（一）原笺稿本凡例内容的独特性
1、原笺未编年稿本第十六条凡例有“旧本编录无次，兹亦仍之。他年付梓，当如施注苏诗例”语，各“原笺钞本系统”和“程笺杨补”系统各本均作：“旧本分类编录无次，兹如施注苏诗例”。按，“兹亦仍之”反映了程穆其时尚未对吴诗进行编年，只能暂时依照旧本（应指康熙原刻《吴梅村集》）的顺序。
2、原笺未编年稿本第十八条凡例作：“自古著述必有书人余也。凡摩研编削，咸挥汗涂鸦，终鲜钞胥，时思攦指，无笺之什，间遗一二，登梓时当补入。”此条凡例各“原笺钞本系统”和“程笺杨补”系统各本均作：“此书虽是笺非注，然正史稗官，深虑读者，偶忘所出，转滞诗旨，故略标其概于上方，俾自求之，载籍胜于抄撮。”按，两条凡例之间的意思并不相关，何以稿本《梅村诗笺》中所列之凡例，于后来钞本中均不复存在，当是程穆衡创作编年稿本之后，删除旧有凡例，重定新例也未可知。
（二）“程笺杨补”本系统的疏漏
1、“钱笺”被删与“诩按”被隐
自保蕴楼本《吴梅村诗集笺注》行世以来，向为学界所推崇，但程笺文本经杨学沆补注后发生了巨大的变化，从而导致对吴梅村诗歌早期解读的一些阻碍，而所谓“杨补”的工作，并非如杨学沆自己所言“此书悉照程氏原书，唯中间稗史数条……今从芟削……”那样简单，杨学沆所删除的何止于稗史数条，详下。
旧山楼本卷一《雁门尚书行》记明季能臣孙传庭功业，及其遭受排挤和催迫，终战死沙场的无奈。诗前叙末有程穆衡双行小字注，内容引用钱陆灿批本，
钱笺：哥舒翰之守潼关也，亦以杨国忠促战而死败，与此正同。然尚书卒死于战，而哥舒降贼，为千古羞。若以兵败责公，谓小人好议论，不乐成人之美耳。吴师此诗足为尚书吐气鸣不平。此段文字与原笺未编年稿本《梅村诗笺》同，但不见于“程笺杨补”系统各本，包括向为学界所推崇的保蕴楼本以及士礼居本。因此仅看“程笺杨补”系统各本，是无法知晓此条注文的。盖杨学沆补注程笺时，不知缘何将此内容删汰而去。同诗“沙沉白骨魂应在，雨洗金疮恨未销。”句下程笺，
钱笺：金疮，宋人《刘后村诗话》语。诩按，《本草》王不留行主治金疮、除风。金疮，字旧矣，讵宜近引《后村》少之。”
按，所谓“诩按”指吴伟业曾孙吴诩对吴诗所作的注文和按语，这在程穆衡所作凡例中已有交待：“先生曾孙砥亭，聪隽博雅，有志先集，凢有访求，殷然惠教。书中所载，以‘诩按’二字别之。”核检南图所藏原笺未编年稿本，此条注文有此二字，可见程穆衡是严格执行他最初所定之体例的。然而在以保蕴楼本为代表的“程笺杨补”系统中，“钱笺”部分注文依然不见。更为复杂的是，“诩按”二字亦被隐去，徒留“《本草》王不留行主治金疮、除风”十二字，士礼居本，世德堂本同。出现这种情况，或由于杨学沆所参考的程笺原本如此，但更大的可能恐怕还在于有意无意的隐去程笺所保留的前人注释和按语。这种情况，非依赖原笺未编年稿本和“原笺钞本”系统各本方可得知。
2、“前后照应法”的缺失
旧山楼本卷一《避乱》诗“嗟尔谋国徒，坐失江山半”句下程笺云：“谓南都君臣荒乱覆亡，见后《读史杂感》。”，未编年稿本《梅村诗笺》与此同，而保蕴楼本、士礼居本、世德堂本程笺均作“谓南都君臣荒乱覆亡”，将程笺原本施注时“前后照应”之法剔除，非读“原笺”系统则不能识此也。
又如同卷同诗“愁看小儿女，仓卒恐纷然”及“豫将襁褓寄，忍使道途捐，天意添漂泊，孤舟雨不前。”几句，原笺未编年稿本、旧山楼本、独醒盦本、西溪草堂本该页天头处有程穆衡眉批：“见后《哭亡女诗》，所谓‘丧乱才生汝，全家窜道边”也。’”程穆衡这种处理方式，勾连了吴伟业本人在同类诗歌中所要表达的情感链条，能够前后照应，对两首诗都有更加深刻的理解，然而此条笺注既在天头处眉批，杨学沆补注时自不留，竟悉数删去，抹杀了程穆衡原笺“前后照应之法”的作用，似此类例还有卷二《赠苍雪》《夜桥诗话》《送继起和尚入天台》《琵琶行》等，不胜枚举。