绿叶水果正迅速的扩大规模，在自建物流和物流外包方面都存在比较大的问题，生鲜水果对物流的要求较高，在整个运输过程中都需要冷藏，而且速度要快，这才能保证水果的新鲜度。
1配送成本高
生鲜水果的物流具有一定的特殊性，技术要求高，全程需要冷链箱，成本也会比普通配送成本高，在物流成本中占了很大比例。另外，生鲜水果具有季节性，消费者比较分散，配送的品种多、批量小，生鲜水果的标准化程度较低，这些都是导致成本较高的主要原因。在一个完整的配送过程中包括了仓储、分拣、包装和运输等环节，但是生鲜水果的配送成本主要包括了货损费、分拣费用、运输费，这些都是直接或者间接影响生鲜水果的物流成本的原因。
2缺乏对供应链的控制
缺乏对供应链的管理导致上下游环节无法做到协调运作，信息传递受阻，横向的经营者无法做到有效的沟通，无法及时的进行资源分享。在供应链管理中，生鲜水果物流可以发挥巨大的规模效应，可以用最低的成本达到最高的效率。但目前，生鲜水果物流确实缺乏供应链管理的，这也是导致其成本居高不下的主要原因。
3冷链基础设施不完备，货损率较高
在整个生鲜水果的运输、储存过程中，冷链设施可以起到很大的作用，但是绿叶水果对冷链设施的投入比较少，在其过程中没有冷链环节，整个物流链就会崩溃，水果还没客户手中就已经腐烂变质。目前，国内对于冷链物流方面的资金投入较少，研究也不是很多，所以对生鲜水果来说，冷链物流是一个有待开发的市场，未来国家也会大力度对冷链设备投入资金。