不公布处理结果，为“暗箱操作”打开谋取私利之门。
（四）内在约束乏力
内在约束乏力是村干部腐败的主观原因，内在约束主要表现在对法治的敬畏、对道德的坚守，对纪律的警惕，尤其表现为一种自我定力。由于农村大量青壮年劳动力外出务工或在外定居，造成农村人力资源的“空心化”。目前农村现状是，村“两委”干部年龄普遍偏大，文化素养整体不高，党纪法律法规学习培训机会较少，自觉学习主动性差，导致一些村干部理想信念缺失、宗旨意识差、党纪法律意识淡薄，出现不少“法盲干部”“纪盲干部”，缺乏对法律和村民赋予的权力的敬畏之心，权力使用任性，在重大事项决策、项目招投标管理、资产资源处置等方面存在随意性。不少村干部仍然受传统“官本位”思想影响，把自己的职务当作敛财的渠道，加上收入普遍偏低，心理出现失衡，不能抵制身边诱惑，吃拿卡要，违纪行为频发，甚至面对巨额的钱财时经不住利益诱惑，走向违法犯罪道路。因此，村干部自我约束定力的具体化就表现为对党纪党规、优良传统、道德规范的内化和坚守，正是由于对党纪国法外在约束的内化不足，同时自我约束又不严，才出现了乡村腐败的易发多发。
十八届中央纪委二次全会上，习近平总书记明确指出，要加强对权力运行的制约和监督，把权力关进制度的笼子里，形成不敢腐的惩戒机制、不能腐的防范机制、不易腐的保障机制。这一重要论述阐明了产生腐败的根源在于权力滥用，乡村“小微权力”失去制约和监督也如同“脱缰的野马”，导致权力寻租、以权谋私、优亲厚友、吃拿卡要等腐败行为发生。