1.人才培养与产业需求不匹配
农业高校培养的农业人才与乡村振兴产业发展需求不匹配是当前面临的一大问题，主要表现在一方面社会需要农科人才，另一方面农科毕业生就业情况不理想，因为教育培养人的过程本身就有一定的滞后性。农业高校人才供给问题主要体现在三个方面，其一是产业需求总量供给不足。在绿色农业、旅游休闲及农业创新发展等产业的需求量越来越多，但农业高校本身的规模较小，人才输出的能力较弱。另外农业大学和农科专业对学生吸引力较弱，生源质量不佳，学生报考农科专业的意愿较低，部分高校为了吸引生源开始缩减农科专业。所以在涉农产业人才供给总量上依然不能满足乡村振兴需求。其次是产业需求的结构性短缺。随着乡村振兴工作的推进，对人才的需求趋于多元化。乡村振兴特别需要一批应用型的农业技能专才、创新创业型的带头人和复合型的综合管理服务类通才。但目前农业高校人才培养过程中人才培养模式过于单一，在培养质量和规格上趋于一致，没有进行分类培养，不能满足乡村振兴的多元产业结构需求。三是产业需求的层次性紧缺。现代乡村产业发展对高层次人才的需求也趋于迫切。乡村振兴的发展既需要服务于基础农业科技发展的掌握专业技能的应用型人才，也需要攻克技术难题的高水平研究型专业人才，还需要具备较高综合素质能够带动引领农村发展的高水平管理人才。但目前农业高校在发展的目标定位上不够清晰，我国各类型的高等学校几乎都以“成为大而全的综合性研究型大学”为目标，这种不合理的目标定位导致不同层次、类型的高等学校趋于一致，结构十分不合理。农业大学本身的生源质量就低于同批次其它高校，人才培养结构的不合理，造成了供需结构的矛盾。
2.理论教学与实践教学相脱节
农业科技的发展需要的不仅是理论的创新科技的进步，农业高校需要为乡村振兴培养一批下得去、留得住的实践性强的应用型人才。近些年，我国高等农业教育得到了较快发展，得益于长期以来在教育经费、师资、设备等方面的投入增加，在一定程度提高了高校的办学质量。农学类学科本身是一种实践性很强的学科，需要大量的实习实践和动手操作。不管是园艺、畜牧、兽医还是生物学、作物学等学科都需要大量的实践基地和实验室，实践实习场所的缺乏在很大程度限制了学生实践动手能力的提升。学生的实践动手能力长期以来得不到提升，导致农科生就业情况不乐观，很多农科生毕业找不到合适的工作。这可能受制于经费、场地、课程设置等方面的因素。一是经费投入不足，实验设备短缺。教育经费的投入不足导致在实验仪器设备上及实验材料的供应不足，做实验需要耗费大量的实验材料，如果没有足够的经费支持，则很多实践操作环节都会受影响。二是实践基地缺乏，校企合作不深。农科生需要大批的实践基地，尤其是园艺、畜牧、作物等学科，对实践基地的场所要求也比较大。校内基地是农学专业大学生成才的重要平台，校内实习基地则是农学专业大学生得到实践锻炼的便利课堂。由于学校本身场地限制，可能在实践基地的建设上不足，另外与企业的合作对接不深入，导致在实践基地上无法保障基本的需求。三是在课程设置上，重理论轻实践。我国高校普遍存在重视理论知识传授，偏重基础性和学术性，理论课程占大部分，而实践课程较少。课程内容上知识更新慢，教材的更新速度跟不上社会发展变革，学生学习内容脱离了社会生产实践。
3.通识教育与专业教育相冲突
乡村振兴需要一批“懂农业、爱农村、爱农村”的具备扎实专业知识与较高人文素质的复合型人才。但当前存在的情况是很多农科大学生缺少了对“三农”的热爱，缺少了对农村的了解，甚至对农业认识上存在偏差，不想从事本专业，不愿意到基层就业。涉农本科毕业生，选择升学及进入企事业单位工作的比例高达90%以上，只有少数人从事农业生产、技术推广等相关工作。农科大学生对“三农”工作存在认识上的偏差，这当中有部分的原因是在农科教育当中通识教育的不足，尤其是通识教育中关于人文精神的教育。人文教育的缺失会导致学生人文情怀的缺少，过度强调专业教育，而轻视了通识教育的重要性，尤其是关于农业方面的通识知识。其主要原因有三个方面：一是“重科技、轻人文”的办学思想。高校学科建设上普遍存在重视理工类专业的建设，在人文专业上的投入较少的情况。教师重科研、轻教学，在科研上的时间精力投入远大于在课程开设上，人文教育没有得到应有的重视。二是农业高校人文教师的缺少。学校以特色发展为先，重学科建设，因此在师资建设上更多在优势学科以及涉农学科上，而在人文社科教师的储备上较少，这就导致通识课程的开设不足，留给学生选择的余地较少。三是学生实用主义观念的影响。在当前的社会环境下，学生学习带有了一定功利主义色彩，考虑课程对将来就业的价值。这种功利性的心态以及对人文教育的认识不足，缺少对人文知识的学习动机，导致了人文知识的缺乏，对“三农”情感的缺失。
4.内涵发展与特色发展不契合
内涵式发展的重点是抓好人才培养质量，培养创新人才服务经济发展。高等农业教育具有高等教育的公共属性，承担着促进学生品德发展为社会培养建设者和接班人的重任，但高等农业教育又具有农业这一特性，也就决定了农业大学要为农服务，应该树立起为“三农”服务的理念，为乡村振兴服务，并且要坚持特色发展。就学生个体层面，农业教育要促进学生的成长与发展，使他们有更好的追求美好生活的选择，但并不意味着要逃离乡村而去追求城市生活。就社会需求来看，农业教育既要为城市、非农产业输送人才，更应承担起为乡村振兴、农村建设、农业发展培养优秀人才的重任。农业教育应注重爱农教育，增强学生对“三农”的情感，能够情系“三农”、关注“三农”最终能为“三农”服务，为乡村振兴贡献力量。但自90年代后高校扩招以来，农业高校的“离农化”或说“非农化”倾向开始显现出来。一是农业院校的综合化。一方面一批农学院校的合并和改名，由于农业院校在竞争力上和招生等方面困难，先后出现了一批农业院校的合并和改名，摘掉“农字帽”，或合并到综合性大学，后来随着教育部的管控，这一现象减退。另一方面是农业院校的农科专业规模缩减，由于农科专业长期以来招生就业情况不乐观，很多农业大学开始减缩农科专业，向综合型转变。农科专业的边缘化及规模的缩减在很大程度导致了农科毕业生规模和质量的下降。所以又出现了现在综合性大学办农学院，农科专业的长期缩减导致现在的供给不足。二是教学内容的同质化。农业大学在办学上要以特色立足，尤其是涉农专业的课程设置上，要更多的渗透“三农”相关知识、技能与信息并体现创新性。但目前大多数专业是公共基础课程和专业课程的培养方案，对于“三农”基础课程的安排较少，教学内容失去了农业的特色，知识更新速度较慢，对学生创新能力培养不够，不能满足社会需求。三是考核标准的趋同化。一方面是国家对院校的考核标准，不同层次院校的发展目标和定位不同，但教育部对不同院校的考核标准是一致的。另外是学校对学生的考核，社会需求是多元的，农学不同专业具有独特性，学生兴趣需求也是多样的。但以同样的培养方案来培养学生，以考试成绩来考核学生，培养的学生必然具有趋同化，缺少创新能力不能满足多元需求也不符合特色发展需要。