新制度经济学认为，完善的制度是规范和约束人们行为的保障，是调动行为主体积极参与和行动的前提，但由于资源的稀缺性以及人们“有限理性经济人”的假设，制度的供给总是有限的、不及时或者是不完善的，那么这种制度的有限性、不及时性或不完善性又可称之为制度缺失。
新制度经济学家诺斯就制度构建提出了三要素说，包括正式制度、非正式制度及其实施机制。正式制度即人们根据一定给社会经济发展要求有意识建立起来的并以政治规则、经济规则以及契约等正式方式加以确立的各种制度；非正式制度则是指人们在长期的社会生活中逐渐形成的习惯习俗、伦理道德、文化传统、价值观念、意识形态等对人们行为产生非正式约束的规则，是对人们不成文的规定。我们高职院校现代学徒制建设过程中，尤其是在试点范围内，虽然不缺乏政府政策扶持，但尚未形成社会各界重视发展、积极参与现代学徒制的良好社会氛围和文化传统，我国现代学徒制非正式制度存在缺失。下面我们主要从非正式制度方面分析现代学徒制建设困境的原因，具体表述为以下三点：
（一）企业社会责任意识缺失的误导
统计发现，我国参与现代学徒制的企业大概有四千家，只占企业总数的1%而已，在国外发展良好的现代学徒制在国内却出现了“学校热而企业冷”的怪相，合作的形式大于了实质，企业成为制约高技能人才培养和开发的瓶颈。虽然我们不能否认，企业是以营利为目的现代组织，但从它建立初就已被赋予了相应的社会责任，比如推动社会经济发展、保护消费者权益等。企业社会责任意识的缺失导致在现代学徒制过程中企业考虑的更多的是自身的发展和经济利益的追求（不让学徒接触核心产业链害怕影响企业产出），而且部分参与的企业也仅仅看重的是这个平台的优惠政策而不是为了社会人力资源开发与择业就业的社会性问题，总之，企业社会责任意识缺失的误导使得现代学徒制建设过程中企业参与动机不足，易产生“搭便车”的败德行为。
（二）传统教育观的负性影响
传统教育观对现代学徒制的负性影响主要表现在两个方面：
第一，在我国，受“学而优则仕”思想的广泛影响，人们普遍认为只有接受高等教育进入高等本科院校才能实现孩子“成龙”、“成风”的目标，职业院校只是进入不了高等本科院校的学生无奈的选择，职业院校的学生容易被贴上“成绩差”、“差生”的标签，随之而来的是对职业教育认同感低下，再加上现在社会追求高学历教育的趋势，如今高职院校的生源问题都难以得到保障，更遑论如何大力实施现代学徒制建设了。
第二，在“应试教育”等传统教育观占主导的今天，学生课堂学习的主要目的是通过各项考试而非真正掌握熟练技能，这也直接影响着高职院校课堂教学“重理论轻实操”现象的产生，同时这也是受传统教育观影响的毕业生投身到教学活动中来又再次出现相同现象陷入恶性循环的原因，而真正拥有熟练技能的技师由于先前自身受教育的有限性也难以胜任教书育人，从而引发现代学徒制建设过程中的又一困境——师资队伍建设问题。
（三）不良社会习俗及价值观的消极影响
新制度经济学认为，人们的行为选择在很大程度上取决于非正式制度的约束而不是正式制度，而非正式制度从根源上来看，来源于人们的大脑将社会流传下来的部分文化遗产形成的“自然语言”并渗透于感性认识和态度中，即所处社会经过长期发展而形成的社会文化习俗及价值观。在现代学徒制建设过程中，主要受到校企协同育人传统文化的缺失、校企合作信誉的缺失以及社会整体信誉的缺失等。
依据诺斯路径依赖理论，人们一旦选择了某个体制之后，惯性的力量会导致该体制沿着既定方向不断得以自我强化，也就是意味着原有的社会文化习俗及价值观虽已不利于整体社会发展但仍会难以短时间内消除，所以缺乏校企协同育人的传统文化使得现代学徒制建设虽有政策扶持而企业仍会沿着原有的既定方向发展而不积极参与校企合作；信誉是依附在人与人之间、单位与单位之间、人与单位之间以及产品交易之间并在自觉自愿往复交往和重复博弈的基础上建构的可持续发展的社会关系和生产关系，可降低交易成本、提高交易效率。在现代学徒制建设过程中，却相继出现了企业信誉缺失、学校信誉缺失、学徒信誉缺失，比如学校选择企业合作时较多考虑自身收益而非学生操作技能的提高，劣币驱逐良币的现象频频发生，且学徒到企业工作一段时间后，离职现象普遍，这些种种不良现象导致社会各界对现代学徒制的重要性认可度缺乏。