依据近年来政府中央机构采购审计工作的审计结果，当前审计工作中发现的采购工作的关键问题主要存在于预算编制、具体实施、督察管理等环节。在大数据审计环境下，这些关键问题和环节仍旧是当前亟待解决的事项。详细体现在下列方面：
1政府采购审计法规体系有待完善
一套完善的政府采购法制体系，可以对我国政府采购工作的顺利展开起到一定的指导作用，同时也为政府采购审计工作提供优质的审计标准。但当下我国相关的法规制度与审计方法都不够完善。具体体现在两个方面：一方面是政府审计总领的法制体系即政府审计监督自身的法规并不够完善。采购审计是政府审计的重要成分，政府审计自身的依据也是采购审计的立足之本。但在当下的政府审计法规仍然相对落后，尤其是与当前加快政府体制改革的总目标不相适应，新法规的修订速度不能满足改革进程的需要，而且现有的法规也存在一定局限性，一些法规随着时代发展已经不再适用，但是未得到及时地修订或者更新，导致现存审计法律体系不能满足当下审计工作的需要。
另一方面是针对政府采购审计的专门性法律的缺失，限制了政府采购审计发展的进度。当前有关政府采购审计的法律，虽然除了在政府审计法律体制中提及的一些采购审计需要遵循的规范，还有相关专门性法律《政府采购法》，该法明确指出采购监督存在的必要性，为政府开展采购审计工作提供了法律依托，但是目前采购法缺乏对有关审计查出的违法行为的评判标准与惩处力度的规定，因此即使发现了问题，也难以下达处罚，处罚结果容易引起争议，不处罚又使得采购审计只是走个程序，缺乏威慑力，无法减少或预防违法行为，反而浪费了审计资源。目前急需要加快对采购审计专业法律的编制完善进度，包括与采购法相关的实施细则的制定工作和对工程类项目的管理办法的完善。前者对采购审计工作的具体落实有重大影响，需要尽快编制以保证审计成果的运用以及审计处理处罚的实际执行，保证最终审计目标得以完成。后者是针对目前工程类项目目前在适用何种审计法律上界定不清的问题，使得工程类项目可以明确适用审计法律。
2采购审计人员良莠不齐，有待提高
首先是年龄分布不合理，采购审计人员普遍年龄偏大，很多工作人员可能已经接近退休或已经达到退休年龄但由于缺少审计人员又重返岗位，这样的年龄布局可能会使得审计力量断层严重，当年龄大的审计人员在一段时间集中离开了审计岗位，会导致岗位大量缺位，审计人力资源难以负荷工作。同时年级较大的审计人员虽然实际经验丰富，但是对于先进的技术的接受度不高，但是当下是大数据时代，数据式审计是主流，明显老龄化的审计队伍难以跟上时代的要求，不能促进先进技术的推广和运用。而年轻的审计人员虽然对新鲜事物的接受能力强，能跟上技术发展的需要，但是缺乏实际经验，对于审计工作中需要作出职业判断的情况可能难以自挑大梁。因此应该降低年龄断层现象，把年龄差距缩小，多给青壮年实践的机会，锻炼青壮年成为审计的中坚力量。
其次是专业素养不够高。目前高素质人才更倾向于企业或银行等高薪水职业，而政府审计普遍薪水较为一般，宣传力度也不够，导致很多人对于政府审计的实际职责和重要性并不了解，因此高素质人才对政府审计缺乏热情，导致当前机构内人才水平受限。对此审计机关应该加大思想宣传力度，让更多的高素质人才投身于政府审计事业。而且采购审计对于专业的要求比较高，不仅要了解审计专业的知识，对于招投标、工程造价等其他专业的知识也要有一定的知识储备，而目前我国采购审计人员知识结构仍然比较单一，缺乏足够的专业素养，这势必会对审计工作的进行造成阻碍，降低了审计的专业性和权威性，让被审机关有机可趁，影响相关职业判断的准确性，可能会得出不公允的审计结果。
3采购审计未实现全覆盖
一是审计的范围比较狭窄，一方面从审计的资金范围来看，依据法律要求应该是所有用于政府采购的财政资金都得到审计，但是实际上，目前审计工作实际还是围绕预算内资金开展审计工作的，将重心都放在预算内的资金上，对于预算外资金的使用以及一些其他途径供给政府采购的资金都没有涉及，没有达到对用于采购资金的全覆盖。另一方面，由于我国政府审计人力资源长期不足，导致待审计项目与审计人员比例差距过大，审计人员负担过重，导致很多项目实际难以得到审计，或即使进行审计也难以细致审查，容易致使这些漏查项目滋生腐败，导致采购资金的实际用途和实际使用金额难以确认，资金的实际使用效益更加难以得到保障，违法违规的现象可能时有发生，损害了国家和公众的利益，不利于政府采购工作的进行和发展。
二是审计内容不够全面。对于每一个被审单位，采购审计目前审计的都不够深入，审计内容有限，目前主要是局限于对采购部门的内部控制制度是否健全以及有效性、对其采购计划的制定和实行、对具体采购过程的追踪监督、以及采购合同是否合理是否真实存在等进行了审计，然而即使是这些已审计的内容，也有审计的不够健全之处。而除此之外还有一些关键的环节没有得到审计，例如采购预算的制定与执行，很多采购单位虽然在年初都会制定预算，但是很多单位擅自增加或变更预算外项目，并未严格按照预算执行，这容易造成采购资金的管理中出现舞弊，但是目前却缺少对这部分的审计。还有对有关采购供应商的审计，现在有些机关擅自通过定向招标选定唯一供应商或海外供应商，和供应商之间有非法盈利往来，也是造成腐败的因素之一。除此之外还有采购结算方式，结算方式的不同可能隐藏了一些实付金额与账面金额不同或者资金不是合法来源等问题，但是当前对于这方面采购审计并未将其纳入审计范围。对于采购资金的绩效审计也是当前非常缺乏的一部分，目前我国对此的研究也不是非常丰富，还存在很多缺陷，导致采购资金的效益性难以得到保障，容易产生浪费，目前我国仍然关注在合规真实性方面。效益的审计。