曾经有人问朱校长他对中科大都有哪些贡献时，他是这样回答的：“我对中科大主要的贡献，不是做了什么，而是没有做什么。”如他坚持不扩招②，实行原生态迎评，呼吁停止现行大学评估等等③，这些均是他的“有所不为”。
1.反对苗子参加传统高考
不通过传统的高考，直接从高二学生中选拔苗子，因为对于这些学生而言，高三将纯粹是在应试中浪费时间。南方科技大学实行了新的招生办法。学校积极探索招生制度改革，选拔适合学校定位和学科发展的具有良好创新潜质的优秀学生。目前，学校采取“基于高考的综合评价录取模式”（即“6＋3＋1”模式，高考成绩60%＋自主测试30%＋平时成绩10%），既让学生参加高考，也经过学校组织自主招生“能力测试”，还考虑学生高中的平时成绩，三方面成绩综合起来评估录取学生。高考不再是唯一的成绩，尽可能地避免偶然性、片面性，录取的学生不光高中学得好或做题能力强，而且有良好的创新能力和素质，使教改变得容易。南方科技大学依据“基于高考、不唯高考”原则的招生改革，让更多创新潜质突出、综合素质全面的考生获得了入读机会，招生改革取得初步成功，招生模式被国内一些高校借鉴运用。
2.反对高校进行并校扩招
自2003年开始，中国高校进行了疯狂的并校扩招，各大高校不惜举债扩建扩招，地方政府也乐此不彼。因为这样可以拉动学校周边的房地产投资，可以创造官员所喜爱的GDP。朱清时和他当时所在的中国科技大学则是一个例外，中国科技大学也是迄今为止扩招浪潮下中国高校当中唯一一所没有扩招的高校。
1998 年，朱清时成为中科大的校长，次年（1999 年）就遇到了第一个大考验——扩招。当时的大扩招是在一个很好的名义下进行，就是拉动中国的内需，让教育产业化。朱清时觉得从国家来讲也许是需要的，但是从中科大来讲，万万不能这样做。一方面是因为中科大是一所很特殊的学校，致力于培养精英人才，必须坚持走小而精的道路；另一方面则是因为大学教师队伍没有加强，若某位教师多了一倍学生也就等于该教师的有效内涵被稀释了一半，因此也就不可能保持原来的教学水平。朱校长提到，“学校有一个规模效应，并不是你按比例放大就好，而是有一个大小规模效应。”所以，朱校长坚持不扩招。第二个考验是，扩招之后，各个高校开始建新园区。原因有二：其一，学生多了，老园区装不下了，所以要建新园区；其二，当时都有一种贷款热，对于贷款盖新园区，大家都抱了一个侥幸心理——贷款以后肯定是不还的。因为国家既不会让大学垮台，也不会让大学破产。当初安徽省也想建一个大学园区，想让中科大在里面盖一个新园区，却被朱校长一口回绝。他觉得中科大要坚持在现有的园区里做大做强，这样老师不用跑来跑去，可以安心做学问和教学，老师与学生也可以生活和学习都在一起。
3.反对高校进行本科评估
2008年4月23日，《南方周末》刊发题为“‘高校评估该停了’——专访中科大校长朱清时”的报道，引起了广泛关注。当时教育部对全国高校进行所谓的本科评估，各大高校为了使评估通过，上下一起，弄虚作假，对评估团更是好吃好喝，好礼相送，于是本科评估成了上面扎扎实实走过场，下面认认真真办假事的闹剧。在这次评估中，朱校长和他当时所在的中国科技大学同样也是一个例外。朱校长认为，他无法想象当学生看到他们的的老师在他们面前弄虚作假时的心情，也无法想象这会对学生带来什么样的影响。所以，朱校长的做法是你们进行你们的评估，我们进行我们的教学。
在中国科学技术大学10年、南方科技大学5年的任职期间，朱清时校长为中国的高等教育改革付出了太多的心血。他一手创建的南科大是国家高等教育综合改革试验校，承载着探索具有中国特色的现代大学制度和创新人才培养模式的双重使命，它所进行的教育改革创新引起了整个世界的关注。因此，朱老先生被媒体誉为“中国高教改革第一人”“独行侠”“改革先锋”。而当有人问到他对中科大都有哪些贡献时，他是这样回答的：“我对中科大主要的贡献，不是做了什么，而是没有做什么。”然而，“为”或“不为”均是朱校长教育理念的体现，同时也是他对自身所肩负的社会使命的解读。当下的“双一流建设”旨在建设世界一流高校和一流学科，而建设一流高校与学科的关键在于大学教师。无论“朱清时之困”是否能解“钱学森之问”，朱校长所做种种均是对当下时代大学教师责任使命的诠释。朱老先生迈出的一步对后来者具有极大的参考价值，不愧是“中国高教改革第一人”。