乡村秩序是乡村治理生态的深层表现。在不同的历史时期，乡村主体的集体行动牵制着彼此关系的互动程度，这种互构关系的持续稳定的社会特征，就是乡村秩序。以乡村秩序变迁为基本线索，可以更好地展示和理解乡村治理生态的衍变轨迹。
（一）传统社会时期的乡村治理生态
1、宗族自治的内生秩序
宗族制度是中国传统社会中乡村治理的一项重要制度，是皇权思想下的封建产物。内生秩序是村域内村民在日常生产、生活、交往过程中自发形成的一种内部秩序。宗族制度起源于父系氏族社会。宗族制度是模仿统治阶级建构起来的家族管理制度，表面上与国家建构相似，但不是国家刻意为之，不属于国家建构的制度，把它纳入内生秩序来考察更合理。
整体来看，宗族制度在社会的分化和发展过程中不断演化。随着象征身份地位的谱碟编纂权由国家管控变为民间管理，建造祠堂、修订祖谱、制定族规、分配田地等一系列宗族活动逐渐盛行。被皇权放开的宗族制度在乡村社会自由生发，宗族成为组织族人活动、管理家族事务、维持乡村秩序的重要力量。
2、“编户齐民”的外生秩序
外生秩序是指根据统治需要，由国家设立相关制度所形成的社会秩序。在中国封建社会中，主要有三种制度对乡村治理产生了重要影响。
第一种，井田制。井田制是建立在地缘关系基础上的社会管理制度。井田是社会管理的基本单位，国家的封赏、赋税、征兵都以井田为范围进行组织。井田又是乡村生产和生活的基本单位，该区域内的风俗、人情、习惯、规则共同教化和约束村民。
第二种，乡亭制。为了加强中央对地方的管理，秦朝在行政上设立了郡、县、乡三级区划。“以县统乡，以乡统亭，以亭统里。大率10里1亭，亭有长：10亭1乡，乡有三老、裔夫、游缴。三老掌教化，裔夫职听讼、收赋税，游缴主循禁盗贼。县大率方百里，其民稠则减，稀则旷，乡亭亦如之。”这种基本格局一直延续到隋唐，到魏晋南北朝时期，才又分设出党、闾制。
第三种，保甲制、里甲制。宋代后，国家把权力回收到县一级，在乡村保留保甲、里甲制度。“十家为一保、五十家为一大保、十大保为一都保”，“以一百一十户为里”，乡村以“户”为基本单位，组织村民缴纳赋税、防卫村庄、管理秩序。
3、以士绅为连接的“礼治秩序”
士绅是科举制度下阶层分化的产物。士绅是通过科举考试取得功名身份，形成具有稳定制度性来源的社会新群体。士绅是国家与社会的连接纽带，表现在以下方面：一是乡民现管是国家治理的重要补充。士绅和宗族领袖利用自身的社会威望管理乡村事务，帮助国家解决行政制度不能及时、高效处理的基层矛盾。二是儒家之礼是治国理乡的重要思想。传统村庄在有限的地域空间形成一个熟人社会，“礼治”是维持血缘和宗族关系稳定的最好方式。士绅是儒家之礼的践行者，通过在乡村教化民风，努力构建乡民们的精神家园。
（二）动荡社会时期的乡村治理生态
1、乡村自治与行政下乡
1908年，清政府颁布《城镇地方自治章程》，按照人口规模设置行政单位。人口五万以上的地方为“镇”，人口五万以下的地方为“乡”，在镇乡实行自治。在国外殖民侵略和国内封建压迫的双重统治下，乡村自治的本质是控制，即国家对乡村事务进行干涉和管控。比如，“区虽然有自治职能，但区长县长遴选，呈请民政厅委任。”更有甚者，在南京国民政府“围剿”红军失败后，一些地方在自治基础上推行保甲制，以保甲为单位组织壮丁队，开展军事训练，成为政府镇压红军的帮凶。这种意义上的乡村自治沦为统治阶级专制的工具，自治名存实亡。
2、乡村发动与政党进乡
国共两党斗争，促使政党向基层延伸，乡村民众成为两大政党争取的对象。中国共产党深入乡村，先后建立农民协会、领导农民运动、成立人民武装、创办农会讲习所，推动北伐革命迎来一个个小高潮。土地革命期间，中国共产党依靠贫农、联合中农，建立农村革命根据地，探索出一条农村包围城市的革命道路。农民为自己的政治权力、经济利益、社会地位纷纷加入革命，改造旧社会，创造新社会。国民党为了打击共产党，在乡村设立党组织，吸纳发展党员，党员人数由抗战初期的60万人，快速发展到1945年的690万人。国民党选择政党入乡的路线是正确的，但与中国共产党不同的是，国民党团结的对象是土豪劣绅和投机倒把分子，脱离了人们群众。在国民党统治下的乡村，土豪劣绅们肆虐地欺压和剥削农民，有压迫必有反抗，这些地区的矛盾往往最尖锐，社会最动荡。
3、士绅转型与宗族弱化
科举制的废除，铲除了士绅生长的土壤。在现代化冲击下，士绅阶层出现分化：一部分被吸纳到新行政体系里，向上流动获取了更高官职；一部分向其他行业转化，或转为商人、或转为新式知识分子、或转为自由职业者。尽管士绅转从其他行业，但是他们乐于表达意愿的传统没有改，村民愿意接受精英们教化的习惯没有变，乡村治理机构依然由转型后的士绅们把持。
随着现代国家治理体系的建构，宗族私法被废除，宗族势力得以限制。但是，宗族势力垂死挣扎，企图保留其强制性权威和控制。宗族势力利用祠堂、祖谱等符号来延续其对乡村社会的控制力。在农会运动和土地革命时期，宗法思想和宗族势力成为主要斗争的目标之一，族田族产被充公，宗族制度的经济基础没有了，宗族势力随之弱化。
（三）新中国以来的乡村治理生态
1、土地改革与农民合作化
新中国成立后，南方启动土地改革，颁布了《土地改革法》和《农民协会组织通则》，巩固农民在农协的地位，农民纷纷加入农协管理农村事务。新国家政权领导的土改，让农民的意志得以尊重，利益得以满足，农民的经济社会地位提高，为巩固新政权奠定了社会基础。
1951年，农业互助组成立，标志农业合作化运动开始。农业合作化运动对乡村治理产生了一定的历史影响：首先，确立中国共产党在乡村政权中的领导地位。在党的领导下，推进农业合作化运动，重新调整了乡村政权的政治结构，加强了乡村组织建设和党员队伍建设，强化了党和国家对乡村地区的行政控制。其次，原本的经济运动演变为政治运动，行政指令被用于解决经济问题，市场组织、社会组织在乡村治理中所发挥的作用基本消失。
2、人民公社与政社合一
在土地改革、农业合作化运动的背景下，国家对乡村事务的介入越来越多，控制的范围越来越宽，自上而下安排了人民公社制度。人民公社制度不是遵从农民意愿自发形成，而是带有强烈政治色彩的强制性制度。这种以平均主义为基础的公社式保障，以较低的运行成本，确保在村民生活较困难的条件下，仍然能够保持乡村社会基本稳定。
人民公社涵括了对经济、政治、文化和社会等各项事务管理，是一种全能型治理模式，是国家政权第一次下沉到乡村，是高度集权下“政社合一”的乡村治理体制。在人民公社运动中，“政社合一”的特点就是“统”，突出表现为乡村治理主体单一化。一是党和国家在治理中起决定性作用。党组织掌握乡村全部事务的最终决定权，形成了公社——大队——生产队行政系统，成为国家与村民紧密连接的纽带，对乡村实行严密的行政控制。二是村民的主体地位名存实亡。在人民公社的全能控制下，村民被禁锢在土地上，丧失了独立的自由权，经济权益得不到保障，挫伤了村民投入农业生产和参与社会治理的积极性。三是以宗族为代表的传统社会组织被边缘化。“政社合一”的人民公社治理确立后，行政权力渗透到广袤的乡村空间，对乡村进行强力控制、整合和社会动员，彻底破坏了以血缘和地缘为基础的传统社会环境。行政关系成为联结村民与村民的新纽带，家庭、家族、民间组织的活动空间被全面压缩，在乡村治理中丧失话语权。
3、“乡政村治”与村民自治
20世纪80年代初，改革开放从乡村经济领域开始，初见成效后，改革重点转向政治领域。在党和国家领导下，迅速成立了乡镇政府和村委会，乡镇政府成为社会治理的基层政权，村民委员会成为群众自治组织，“政社合一”人民公社制度在乡村销声匿迹。
“乡政村治”体制的形成、发展与完善对乡村治理产生重要影响。首先，税费改革后，乡镇政权与乡村的关系由“汲取型”蜕变为“悬浮型”，国家对乡村的行政管控开始解绑，乡村治理的内生活力释放出来，村委会作为乡村治理主体主动承担起自治的职责。其次，国家制定《中华人民共和国村民委员会组织法》，依法治村的观念深入人心，村委会和村民制定了乡规民约，进一步规范村民自治。第三，社会主义新农村建设改变了乡村脏、乱、差的生活环境，村民的民主意识增强，村庄的民风民俗转好，为乡村治理营造了良好的社会环境。