2017年《关于实施中华优秀传统文化传承发展工程的意见》的颁布，高校思想政治教育工作的开展不断取得新成绩。但由于世情和国情的不断变化，高校思想政治教育工作存在许多困境。
1.课堂教学模式多样化缺乏。中国优秀传统文化内涵丰富，囊括了中华民族传统美德、中华人文精神等内容，也包括高校中倡导的价值观和行为理念。作为对青年学生进行思想政治主渠道的方式，高校思想政治理论课历来受到国家的高度重视。习近平总书记提出，“提升思想政治教育亲和力和针对性，满足学生成长发展需求和期待，是新形势下提高高校思想政治工作时效性的关键”。因此，如何实现思想政治理论课程吸引力强、说服力强的课堂效果，提升课堂的趣味性，实现课堂教学高效性具有重要影响。将中国传统文化融入到高校思想政治理论课中，将是课堂内容改革的重要一步。但是，据调查发现，应用型本科高校思政教师在教学过程中，仍然采用以传统的理论灌输方法为主的教学方式，加之应用型本科高校大学生学习的积极性和主动性较弱，导致思想政治课堂教学效果大打折扣。
2.学生对中国优秀传统文化认知缺乏。由于传统教育机制的影响，大多数学生从小接受应试教育，面对繁重的学业压力和高考竞争，更多人重视成绩的提高、忽视文化素养的习得，更为忽略传统文化的学习。应用型本科高校思想政治教育中，课堂内容虽有传统文化的显现，但较多的将传统文化的内容作为课堂气氛的调节剂，只注重其趣味性、忽略其真正的内涵，造成对文化本身内涵的认知缺失。同时，大学校园中存在大学生热衷庆祝西方节日、过渡追求西方文化的现象，传统文化虽有所了解，但缺乏深入。
3.传统文化融入高校思想政治课程的方式设置不合理。应用型本科高校在课程设置中，尤其是理工科专业在课程设置方面，往往重视专业课的课程设置、毕业设计等，而人文类课程的设置，如传统文化相关的课程设置则偏少。部分高校试图通过学生采用公选课的形式来平衡课程设置的弱点，但由于公选课的考核方式及课程安排，学生在学习中存在忽略学习过程等现象。